Projektbeschreibung
Fortschrittliche native Massenspektrometrie für die Analyse nichtkovalenter Proteinmischungen
Bei der nativen Massenspektrometrie werden Makromoleküle wie intakte Proteine und Proteinkomplexe analysiert. So können die sekundären, tertiären und quartären Strukturen von Biomolekülen charakterisiert werden. Das EU-finanzierte Projekt 2D-TOPMASS verfolgt das Ziel, die Fourier-Transformations-Ionenzyklotronresonanz-Massenspektrometrie (FT-ICR-MS) kombiniert mit Verfahren der Ionenaktivierung mit Ultraviolett- und Infrarotlasern einzusetzen, um die Anwendung der nativen Massenspektrometrie auf große Proteinkomplexe und Protein-/Nukleinsäurekomplexe auszuweiten. Es wird geprüft, inwiefern die Anwendung der nativen Massenspektrometrie in Kombination mit zweidimensionalen Massenspektrometrie-Erfassungsschemata für die Analyse nichtkovalenter Proteinkomplexe und heterogener Mischungen geeignet ist. Das Projekt wird den Einsatz der nativen Massenspektrometrie als leistungsstarkes Verfahren für die Untersuchung von Proteinkomplexen und -ansammlungen in einer Reihe an Proben voranbringen.
Ziel
Native mass spectrometry (MS) is a powerful structural biology tool to study protein complexes, their dynamics, assembly and function. In its so-called top-down approach, it aims to link specific proteoforms to higher assemblies such as non-covalent complexes, in which they function naturally and/or in a disease. The proposed project will leverage the power and versatility offered by state-of-the-art Fourier transform ion cyclotron resonance (FTICR) mass spectrometry coupled to ultraviolet and infrared laser ion activation techniques to advance native top-down MS of large protein- and protein / nucleic acid complexes. Studying a range of protein complexes up to small viral capsids, the project will push the boundaries of FTICR MS in the analysis of high-mass protein complex samples. Utilizing both standard commercially available protein complexes for method setup and benchmarking as well as biologically-relevant FOXO, TEAD and nucleosome protein / DNA complexes from the host laboratory, advanced laser- and electron-induced dissociation and fragmentation techniques and their combinations will be tested to obtain the best possible information on multiple levels of the complexes’ structure. Finally, the hitherto untried combination of native MS of non-covalent protein complexes with two-dimensional MS acquisition schemes will be explored to probe all species in a heterogeneous mixture at the same time. Linking the obtained sequential information on proteoforms to their complex and subcomplex stoichiometry, this approach will help increase the utility of native MS as a powerful technique for the study of proteoforms and protein assemblies applicable to a broad range of biologically / medically relevant samples promoting and reinforcing the position of native MS in the modern integrative structural biology portfolio as a technique providing information complementary to (and difficult to access by) classical high-resolution approaches.
Wissenschaftliches Gebiet
- natural sciencesphysical sciencestheoretical physicsparticle physicsparticle accelerator
- natural sciencesbiological sciencesbiochemistrybiomoleculesnucleic acids
- natural sciencesbiological sciencesbiochemistrybiomoleculesproteins
- natural scienceschemical sciencesanalytical chemistrymass spectrometry
- natural sciencesbiological sciencesmolecular biologystructural biology
Programm/Programme
Thema/Themen
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
HORIZON-WIDERA-2022-TALENTS-02
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HORIZON-AG-UN - HORIZON Unit GrantKoordinator
142 00 Praha 4
Tschechien