Opis projektu
Zaawansowana natywna spektrometria mas do analizy niekowalencyjnych mieszanin białek
Natywna spektrometria mas (ang. native mass spectrometry, NMS) służy do analizy makrocząsteczek, takich jak nienaruszone białka i kompleksy białkowe, oraz umożliwia scharakteryzowanie drugorzędowych, trzeciorzędowych i czwartorzędowych struktur biocząsteczek. Celem finansowanego ze środków UE projektu 2D-TOPMASS jest wykorzystanie spektrometrii mas (ang. mass spectrometry, MS) cyklotronowego rezonansu jonów z fourierowską transformacją wyników w połączeniu z technikami aktywacji jonów za pomocą lasera ultrafioletowego i podczerwonego w celu rozszerzenia zastosowania NMS na duże kompleksy białkowe i białkowo-nukleinowe. Zastosowanie NMS w połączeniu z dwuwymiarowymi schematami akwizycji MS zostanie przetestowane pod kątem analizy niekowalencyjnych kompleksów białkowych i mieszanin heterogenicznych. Zespół projektu rozwinie zastosowanie NMS jako użytecznej techniki do badania kompleksów i zespołów białkowych w szerokim zakresie próbek.
Cel
Native mass spectrometry (MS) is a powerful structural biology tool to study protein complexes, their dynamics, assembly and function. In its so-called top-down approach, it aims to link specific proteoforms to higher assemblies such as non-covalent complexes, in which they function naturally and/or in a disease. The proposed project will leverage the power and versatility offered by state-of-the-art Fourier transform ion cyclotron resonance (FTICR) mass spectrometry coupled to ultraviolet and infrared laser ion activation techniques to advance native top-down MS of large protein- and protein / nucleic acid complexes. Studying a range of protein complexes up to small viral capsids, the project will push the boundaries of FTICR MS in the analysis of high-mass protein complex samples. Utilizing both standard commercially available protein complexes for method setup and benchmarking as well as biologically-relevant FOXO, TEAD and nucleosome protein / DNA complexes from the host laboratory, advanced laser- and electron-induced dissociation and fragmentation techniques and their combinations will be tested to obtain the best possible information on multiple levels of the complexes’ structure. Finally, the hitherto untried combination of native MS of non-covalent protein complexes with two-dimensional MS acquisition schemes will be explored to probe all species in a heterogeneous mixture at the same time. Linking the obtained sequential information on proteoforms to their complex and subcomplex stoichiometry, this approach will help increase the utility of native MS as a powerful technique for the study of proteoforms and protein assemblies applicable to a broad range of biologically / medically relevant samples promoting and reinforcing the position of native MS in the modern integrative structural biology portfolio as a technique providing information complementary to (and difficult to access by) classical high-resolution approaches.
Dziedzina nauki
- natural sciencesphysical sciencestheoretical physicsparticle physicsparticle accelerator
- natural sciencesbiological sciencesbiochemistrybiomoleculesnucleic acids
- natural sciencesbiological sciencesbiochemistrybiomoleculesproteins
- natural scienceschemical sciencesanalytical chemistrymass spectrometry
- natural sciencesbiological sciencesmolecular biologystructural biology
Program(-y)
Temat(-y)
Zaproszenie do składania wniosków
HORIZON-WIDERA-2022-TALENTS-02
Zobacz inne projekty w ramach tego zaproszeniaSystem finansowania
HORIZON-AG-UN - HORIZON Unit GrantKoordynator
142 00 Praha 4
Czechy