Next generation imaging technologies to probe structure and function of biological specimen across scales in their natural context

Projektinformationen

IMAGINE

ID Finanzhilfevereinbarung: 101094250

DOI

10.3030/101094250

EK-Unterschriftsdatum 2 Dezember 2022

Startdatum 1 Mai 2023

Enddatum 30 April 2028

Finanziert unter

• Research infrastructures

Gesamtkosten

€ 9 569 677,52

EU-Beitrag

€ 9 569 677,50

Koordiniert durch

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY
Germany

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Leistungen

Documents, reports (3)

Publication of project website

Deliverable 44 (also D13.3) is associated with WP13 and pat of Task 13.2: Establish and implement internal and external communication channels (Lead: EMBL-HD; Participants: Euro-BioImaging ERIC, Instruct ERIC)

Plan for Dissemination and Exploitation including Communication Activities

This deliverable is an obligatory to be submitted and updated on each periodic report of the project. The first draft within the first period has been submitted through EC Portal communication channel with the EC PO

Report on establishment of Project Management structure and procedures

Deliverable 42 (also D13.1) is associated with WP13 and is part of Task 13.1: Establish and implement the Project Management structure (Lead: EMBL-HD; Participants: Euro-BioImaging, Instruct ERIC, EMBRC ERIC, ESRF, MPG, SU)

Data Management Plan (1)

IMAGINE Data Management Plan

Deliverable 43 (also D13.2) is associated with WP13 and concludes Task 13.1: Establish and implement the Project Management structure (Lead: EMBL-HD; Participants: Euro-BioImaging, Instruct ERIC, EMBRC ERIC, ESRF, MPG, SU)

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (48)

Experimental comparison of X-ray ptychographic and holographic nanotomography of metal-stained neuronal tissue

Autoren: Alexandra Pacureanu, Thomas Thies, Carles Bosch, Mirko Holler, Manuel Guizar-Sicairos, Elisabeth Müller, Joakim Reuteler, Dmitry Karpov, Andreas T. Schaefer, Peter Cloetens, Andreas Menzel, and Ana Diaz
Veröffentlicht in: Optics Express, ISSN 1094-4087
Herausgeber: Optics Express
DOI: 10.1364/OE.563186

Exploring shaped focused ion beams for lamella preparation

Autoren: Juergen Plitzko, Sven Klumpe
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2025, ISSN 2692-8205
Herausgeber: BioRxiv
DOI: 10.1101/2025.04.01.646235

Cryo-electron tomography: <i>en route</i> to the molecular anatomy of organisms and tissues

Autoren: Oda Helene Schiøtz, Sven Klumpe, Juergen M. Plitzko, Christoph J. O. Kaiser
Veröffentlicht in: Biochemical Society Transactions, Ausgabe 52, 2024, ISSN 0300-5127
Herausgeber: Portland Press Ltd.
DOI: 10.1042/BST20240173

Cryo-plasma FIB/SEM volume imaging of biological specimens

Autoren: Dumoux, M., Glen, T., Smith, J.L., Ho, E.M., Perdigão, L.M., Pennington, A., Klumpe, S., Yee, N.B., Farmer, D.A., Lai, P.Y. and Bowles, W.
Veröffentlicht in: eLife ScienceseLife ScienceseLife Sciences, Ausgabe eLife 12:e83623., ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences
DOI: 10.7554/ELIFE.83623

Tiling artifacts and trade-offs of feature normalization in the segmentation of large biological images

Autoren: Elena Buglakova, Anwai Archit, Edoardo D'Imprima, Julia Mahamid, Constantin Pape, Anna Kreshuk
Veröffentlicht in: Cornell University Arxiv Computer Vision and Pattern Recognition, 2025, ISSN 2414-1895
Herausgeber: Cornell University Arxiv Computer Vision and Pattern Recognition
DOI: 10.48550/ARXIV.2503.19545

Reduction of SEM charging artefacts in native cryogenic biological samples

Autoren: Abner Velazco, Thomas Glen, Sven Klumpe, Avery Pennington, Jianguo Zhang, Jake L. R. Smith, Calina Glynn, William Bowles, Maryna Kobylynska, Roland A. Fleck, James H. Naismith, Judy S. Kim, Michele C. Darrow, Michael Grange, Angus I. Kirkland, Maud Dumoux
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Communications
DOI: 10.1038/S41467

Accelerated dynamic light sheet microscopy: unifying time-varying patterned illumination and low-rank and sparsity constrained reconstruction

Autoren: Marco Tobia Vitali, Alessia Candeo, Andrea Farina, Paolo Pozzi, Alessia Brix, Andrea Bassi, Teresa M Correia
Veröffentlicht in: Journal of Physics: Photonics, Ausgabe 7, 2025, ISSN 2515-7647
Herausgeber: IOP Publishing
DOI: 10.1088/2515-7647/ADAD23

Cryo-plasma FIB/SEM volume imaging of biological specimens

Autoren: Dumoux, M., Glen, T., Smith, J.L., Ho, E.M., Perdigão, L.M., Pennington, A., Klumpe, S., Yee, N.B., Farmer, D.A., Lai, P.Y. and Bowles, W.
Veröffentlicht in: eLife Sciences, Ausgabe eLife 12:e83623., 2023, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/eLife.83623

Plasma FIB milling for the determination of structures in situ

Autoren: Casper Berger, Maud Dumoux, Thomas Glen, Neville B.-y. Yee, John M. Mitchels, Zuzana Patáková, Michele C. Darrow, James H. Naismith & Michael Grange
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe Article number 629 (2023), 2023, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-023-36372-9

Accelerated dynamic light sheet microscopy: unifying time-varying patterned illumination and low-rank and sparsity constrained reconstruction

Autoren: Marco Tobia Vitali, Alessia Candeo, Andrea Farina, Paolo Pozzi, Alessia Brix, Andrea Bassi, Teresa M Correia
Veröffentlicht in: Journal of Physics: Photonics, Ausgabe 7, ISSN 2515-7647
Herausgeber: Journal of Physics: Photonics
DOI: 10.1088/2515

Cryo-FIB milling for cryo-ET - shaping the future for biological specimens

Autoren: Juergen Plitzko, Sven Klumpe
Veröffentlicht in: Current Opinion in Structural Biology, Ausgabe Volume 94, October 2025, 103138, 2025, ISSN 0922-3444
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/J.SBI.2025.103138

Molecular profiling of sponge deflation reveals an ancient relaxant-inflammatory response.

Autoren: Fabian Ruperti; Isabelle Becher; Anniek Stokkermans; Ling Wang; Nick Marschlich; Clement Potel; Emanuel Maus; Frank Stein; Bernhard Drotleff; Klaske Schippers; Michael Nickel; Robert Prevedel; Jacob M. Musser; Mikhail M. Savitski; Detlev Arendt
Veröffentlicht in: bioRxiv preprint server, Ausgabe Vol. 34, Ausgabe 2 (2024), ISSN 0960-9822
Herausgeber: bioRxiv preprint server
DOI: 10.1101/2023.08.02.551666

Cryo-FIB milling for cryo-ET - shaping the future for biological specimens

Autoren: Juergen Plitzko, Sven Klumpe
Veröffentlicht in: Current Opinion in Structural Biology, Ausgabe Volume 94, October 2025, 103138, ISSN 0959-440X
Herausgeber: Current Opinion in Structural Biology
DOI: 10.1016/J.SBI.2025.103138

Exploring shaped focused ion beams for lamella preparation

Autoren: Juergen Plitzko, Sven Klumpe
Veröffentlicht in: BioRxiv, ISSN 2692-8205
Herausgeber: BioRxiv
DOI: 10.1101/2025.04.01.646235

Model-based deep learning framework for accelerated optical projection tomography

Autoren: Marcos Obando, Andrea Bassi, Nicolas Ducros, Germán Mato & Teresa M. Correia
Veröffentlicht in: Nature - Scientific Reports, Ausgabe Article no. 21753 (2023), ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature - Scientific Reports
DOI: 10.1038/S41598-023-47650-3

Reduction of SEM charging artefacts in native cryogenic biological samples

Autoren: Abner Velazco, Thomas Glen, Sven Klumpe, Avery Pennington, Jianguo Zhang, Jake L. R. Smith, Calina Glynn, William Bowles, Maryna Kobylynska, Roland A. Fleck, James H. Naismith, Judy S. Kim, Michele C.
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-60545-3

Cryo-electron tomography: en route to the molecular anatomy of organisms and tissues

Autoren: Oda Helene Schiøtz, Sven Klumpe, Juergen M. Plitzko, Christoph J. O. Kaiser
Veröffentlicht in: Biochemical Society Transactions, Ausgabe 52, ISSN 0300-5127
Herausgeber: Biochemical Society Transactions
DOI: 10.1042/BST20240173

Colour science with lasers, gummy bears, and rainbows (educational paper)

Autoren: Rute C. Félix, David Paleček, Teresa M. Correia
Veröffentlicht in: Science in School: The European Journal for Science Teachers Ausgabe 66, Ausgabe Ausgabe 66, ISSN 1818-0353
Herausgeber: Science in School: The European Journal for Science Teachers Issue 66
DOI: 10.5281/ZENODO.10608950

A whole-body cell type atlas mapped into an electron microscopy volume of an annelid worm

Autoren: Oel Adam Phillip, Cros Cyril Christophe Daniel Robert, Pan Leslie, Buglakova Elena, Haury Parra Samuel, Santangeli Luca, Gerber Tobias, Papalopoulos Nikolaos, Vergara Hernando Martinez, Puga David, Di
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2025, ISSN 2692-8205
Herausgeber: BioRxiv
DOI: 10.1101/2025.10.30.685666

EasyGrid: A versatile platform for automated cryo-EM sample preparation and quality control

Autoren: Olivier Gemin, Victor Armijo, Michael Hons, Caroline Bissardon, Romain Linares, Matthew W. Bowler, Georg Wolff,, Kirill Kovalev, Anastasiia Babenko, Veijo T. Salo, Sarah Schneider, Christopher Rossi, Léa Lecomte, Thibault Deckers, Kévin Lauzier, Robert Ja
Veröffentlicht in: BioRxiv, ISSN 2692-8205
Herausgeber: BioRxiv
DOI: 10.1101/2024.01.18.576170

ToMoDL: A model-based deep learning framework for optical projection tomography

Autoren: Marcos Obando, Andrea Bassi, Nicolas Ducros, Germán Mato, Teresa Correia
Veröffentlicht in: Research Square, Ausgabe Article no. 21735 (2023), 2023, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-47650-3

Streamlining segmentation of cryo-electron tomography datasets with Ais

Autoren: T. Sharp
Veröffentlicht in: Structural Biology and Molecular Biophysics, 2024, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/ELIFE.98552.3

Plasma FIB milling for the determination of structures in situ

Autoren: Casper Berger, Maud Dumoux, Thomas Glen, Neville B.-y. Yee, John M. Mitchels, Zuzana Patáková, Michele C. Darrow, James H. Naismith & Michael Grange
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe Article number 629 (2023), ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Communications
DOI: 10.1038/S41467-023-36372-9

Mesoscopic axially swept oblique plane microscope for the imaging of freely moving organisms with near-isotropic resolution

Autoren: Samuel Davis, Sebastian Hambura, Robert Prevedel
Veröffentlicht in: Biomedical Optics Express, Ausgabe Vol. 15, Ausgabe 12, pp. 6715-6724, 2024, ISSN 2156-7085
Herausgeber: Biomedical Optics Express
DOI: 10.1364/BOE.537262

Tiling artifacts and trade-offs of feature normalization in the segmentation of large biological images

Autoren: Elena Buglakova, Anwai Archit, Edoardo D'Imprima, Julia Mahamid, Constantin Pape, Anna Kreshuk
Veröffentlicht in: Cornell University Arxiv Computer Vision and Pattern Recognition, ISSN 2331-8422
Herausgeber: Cornell University Arxiv Computer Vision and Pattern Recognition
DOI: 10.48550/ARXIV.2503.19545

denoiSplit: a method for joint microscopy image splitting and unsupervised denoising

Autoren: A. Ashesh, F. Jug
Veröffentlicht in: Cornell University Arxiv Computer Vision and Pattern Recognition (cs.CV), 2024, ISSN 2331-8422
Herausgeber: Cornell University Arxiv Computer Vision and Pattern Recognition (cs.CV)
DOI: 10.48550/ARXIV.2403.11854

Serial Lift-Out: sampling the molecular anatomy of whole organisms

Autoren: Oda Helene Schiøtz, Christoph J. O. Kaiser, Sven Klumpe, Dustin R. Morado, Matthias Poege, Jonathan Schneider, Florian Beck, David P. Klebl, Christopher Thompson & Jürgen M. Plitzko
Veröffentlicht in: Nature Methods, 2023, ISSN 1548-7105
Herausgeber: Nature Methods
DOI: 10.1038/s41592-023-02113-5

High Throughput Tomography (HiTT) on EMBL beamline P14 on PETRA III

Autoren: Albers, Jonas, Marina Nikolova, Angelika Svetlove, Nedal Darif, Matthew J. Lawson, Thomas R. Schneider, Yannick Schwab, Gleb Bourenkov, and Elizabeth Duke
Veröffentlicht in: Journal of Synchrotron Radiation, Ausgabe Volume 3, Part 1, ISSN 0909-0495
Herausgeber: Journal of Synchrotron Radiation
DOI: 10.1107/S160057752300944X

Scientific Reports

Autoren: Marcos Obando, Andrea Bassi, Nicolas Ducros, Germán Mato, Teresa M. Correia
Veröffentlicht in: Scientific Reports, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/S41598

ToMoDL: A model-based deep learning framework for optical projection tomography

Autoren: Marcos Obando, Andrea Bassi, Nicolas Ducros, Germán Mato, Teresa Correia
Veröffentlicht in: Research Square, ISSN 2693-5015
Herausgeber: Research Square
DOI: 10.21203/RS.3.RS

High Throughput Tomography (HiTT) on EMBL beamline P14 on PETRA III

Autoren: Albers, Jonas, Marina Nikolova, Angelika Svetlove, Nedal Darif, Matthew J. Lawson, Thomas R. Schneider, Yannick Schwab, Gleb Bourenkov, and Elizabeth Duke
Veröffentlicht in: Journal of Synchrotron Radiation, Ausgabe Volume 3, Part 1, 2024, ISSN 1600-5775
Herausgeber: Journal of Synchrotron Radiation
DOI: 10.1107/S160057752300944X

Xenon plasma focused ion beam lamella fabrication on high-pressure frozen specimens for structural cell biology

Autoren: Casper Berger, Helena Watson, James H. Naismith, Maud Dumoux, Michael Grange
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41467-025-57493-3

Mesoscopic axially swept oblique plane microscope for the imaging of freely moving organisms with near-isotropic resolution

Autoren: Samuel Davis, Sebastian Hambura, Robert Prevedel
Veröffentlicht in: Biomedical Optics Express, Ausgabe Vol. 15, Ausgabe 12, pp. 6715-6724, ISSN 2515-7647
Herausgeber: Biomedical Optics Express
DOI: 10.1364/BOE.537262

Towards community-driven visual proteomics with large-scale cryo-electron tomography of Chlamydomonas reinhardtii

Autoren: Juergen Plitzko
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Herausgeber: BioRxiv
DOI: 10.1101/2024.12.28.630444V1

Colour science with lasers, gummy bears, and rainbows (educational paper)

Autoren: Rute C. Félix, David Paleček, Teresa M. Correia
Veröffentlicht in: Science in School: The European Journal for Science Teachers Ausgabe 66, Ausgabe Ausgabe 66, 2024, ISSN 0140-5284
Herausgeber: Science in School: The European Journal for Science Teachers
DOI: 10.5281/zenodo.10608950

Xenon plasma focused ion beam lamella fabrication on high-pressure frozen specimens for structural cell biology

Autoren: Casper Berger, Helena Watson, James H. Naismith, Maud Dumoux, Michael Grange
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 16, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Communications
DOI: 10.1038/S41467

Scaling data analyses in cellular cryoET using comprehensive segmentation

Autoren: M. G. F. Last, L. M. Voortman, T. H. Sharp
Veröffentlicht in: bioRxiv preprint server, ISSN 2692-8205
Herausgeber: bioRxiv preprint server
DOI: 10.1101/2025.01.16.633326

Journal of Structural Biology

Autoren: Mart G.F. Last; Maartje van Klaveren; Lennert Janssen; Nickels Jensen; Isabelle Jansen; Stefan Jakobs; Lenard M. Voortman; Thomas H. Sharp
Veröffentlicht in: Journal of Structural Biology, Ausgabe 217 (4), Article 108267, ISSN 1047-8477
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/J.JSB.2025.108267

Towards community-driven visual proteomics with large-scale cryo-electron tomography of Chlamydomonas reinhardtii

Autoren: Juergen Plitzko
Veröffentlicht in: BioRxiv, ISSN 2692-8205
Herausgeber: BioRxiv
DOI: 10.1101/2024.12.28.630444

Model-based deep learning framework for accelerated optical projection tomography

Autoren: Marcos Obando, Andrea Bassi, Nicolas Ducros, Germán Mato & Teresa M. Correia
Veröffentlicht in: Nature - Scientific Reports, Ausgabe Article no. 21753 (2023), 2023, ISSN 2045-2322
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-023-47650-3

Making plant tissue accessible for cryo-electron tomography

Autoren: Juergen Plitzko, Christoph Kaiser, Sven Klumpe
Veröffentlicht in: Plant Biology, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife
DOI: 10.7554/ELIFE.106455.1

A whole-body cell type atlas mapped into an electron microscopy volume of an annelid worm

Autoren: Oel Adam Phillip, Cros Cyril Christophe Daniel Robert, Pan Leslie, Buglakova Elena, Haury Parra Samuel, Santangeli Luca, Gerber Tobias, Papalopoulos Nikolaos, Vergara Hernando Martinez, Puga David, Disela Vanessa, Niederhaus Lara, Bertucci Paola Yanina, W
Veröffentlicht in: BioRxiv, ISSN 2692-8205
Herausgeber: BioRXiv
DOI: 10.1101/2025.10.30.685666

denoiSplit: a method for joint microscopy image splitting and unsupervised denoising

Autoren: A. Ashesh, F. Jug
Veröffentlicht in: Cornell University Arxiv Computer Vision and Pattern Recognition (cs.CV), ISSN 2331-8422
Herausgeber: Cornell University Arxiv Computer Vision and Pattern Recognition (cs.CV)
DOI: 10.48550/ARXIV.2403.11854

Serial Lift-Out: sampling the molecular anatomy of whole organisms

Autoren: Oda Helene Schiøtz, Christoph J. O. Kaiser, Sven Klumpe, Dustin R. Morado, Matthias Poege, Jonathan Schneider, Florian Beck, David P. Klebl, Christopher Thompson & Jürgen M. Plitzko
Veröffentlicht in: Nature Methods, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Methods
DOI: 10.1038/S41592-023-02113-5

Microplit: Semantic Unmixing of Fluorescent Microscopy Data

Autoren: A. Ashesh, F. Jug
Veröffentlicht in: BioRxiv, ISSN 0909-0495
Herausgeber: BioRxiv
DOI: 10.1101/2025.02.10.637323

Making plant tissue accessible for cryo-electron tomography

Autoren: Juergen Plitzko, Christoph Kaiser, Sven Klumpe
Veröffentlicht in: Plant Biology, 2025, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/ELIFE.106455.1

Microplit: Semantic Unmixing of Fluorescent Microscopy Data

Autoren: A. Ashesh, F. Jug
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2025, ISSN 2692-8205
Herausgeber: BioRxiv
DOI: 10.1101/2025.02.10.637323

Streamlining segmentation of cryo-electron tomography datasets with Ais

Autoren: T. Sharp
Veröffentlicht in: Structural Biology and Molecular Biophysics, ISSN 2050-084X
Herausgeber: Structural Biology and Molecular Biophysics
DOI: 10.7554/ELIFE.98552.3

Conference proceedings (2)

μSplit: image decomposition for fluorescence microscopy

Autoren: Ashesh Ashesh, Alexander Krull, Moises Di Sante, Francesco Pasqualini, Florian Jug;
Veröffentlicht in: Proceedings of the IEEE/CVF International Conference on Computer Vision (ICCV), 2023, ISSN 2380-7504
Herausgeber: ICCV Paris
DOI: 10.1109/ICCV51070.2023.01940

μSplit: image decomposition for fluorescence microscopy

Autoren: Ashesh Ashesh, Alexander Krull, Moises Di Sante, Francesco Pasqualini, Florian Jug;
Veröffentlicht in: Proceedings of the IEEE/CVF International Conference on Computer Vision (ICCV), ISSN 2380-7504
Herausgeber: Proceedings of the IEEE/CVF International Conference on Computer Vision (ICCV)
DOI: 10.1109/ICCV51070.2023

Other (1)

EasyGrid: A versatile platform for automated cryo-EM sample preparation and quality control

Autoren: Olivier Gemin, Victor Armijo, Michael Hons, Caroline Bissardon, Romain Linares, Matthew W. Bowler, Georg Wolff,, Kirill Kovalev, Anastasiia Babenko, Veijo T. Salo, Sarah Schneider, Christopher Rossi, Léa Lecomte, Thibault Deckers, Kévin Lauzier, Robert Ja
Veröffentlicht in: BioRxiv, 2024, ISSN 2692-8205
Herausgeber: Biorxiv
DOI: 10.1101/2024.01.18.576170