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Decoding the Combinatorial Epigenetic Information of the Mammalian Genome with Engineered DNA Duplex Readers

Projektbeschreibung

Innovativer Ansatz zur Kartierung epigenetischer Veränderungen im Säugergenom

Epigenetische Veränderungen der Nukleinbase Cytosin in der CpG-Insel von Säugergenomen sind für die Regulierung der Genexpression und Krebsdiagnostik von zentraler Bedeutung. Doch mit den derzeitigen Methoden kann diese Kombination nicht erkannt werden, wenn die Modifikationen in beiden Strängen des DNS-Doppelstrangs vorkommen. Im Rahmen des EU-finanzierten Projekts COMBICODE sollen zwei neue Kits zur Kartierung dieser wichtigen CpG-Doppelstrang-Modifikationen aus 5-Methylcytosin und 5-Hydroxymethylcytosin für die Epigenforschung und Flüssigbiopsien entwickelt und kommerzialisiert werden. Dabei greift das Projektteam auf zuvor entwickelte Sonden zur Affinitätsanreicherung für die selektive Analyse der neuen CpG-Doppelstrang-Modifikationen zurück und integriert diese in nutzungsfreundliche Kits für die Genomkartierung.

Ziel

In mammalian genomes, epigenetic modifications of the nucleobase cytosine occur in both strands of the DNA duplex in the sequence CpG, and they are central regulators of gene expression as well as important cancer biomarkers. However, current analytical techniques cannot reveal the combination in that these modifications occur in the two strands of a DNA duplex. The resulting inability to create genomic maps of these CpG duplex modifcations represents a major roadblock for future developments in epigenetics research and cancer diagnosis. We have engineered the first affinity enrichment probes for selectively analysing novel CpG duplex modifications, and integrated them into user-friendly and cost-effective kits for genomic mapping. In this project, we will develop and commercialize two kits for mapping of the most important novel CpG duplex modification consisting of 5-methylcytosine and 5-hydroxymethylcytosine for the epigenetics research and the liquid biopsy markets. This will provide decisive new impulses for epigenetics research as well as for cancer biomarker discovery and liquid biopsy, both large and rapidly growing markets.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.

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Programm/Programme

Gastgebende Einrichtung

TECHNISCHE UNIVERSITAT DORTMUND
Netto-EU-Beitrag
€ 150 000,00
Adresse
AUGUST SCHMIDT STRASSE 4
44227 Dortmund
Deutschland

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Region
Nordrhein-Westfalen Arnsberg Dortmund, Kreisfreie Stadt
Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Links
Gesamtkosten
Keine Daten

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