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CORDIS - Risultati della ricerca dell’UE
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Nanopore sequencing of cell-free DNA for the sensitive detection, molecular profiling and monitoring of childhood cancers

Obiettivo

Paediatric cancer is the leading cause of death in children post infancy in the Western world. The integration of high-throughput molecular profiling is now urgently needed to guide clinical decision-making and treatment stratification. However, access to adequate tumour material for genomic profiling remains highly challenging, particularly in children with refractory cancers, due to sampling difficulties and small sample volumes. The analysis of cell-free DNA (cfDNA) from liquid biopsies for the detection of circulating tumour DNA (ctDNA) could offer a powerful, minimally invasive alternative to tumour profiling, thus circumventing sampling limitations. However, current ctDNA approaches have limited specificity and sensitivity, and their clinical implementation is hindered by poor scalability and high costs associated with conventional sequencing technologies. In contrast, emerging nanopore sequencing platforms have faster turnaround times, are more affordable and significantly smaller than conventional sequencers, making them easy to deploy and implement in healthcare settings. However, their utility for cfDNA analyses remains largely unexplored. Here, using available data and liquid biopsy samples from ~500 children with cancer, I will develop computational tools for the detailed analysis of cfDNA nanopore sequencing data. By harnessing nanopores ability to sequence native DNA, thus allowing the detection of mutational DNA alterations and epigenetic modifications from the same assay, I will: (a) establish highly sensitive and specific approaches for the detection and molecular profiling of ctDNA, (b) develop methylation-based disease classifiers for accurate diagnosis and treatment stratification, and (c) evaluate the clinical utility of cfDNA nanopore sequencing to monitor treatment response and detect cancer relapse. The clinical implementation of these approaches could therefore significantly improve disease management and outcomes for children with cancer.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Parole chiave

Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).

Programma(i)

Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2022-PF-01

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bando

Coordinatore

EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY
Contributo netto dell'UE

Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.

€ 220 908,48
Indirizzo
Meyerhofstrasse 1
69117 Heidelberg
Germania

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Regione
Baden-Württemberg Karlsruhe Heidelberg, Stadtkreis
Tipo di attività
Research Organisations
Collegamenti
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

Nessun dato

Partner (1)

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