Enabling personalised diagnosis, treatment, and stratification through whole-body metabolic modelling of an individual’s genome, metabolome, and metagenome.

Información del proyecto

AVATAR

Identificador del acuerdo de subvención: 101125633

DOI

10.3030/101125633

Fecha de la firma de la CE 15 Marzo 2024

Fecha de inicio 1 Abril 2024

Fecha de finalización 31 Marzo 2029

Financiado con arreglo a

• European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 999 991,00

Aportación de la UE

€ 1 999 991,00

Coordinado por

UNIVERSITY OF GALWAY
Ireland

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Publicaciones

Peer reviewed articles (8)

MicroMap: a network visualisation resource for human microbiome metabolism

Autores: Cyrille C. Thinnes, Renee Waschkowitz, Eoghan Courtney, Eoghan Culligan, Katie Fahy, Ruby A. M. Ferrazza, Ciara Ferris, Angeline Lagali, Rebecca Lane, Colm Maye, Olivia Murphy, David Noone, Saoirse Ryan, Mihaela Bet, Maria C. Corr, Hannah Cummins, David Hackett, Ellen Healy, Nina Kulczycka, Niall Lang, Luke Madden, Lynne McHugh, Ivana Pyne, Ciara Varley, Niamh Harkin, Ronan Meade, Grace O’Donnell, Bram Nap, Filippo Martinelli, Almut Heinken, Ines Thiele
Publicado en: npj Biofilms and Microbiomes, Edición 11, 2025, ISSN 2055-5008
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41522-025-00853-0

Personalized metabolic whole-body models for newborns and infants predict growth and biomarkers of inherited metabolic diseases

Autores: Elaine Zaunseder, Ulrike Mütze, Jürgen G. Okun, Georg F. Hoffmann, Stefan Kölker, Vincent Heuveline, Ines Thiele
Publicado en: Cell Metabolism, Edición 36, 2024, ISSN 1550-4131
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cmet.2024.05.006

Characterisation of conserved and reacting moieties in chemical reaction networks

Autores: Hadjar Rahou, Hulda S. Haraldsdóttir, Filippo Martinelli, Ines Thiele, Ronan M.T. Fleming
Publicado en: Journal of Theoretical Biology, Edición 621, 2026, ISSN 0022-5193
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.JTBI.2025.112348

A genome-scale metabolic reconstruction resource of 247,092 diverse human microbes spanning multiple continents, age groups, and body sites

Autores: Almut Heinken, Timothy Otto Hulshof, Bram Nap, Filippo Martinelli, Arianna Basile, Amy O’Brolchain, Neil Francis O’Sullivan, Celine Gallagher, Eimer Magee, Francesca McDonagh, Ian Lalor, Maeve Bergin, Phoebe Evans, Rachel Daly, Ronan Farrell, Rose Mary Delaney, Saoirse Hill, Saoirse Roisin McAuliffe, Trevor Kilgannon, Ronan M.T. Fleming, Cyrille C. Thinnes, Ines Thiele
Publicado en: Cell Systems, Edición 16, 2025, ISSN 2405-4712
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CELS.2025.101196EXTERNALLINK

The nutrition toolbox permits in silico generation, analysis, and optimization of personalized diets through metabolic modelling

Autores: Bram Nap, Bronson Weston, Annette Brandt, Maximilian F Wodak, Ina Bergheim, Ines Thiele
Publicado en: Bioinformatics advances, ISSN 2635-0041
Editor: Bioinformatics advances
DOI: 10.1093/BIOADV/VBAF325

In silico metabolic modelling links microbiome-derived metabolites to risk factors of Alzheimer’s disease

Autores: Tim Hensen, Shahzad Ahmad, Gabi Kastenmüller, Robert Kraaij, Mohsen Ghanbari, Arfan Ikram, Rima Kaddurah-Daouk, Ines Thiele
Publicado en: Gut Microbes Reports, Edición 2, 2025, ISSN 2993-3935
Editor: Informa UK Limited
DOI: 10.1080/29933935.2024.2443171

XomicsToModel: omics data integration and generation of thermodynamically consistent metabolic models

Autores: German Preciat, Agnieszka B. Wegrzyn, Xi Luo, Ines Thiele, Thomas Hankemeier, Ronan M. T. Fleming
Publicado en: Nature Protocols, 2025, ISSN 1754-2189
Editor: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41596-025-01288-9

Microbial Abundances Retrieved from Sequencing data—automated NCBI Taxonomy (MARS): a pipeline to create relative microbial abundance data for the Microbiome Modelling Toolbox and utilizing homosynonyms for efficient mapping to resources

Autores: Tim Hulshof, Bram Nap, Filippo Martinelli, Ines Thiele
Publicado en: Bioinformatics Advances, Edición 4, 2024, ISSN 2635-0041
Editor: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioadv/vbae068