Enabling personalised diagnosis, treatment, and stratification through whole-body metabolic modelling of an individual’s genome, metabolome, and metagenome.

Informations projet

AVATAR

N° de convention de subvention: 101125633

DOI

10.3030/101125633

Date de signature de la CE 15 Mars 2024

Date de début 1 Avril 2024

Date de fin 31 Mars 2029

Financé au titre de

• European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 999 991,00

Contribution de l’UE

€ 1 999 991,00

Coordonné par

UNIVERSITY OF GALWAY
Ireland

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (8)

MicroMap: a network visualisation resource for human microbiome metabolism

Auteurs: Cyrille C. Thinnes, Renee Waschkowitz, Eoghan Courtney, Eoghan Culligan, Katie Fahy, Ruby A. M. Ferrazza, Ciara Ferris, Angeline Lagali, Rebecca Lane, Colm Maye, Olivia Murphy, David Noone, Saoirse Ryan, Mihaela Bet, Maria C. Corr, Hannah Cummins, David Hackett, Ellen Healy, Nina Kulczycka, Niall Lang, Luke Madden, Lynne McHugh, Ivana Pyne, Ciara Varley, Niamh Harkin, Ronan Meade, Grace O’Donnell, Bram Nap, Filippo Martinelli, Almut Heinken, Ines Thiele
Publié dans: npj Biofilms and Microbiomes, Numéro 11, 2025, ISSN 2055-5008
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41522-025-00853-0

Personalized metabolic whole-body models for newborns and infants predict growth and biomarkers of inherited metabolic diseases

Auteurs: Elaine Zaunseder, Ulrike Mütze, Jürgen G. Okun, Georg F. Hoffmann, Stefan Kölker, Vincent Heuveline, Ines Thiele
Publié dans: Cell Metabolism, Numéro 36, 2024, ISSN 1550-4131
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cmet.2024.05.006

Characterisation of conserved and reacting moieties in chemical reaction networks

Auteurs: Hadjar Rahou, Hulda S. Haraldsdóttir, Filippo Martinelli, Ines Thiele, Ronan M.T. Fleming
Publié dans: Journal of Theoretical Biology, Numéro 621, 2026, ISSN 0022-5193
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.JTBI.2025.112348

A genome-scale metabolic reconstruction resource of 247,092 diverse human microbes spanning multiple continents, age groups, and body sites

Auteurs: Almut Heinken, Timothy Otto Hulshof, Bram Nap, Filippo Martinelli, Arianna Basile, Amy O’Brolchain, Neil Francis O’Sullivan, Celine Gallagher, Eimer Magee, Francesca McDonagh, Ian Lalor, Maeve Bergin, Phoebe Evans, Rachel Daly, Ronan Farrell, Rose Mary Delaney, Saoirse Hill, Saoirse Roisin McAuliffe, Trevor Kilgannon, Ronan M.T. Fleming, Cyrille C. Thinnes, Ines Thiele
Publié dans: Cell Systems, Numéro 16, 2025, ISSN 2405-4712
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CELS.2025.101196EXTERNALLINK

The nutrition toolbox permits in silico generation, analysis, and optimization of personalized diets through metabolic modelling

Auteurs: Bram Nap, Bronson Weston, Annette Brandt, Maximilian F Wodak, Ina Bergheim, Ines Thiele
Publié dans: Bioinformatics advances, ISSN 2635-0041
Éditeur: Bioinformatics advances
DOI: 10.1093/BIOADV/VBAF325

In silico metabolic modelling links microbiome-derived metabolites to risk factors of Alzheimer’s disease

Auteurs: Tim Hensen, Shahzad Ahmad, Gabi Kastenmüller, Robert Kraaij, Mohsen Ghanbari, Arfan Ikram, Rima Kaddurah-Daouk, Ines Thiele
Publié dans: Gut Microbes Reports, Numéro 2, 2025, ISSN 2993-3935
Éditeur: Informa UK Limited
DOI: 10.1080/29933935.2024.2443171

XomicsToModel: omics data integration and generation of thermodynamically consistent metabolic models

Auteurs: German Preciat, Agnieszka B. Wegrzyn, Xi Luo, Ines Thiele, Thomas Hankemeier, Ronan M. T. Fleming
Publié dans: Nature Protocols, 2025, ISSN 1754-2189
Éditeur: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41596-025-01288-9

Microbial Abundances Retrieved from Sequencing data—automated NCBI Taxonomy (MARS): a pipeline to create relative microbial abundance data for the Microbiome Modelling Toolbox and utilizing homosynonyms for efficient mapping to resources

Auteurs: Tim Hulshof, Bram Nap, Filippo Martinelli, Ines Thiele
Publié dans: Bioinformatics Advances, Numéro 4, 2024, ISSN 2635-0041
Éditeur: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioadv/vbae068