Enabling personalised diagnosis, treatment, and stratification through whole-body metabolic modelling of an individual’s genome, metabolome, and metagenome.

Projektinformationen

AVATAR

ID Finanzhilfevereinbarung: 101125633

DOI

10.3030/101125633

EK-Unterschriftsdatum 15 März 2024

Startdatum 1 April 2024

Enddatum 31 März 2029

Finanziert unter

• European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 999 991,00

EU-Beitrag

€ 1 999 991,00

Koordiniert durch

UNIVERSITY OF GALWAY
Ireland

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Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (8)

MicroMap: a network visualisation resource for human microbiome metabolism

Autoren: Cyrille C. Thinnes, Renee Waschkowitz, Eoghan Courtney, Eoghan Culligan, Katie Fahy, Ruby A. M. Ferrazza, Ciara Ferris, Angeline Lagali, Rebecca Lane, Colm Maye, Olivia Murphy, David Noone, Saoirse Ryan, Mihaela Bet, Maria C. Corr, Hannah Cummins, David Hackett, Ellen Healy, Nina Kulczycka, Niall Lang, Luke Madden, Lynne McHugh, Ivana Pyne, Ciara Varley, Niamh Harkin, Ronan Meade, Grace O’Donnell, Bram Nap, Filippo Martinelli, Almut Heinken, Ines Thiele
Veröffentlicht in: npj Biofilms and Microbiomes, Ausgabe 11, 2025, ISSN 2055-5008
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41522-025-00853-0

Personalized metabolic whole-body models for newborns and infants predict growth and biomarkers of inherited metabolic diseases

Autoren: Elaine Zaunseder, Ulrike Mütze, Jürgen G. Okun, Georg F. Hoffmann, Stefan Kölker, Vincent Heuveline, Ines Thiele
Veröffentlicht in: Cell Metabolism, Ausgabe 36, 2024, ISSN 1550-4131
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cmet.2024.05.006

Characterisation of conserved and reacting moieties in chemical reaction networks

Autoren: Hadjar Rahou, Hulda S. Haraldsdóttir, Filippo Martinelli, Ines Thiele, Ronan M.T. Fleming
Veröffentlicht in: Journal of Theoretical Biology, Ausgabe 621, 2026, ISSN 0022-5193
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.JTBI.2025.112348

A genome-scale metabolic reconstruction resource of 247,092 diverse human microbes spanning multiple continents, age groups, and body sites

Autoren: Almut Heinken, Timothy Otto Hulshof, Bram Nap, Filippo Martinelli, Arianna Basile, Amy O’Brolchain, Neil Francis O’Sullivan, Celine Gallagher, Eimer Magee, Francesca McDonagh, Ian Lalor, Maeve Bergin, Phoebe Evans, Rachel Daly, Ronan Farrell, Rose Mary Delaney, Saoirse Hill, Saoirse Roisin McAuliffe, Trevor Kilgannon, Ronan M.T. Fleming, Cyrille C. Thinnes, Ines Thiele
Veröffentlicht in: Cell Systems, Ausgabe 16, 2025, ISSN 2405-4712
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/J.CELS.2025.101196EXTERNALLINK

The nutrition toolbox permits in silico generation, analysis, and optimization of personalized diets through metabolic modelling

Autoren: Bram Nap, Bronson Weston, Annette Brandt, Maximilian F Wodak, Ina Bergheim, Ines Thiele
Veröffentlicht in: Bioinformatics advances, ISSN 2635-0041
Herausgeber: Bioinformatics advances
DOI: 10.1093/BIOADV/VBAF325

In silico metabolic modelling links microbiome-derived metabolites to risk factors of Alzheimer’s disease

Autoren: Tim Hensen, Shahzad Ahmad, Gabi Kastenmüller, Robert Kraaij, Mohsen Ghanbari, Arfan Ikram, Rima Kaddurah-Daouk, Ines Thiele
Veröffentlicht in: Gut Microbes Reports, Ausgabe 2, 2025, ISSN 2993-3935
Herausgeber: Informa UK Limited
DOI: 10.1080/29933935.2024.2443171

XomicsToModel: omics data integration and generation of thermodynamically consistent metabolic models

Autoren: German Preciat, Agnieszka B. Wegrzyn, Xi Luo, Ines Thiele, Thomas Hankemeier, Ronan M. T. Fleming
Veröffentlicht in: Nature Protocols, 2025, ISSN 1754-2189
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/S41596-025-01288-9

Microbial Abundances Retrieved from Sequencing data—automated NCBI Taxonomy (MARS): a pipeline to create relative microbial abundance data for the Microbiome Modelling Toolbox and utilizing homosynonyms for efficient mapping to resources

Autoren: Tim Hulshof, Bram Nap, Filippo Martinelli, Ines Thiele
Veröffentlicht in: Bioinformatics Advances, Ausgabe 4, 2024, ISSN 2635-0041
Herausgeber: Oxford University Press (OUP)
DOI: 10.1093/bioadv/vbae068