Projektbeschreibung
Kostengünstige, hochaufgelöste räumliche Transkriptomik
Mit der räumlichen Transkriptomik können Forschende die Genexpression im Gewebe mit bemerkenswerter Präzision analysieren und aufzeigen, wie die Gene über verschiedene Regionen verteilt sind. Die Technologie ist allerdings nach wie vor teuer und unzugänglich, wodurch sie vor allem in der Forschung mit geringem Durchsatz eingesetzt wird. Die derzeitigen Methoden erfordern komplexe und kostspielige Verfahren, wie z. B. das Aufdrucken eindeutiger Adresskennungen auf Oberflächen oder die Verwendung von Mikroskopie für die Sequenzierung, was beides zu einem erhöhten Kosten- und Zeitaufwand führt. Daher bleiben breitere Anwendungen in der Diagnostik und Hochdurchsatzanalyse außer Reichweite. Ziel des ERC-finanzierten Projekts MESH CHIP ist die Einführung einer kostengünstigen, hochauflösenden Plattform. Konkret nutzt sie die Selbstmontage und die rechnerische Rekonstruktion, wodurch die Kosten gesenkt und die Leistung gesteigert werden. Insgesamt bewirkt sie einen höheren Durchsatz und eröffnet neue Möglichkeiten der Gewebeanalyse.
Ziel
We propose a technology platform for low cost, high resolution spatial transcriptomics surfaces. Spatial transcriptomics is a high cost research methodology for resolving the spatial variation of genes in a tissue by capturing mRNA transcripts on a surface containing molecular address markers. To produce these surfaces, current methods rely on either printing technology with explicit assignment of unique address ID's to spatial locations or else random scattering of molecular ID's that are then sequenced in situ using microscopy. Both of these fabrication methods are prohibitively expensive and time consuming, such that spatial transcriptomic technology is still limited to a narrow selection of low throughput research applications. Our proposed technology, the MESH CHIP represents a radically different approach to producing these surfaces. Rather than print surfaces or build sequence-address maps with in situ microscopy, our technology works by self-assembly and deduction from sequencing data alone. This means that no prior information about the identity or location of address markers on the surface is needed prior to mRNA capture and sequencing. Instead, this information is reconstructed computationally using graph theory in a post hoc fashion. By moving this information roadblock in the fabrication process to the increasingly cheap sequencing and computing stage, we greatly improve the cost performance of this technology. MESH CHIP technology would represent a qualitatively lower cost product with greater performance than the state of the art, unlocking new use cases like diagnostics and high throughput tissue processing.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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Programm/Programme
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Thema/Themen
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
(öffnet in neuem Fenster) ERC-2023-POC
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Schweden