Opis projektu
Tania transkryptomika przestrzenna o wysokiej rozdzielczości
Transkryptomika przestrzenna pozwala naukowcom analizować ekspresję genów w tkankach z niespotykaną dotąd precyzją, dzięki czemu ujawnia, w jaki sposób geny są rozmieszczone w różnych regionach. Technologia ta pozostaje jednak droga i niedostępna, co ogranicza jej zastosowanie głównie do badań wymagających niskiej przepustowości. Konwencjonalne metody obejmują złożone i kosztowne procesy, takie jak umieszczanie unikalnych identyfikatorów adresowych na powierzchniach lub wykorzystanie mikroskopii do sekwencjonowania, co zwiększa koszty i wydłuża czas realizacji. W rezultacie zastosowanie tej technologii w diagnostyce i analizach pozostaje poza zasięgiem wielu badaczy. Zespół finansowanego ze środków Europejskiej Rady ds. Badań Naukowych projektu MESH CHIP ma na celu opracowanie przystępnej cenowo platformy o wysokiej rozdzielczości. Badacze wykorzystują w tym celu samoorganizację i rekonstrukcję obliczeniową, obniżając koszty i poprawiając osiągi. Zmiany te przekładają się na większą przepustowość i otwierają nowe możliwości w obszarze analizy tkanek.
Cel
We propose a technology platform for low cost, high resolution spatial transcriptomics surfaces. Spatial transcriptomics is a high cost research methodology for resolving the spatial variation of genes in a tissue by capturing mRNA transcripts on a surface containing molecular address markers. To produce these surfaces, current methods rely on either printing technology with explicit assignment of unique address ID's to spatial locations or else random scattering of molecular ID's that are then sequenced in situ using microscopy. Both of these fabrication methods are prohibitively expensive and time consuming, such that spatial transcriptomic technology is still limited to a narrow selection of low throughput research applications. Our proposed technology, the MESH CHIP represents a radically different approach to producing these surfaces. Rather than print surfaces or build sequence-address maps with in situ microscopy, our technology works by self-assembly and deduction from sequencing data alone. This means that no prior information about the identity or location of address markers on the surface is needed prior to mRNA capture and sequencing. Instead, this information is reconstructed computationally using graph theory in a post hoc fashion. By moving this information roadblock in the fabrication process to the increasingly cheap sequencing and computing stage, we greatly improve the cost performance of this technology. MESH CHIP technology would represent a qualitatively lower cost product with greater performance than the state of the art, unlocking new use cases like diagnostics and high throughput tissue processing.
Dziedzina nauki (EuroSciVoc)
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc
Klasyfikacja projektów w serwisie CORDIS opiera się na wielojęzycznej taksonomii EuroSciVoc, obejmującej wszystkie dziedziny nauki, w oparciu o półautomatyczny proces bazujący na technikach przetwarzania języka naturalnego. Więcej informacji: https://op.europa.eu/en/web/eu-vocabularies/euroscivoc
Aby użyć tej funkcji, musisz się zalogować lub zarejestrować
Program(-y)
- HORIZON.1.1 - European Research Council (ERC) Main Programme
Zaproszenie do składania wniosków
(odnośnik otworzy się w nowym oknie) ERC-2023-POC
Zobacz inne projekty w ramach tego zaproszeniaSystem finansowania
HORIZON-ERC-POC - HORIZON ERC Proof of Concept GrantsInstytucja przyjmująca
100 44 Stockholm
Szwecja