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Exploring silencer functions via their associated chromatin factors

Descrizione del progetto

Una ricerca fa luce sul ruolo dei silenziatori nell’espressione genica

L’espressione genica è controllata da regioni genomiche chiamate elementi regolatori. Mentre si sa molto sugli intensificatori, che attivano i geni, i silenziatori, che disattivano i geni, sono ancora poco conosciuti. Con il sostegno del programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, il progetto SIRENseek si propone di identificare e caratterizzare i silenziatori e le proteine che vi si legano per comprendere meglio i meccanismi sottostanti. SIRENseek combinerà metodi avanzati per identificare queste proteine, valutare come interagiscono con i silenziatori ed esplorare come questi ultimi modificano la struttura 3D del DNA per spegnere i geni. La ricerca proposta mapperà sistematicamente i silenziatori, migliorando così la comprensione del controllo genico e portando potenzialmente a nuovi trattamenti.

Obiettivo

"Distal regulatory elements in the genome play a key role in orchestrating tissue- and context- specific transcriptional programs. While activating elements (enhancers) have been broadly studied in the last decades, repressive elements (silencers) remain a ‘mysterious’ class of regulatory regions of the genome, whose characteristics have never been systematically elucidated.
In the ""seeking the SIlencer-associated REpressive protein Network” (SIRENseek) project, I aim to identify and functionally characterize silencers and silencer-binding proteins (SBPs) to gain insight into their mechanism of action and ultimately unlock their untapped potential for gene regulation and targeted therapy. To this aim, I will combine state-of-the-art proteomic analyses and high-throughput epigenomic profiling to identify SBPs and assess their relevance in shaping the chromatin landscape. First, I will focus on a repressive transcription factor known to bind silencers and I will use novel proximity labeling technologies to isolate its interacting proteins, thus unveiling other chromatin factors involved in silencer functions. Then, I will interrogate multiple candidate SBPs via a CRISPR screening and test their ability to rewire the chromatin landscape via ATAC-seq. Finally, by integrating this information with epigenomic data, I will identify SBPs with a functional role at silencers and test their ability to establish long-range chromatin interactions via 3D genomic approaches.
Together, this interdisciplinary proposal will allow me to map for the first time silencer elements, their associated chromatin factors and the potential 3D interactions that they mediate to repress target genes, thus addressing the existing gap in our understanding of repressive elements."

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Parole chiave

Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).

Programma(i)

Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2024-PF-01

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bando

Coordinatore

ISTITUTO EUROPEO DI ONCOLOGIA SRL
Contributo netto dell'UE

Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.

€ 209 483,28
Indirizzo
VIA FILODRAMMATICI 10
20121 Milano
Italia

Mostra sulla mappa

Regione
Nord-Ovest Lombardia Milano
Tipo di attività
Private for-profit entities (excluding Higher or Secondary Education Establishments)
Collegamenti
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

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