Projektbeschreibung
Graph-Neuronale Netzwerke mit spektraler Interpretierbarkeit zur Modellierung molekularer Interaktionspotenziale
Graph-Neuronale Netzwerke (GNNs), die zur Modellierung molekularer Wechselwirkungspotentiale eingesetzt werden, sind von unschätzbarem Wert für die Entwicklung neuer Medikamente und Materialien. Allerdings sind die Modelle oft so komplex, dass es schwierig sein kann, zu interpretieren, welche molekularen Wechselwirkungen am wichtigsten sind. Das im Rahmen der Marie-Skłodowska-Curie-Maßnahmen geförderte Projekt SIMPL zielt darauf ab, die Interpretierbarkeit und Zuverlässigkeit von graph-neuronalen Netzwerke zu verbessern. Dazu werden GNNs entwickelt, die mit spektraler Graphentheorie und algebraischer Topologie kombiniert werden, um die Modelle zu optimieren und die wichtigsten Wechselwirkungen zu identifizieren. Dieses Framework wird anschließend eingesetzt, um Prozesse der Immunerkennung zu untersuchen, wie zum Beispiel die Bindung von Peptiden an den Haupthistokompatibilitätskomplex. Die Ergebnisse des Projekts könnten letztlich zu mehr Effizienz in der Immuntherapie und der Impfstoffentwicklung führen.
Ziel
The SIMPL project (Spectral Interpretability for Molecular Interaction PotentiaLs) is designed to enhance the interpretability and efficiency of Graph Neural Networks (GNNs) used to model Molecular Interaction Potentials (MIPs). GNNs have greatly advanced the prediction of molecular interactions, which is crucial for fields like drug discovery and material science. However, the complexity of these models often makes it challenging to identify which molecular interactions are most critical, limiting their practical application. SIMPL addresses this challenge by incorporating Spectral Graph Theory and Algebraic Topology into GNNs, allowing for clearer interpretation and streamlined models, focusing on the most relevant interactions without sacrificing accuracy. Compared to traditional gradient-based methods, which can be unstable and sensitive to specific molecular conformations, SIMPL offers a robust approach. Instead of a localized insights that could vary significantly depending on the particular state of the molecule or be subject to vanishing or exploding gradients problems (especially in complex models), SIMPL provides a global perspective by assessing the relevance of interactions across the entire learning task. This ensure that the identified interactions are consistently important and reliable. This approach in practice forces a multi-body expansion of the MIP leading to a comprehensive understanding of molecular systems.
While SIMPL has broad applications, it will be applied to the study of immune recognition processes, such as peptide-Major Histocompatibility Complex (MHC) binding. The framework’s ability to reliably identify critical molecular interactions could significantly enhance our understanding of these processes, leading to more informed approaches in immunotherapy and vaccine development.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
- Naturwissenschaften Mathematik reine Mathematik Topologie
- Medizin- und Gesundheitswissenschaften Grundlagenmedizin Pharmakologie und Pharmazie Arzneimittel Impfstoff
- Medizin- und Gesundheitswissenschaften Grundlagenmedizin Immunologie Immuntherapie
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Schlüsselbegriffe
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).
Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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HORIZON.1.2 - Marie Skłodowska-Curie Actions (MSCA)
HAUPTPROGRAMM
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
(öffnet in neuem Fenster) HORIZON-MSCA-2024-PF-01
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Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.
14195 BERLIN
Deutschland
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.