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CORDIS - Forschungsergebnisse der EU
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Development of a predictive quantum simulation protocol for understanding DNA polymerase function and toxic inhibition

Ziel

The phosphate chemistry of nucleoside triphosphates (NTPs) is at the heart of crucial biological processes including the cell’s energy storage, signalling and copying genetic information. Computational modelling valuably expands the spatiotemporal resolution of experimental structural biology, providing a key contribution to the synergistic understanding of such complex processes.
However, our preliminary results on phosphatase reactions shed light on the qualitative inaccuracy of the state-of-the-art methodology capable of free energy bio-simulations.

Thus, the candidate will be trained to extend the host’s uniquely accurate and efficient electronic structure approaches to the scale of enzyme simulations, producing thermodynamic properties comparable to experiments. The candidate brings complementary computational biochemistry experience and reaction mechanistic knowledge to this collaboration, demonstrated in his successful computational-experimental phosphate catalytic enzyme studies. Our concerted developments will combine methods from the forefront of quantum chemistry, high-performance computing, rare event molecular dynamics, and biochemical modelling into a widely applicable open-access protocol, with a predictive power currently limited to main-group homogeneous catalysis modelling.

The reliability of the reaction mechanisms predicted by the developed method will be validated against kinetic experiments on wild-type and mutant Ras GTPases, connected to ca. one third of the cancer cell lines. Then, we will utilise the established protocol to understand the (regular and faulty) binding and incorporation of deoxy-NTPs and nucleoside analogue drugs during mitochondrial DNA polymerisation to a yet unknown atomistic detail. These results will provide a foundation for a comprehensive kinetic model for DNA polymerase fidelity and for the future rational optimisation of more selective and less toxic antiretrovirals.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.

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Schlüsselbegriffe

Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).

Programm/Programme

Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.

Thema/Themen

Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.

Finanzierungsplan

Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

Alle im Rahmen dieses Finanzierungsinstruments finanzierten Projekte anzeigen

Aufforderung zur Vorschlagseinreichung

Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.

(öffnet in neuem Fenster) HORIZON-MSCA-2024-PF-01

Alle im Rahmen dieser Aufforderung zur Einreichung von Vorschlägen finanzierten Projekte anzeigen

Koordinator

BUDAPESTI MUSZAKI ES GAZDASAGTUDOMANYI EGYETEM
Netto-EU-Beitrag

Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.

€ 182 743,92
Adresse
MUEGYETEM RAKPART 3
1111 BUDAPEST
Ungarn

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Region
Közép-Magyarország Budapest Budapest
Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Links
Gesamtkosten

Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.

Keine Daten
Mein Booklet 0 0