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Femtosecond Laser Cross-Linking and Integrated Analytical Workflows for Decoding the Dynamic DNA–Protein Interactome

Ziel

FEMTOMICS is redefining analytical chemistry by introducing the first femtosecond-based platform for proteome-wide decoding of dynamic DNA–protein interactions in cells. Capturing weak and transient interactions in intact cells remains a key challenge in measurement science. Chemical cross-linking is slow, perturbs cellular equilibrium, and has limited specificity, while UV irradiation is inefficient, damaging, and fails to stabilise fleeting contacts. Current methods detect abundant interactions, such as histones, but cannot resolve many transcription factors or other DNA-binding proteins whose short-lived bindings are essential for gene regulation. Moreover, genomic, proteomic, and structural layers are typically studied in isolation, overlooking integration.

FEMTOMICS closes these gaps with a paradigm-shifting platform that integrates femtosecond laser cross-linking (fliX) with high-resolution mass spectrometry (fliX–MS) and nanopore sequencing (fliX–NPS). With sub-ps, fliX enables zero-length cross-linking of DNA–protein interactions while preserving DNA integrity. fliX–MS provides proteome-wide detection of DNA-bound proteins at atomic resolution, and fliX–NPS pinpoints binding sites at single-nucleotide resolution with matched transcriptome and methylation profiles; all datasets are integrated through advanced bioinformatics for structural and functional analysis. These modules yield time-resolved, multimodal maps of transient DNA–protein complexes in situ.

By benchmarking against established methods, FEMTOMICS will demonstrate measurable gains in temporal resolution, specificity, and coverage, expanding detection from histones to rare transcription factors. The resulting datasets will reconstruct networks, generate hypotheses, and resolve regulatory states. As proof of concept, the platform will be validated in breast cancer cell models, demonstrating how photonics, sequencing, and data science set new standards in chemistry and medicine.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.

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Schlüsselbegriffe

Schlüsselbegriffe des Projekts, wie vom Projektkoordinator angegeben. Nicht zu verwechseln mit der EuroSciVoc-Taxonomie (Wissenschaftliches Gebiet).

Programm/Programme

Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.

Thema/Themen

Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.

Finanzierungsplan

Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.

HORIZON-ERC - HORIZON ERC Grants

Alle im Rahmen dieses Finanzierungsinstruments finanzierten Projekte anzeigen

Aufforderung zur Vorschlagseinreichung

Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.

(öffnet in neuem Fenster) ERC-2025-ADG

Alle im Rahmen dieser Aufforderung zur Einreichung von Vorschlägen finanzierten Projekte anzeigen

Gastgebende Einrichtung

HAWK HOCHSCHULE FUR ANGEWANDTE WISSENSCHAFT UND KUNST FACHHOCHSCHULE HILDESHEIM/HOLZMINDEN/GOTTINGEN
Netto-EU-Beitrag

Finanzieller Nettobeitrag der EU. Der Geldbetrag, den der Beteiligte erhält, abzüglich des EU-Beitrags an mit ihm verbundene Dritte. Berücksichtigt die Aufteilung des EU-Finanzbeitrags zwischen den direkten Begünstigten des Projekts und anderen Arten von Beteiligten, wie z. B. Dritten.

€ 2 106 735,00
Adresse
HOHNSEN 4
31134 Hildesheim
Deutschland

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Region
Niedersachsen Hannover Hildesheim
Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Links
Gesamtkosten

Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.

Keine Daten

Begünstigte (2)