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Cave sedimentary ancient DNA preservation – towards tailored extraction protocols

Descrizione del progetto

Un quadro predittivo e un protocollo di estrazione su misura mirato al DNA antico presente nei sedimenti

Il DNA antico conservato nei sedimenti offre una straordinaria finestra sugli ecosistemi del passato, sulle migrazioni e sui cambiamenti evolutivi; tuttavia, il suo recupero è costoso e inaffidabile in quanto solo una minima parte dei sedimenti campionati fornisce materiale genetico utilizzabile. Un fattore fondamentale spesso trascurato in tal ambito è il ruolo svolto dai minerali argillosi nel legare e preservare il DNA. Sostenuto dal programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, il progetto CASANDRA mira a studiare questo aspetto avvalendosi di approcci mineralogici, geochimici e geoarcheologici. I risultati costituiranno la base di un modello predittivo per l’individuazione di campioni ricchi di DNA, affiancato da un protocollo di estrazione su misura, il che consentirà di ridurre i costi e migliorare l’efficienza, dando vita a progressi che permetteranno inoltre di approfondire la comprensione del modo in cui gli ecosistemi abbiano reagito ai cambiamenti climatici del passato, con il potenziale di migliorare la capacità di risposta a quelli futuri.

Obiettivo

Unlocking Earth’s history depends on a reliable interpretation of the remnants of the past that can withstand degradation. Sedimentary ancient DNA (sedaDNA) offers a unique genetic archive of paleoorganisms enabling reconstruction of paleoenvironments, paleomigrations and evolutionary change. However, sedaDNA recovery is expensive and inefficient only a small fraction of sediments yield usable DNA, and current protocols overlook the mineral controls that govern its preservation. CASANDRA will transform this bottleneck by investigating how clay minerals, and particularly smectites, bind and preserve DNA in reworked cave sediments. By integrating mineralogic, geochemical and geoarchaeological approaches, CASANDRA will link sedaDNA adsorption to depositional histories, enabling us to predict where sedaDNA survives within the micromorphologic context of cave sediments. These insights will then inform the development of a new DNA extraction protocol, specifically tailored to the geochemical conditions of cave deposits. Field material from caves in Croatia, Spain and Greece will be analysed using state-of-the-art facilities at ISTerre Grenoble under the supervision of a leading expert in mineral–DNA interactions, in close collaboration with evolutionary anthropologists in Vienna to ensure contextual accuracy and cross-disciplinary uptake. The project will deliver: a) a predictive framework to target sedaDNA-rich samples based on mineralogy and site depositional history, reducing costly trial and error sampling, and b) a tailored extraction protocol optimised for clay-bound DNA, delivering higher yields and cleaner libraries for sequencing. These innovations will cut costs, increase efficiency, and expand the reach of sedaDNA studies. Beyond methodological advances, CASANDRA will contribute to a deeper understanding into ecosystem responses to past climate shifts enhancing our ability to anticipate future shifts in a rapidly changing environment.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.

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Parole chiave

Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).

Programma(i)

Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.

Argomento(i)

Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.

Meccanismo di finanziamento

Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito di questo schema di finanziamento

Invito a presentare proposte

Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.

(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2025-PF

Vedi tutti i progetti finanziati nell’ambito del bando

Coordinatore

CENTRE NATIONAL DE LA RECHERCHE SCIENTIFIQUE CNRS
Contributo netto dell'UE

Contributo finanziario netto dell’UE. La somma di denaro che il partecipante riceve, decurtata dal contributo dell’UE alla terza parte collegata. Tiene conto della distribuzione del contributo finanziario dell’UE tra i beneficiari diretti del progetto e altri tipi di partecipanti, come i partecipanti terzi.

€ 226 420,56
Indirizzo
RUE MICHEL ANGE 3
75794 PARIS
Francia

Mostra sulla mappa

Regione
Ile-de-France Ile-de-France Paris
Tipo di attività
Research Organisations
Collegamenti
Costo totale

I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.

Nessun dato

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