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Unraveling Molecular Mechanisms of Human Liver Fibrosis Resolution Using Spatial Proteomics

Descrizione del progetto

Proteomica spaziale per comprendere i meccanismi alla base della regressione della fibrosi epatica nelle malattie correlate all’alcol

La fibrosi epatica, ovvero l’accumulo di tessuto cicatriziale, è una fase critica della malattia epatica alcolica, la cui progressione può condurre alla cirrosi e all’insufficienza epatica. L'intervento terapeutico può far regredire la malattia, ma non in tutti i pazienti. Con il sostegno del programma di azioni Marie Skłodowska-Curie, il progetto RESOLiVER si propone di svelare i meccanismi molecolari ancora sconosciuti e i fattori predittivi della regressione dopo il trattamento. Il progetto sfrutterà una coorte rara di biopsie raccolte prima e dopo il trattamento sia da pazienti che rispondono al trattamento sia da quelli che non rispondono. I dati di proteomica spaziale permetteranno di addestrare modelli di apprendimento automatico per prevedere la risposta al trattamento e identificare firme proteiche applicabili nella clinica. La proteomica e la fosfoproteomica potrebbero inoltre rilevare i cambiamenti dinamici della matrice extracellulare, segno distintivo della fibrosi epatica.

Obiettivo

Alcoholic liver disease (ALD) is a major global health burden, with liver fibrosis representing a critical stage. Although fibrosis can regress after treatment, the molecular drivers and predictors of patient response remain unknown. RESOLiVER aims to bridge this knowledge gap using powerful and novel approaches and a unique cohort of ALD biopsies collected pre- and post-treatment from both responders and non-responders.
Macrophages and fibroblasts are critical for fibrosis regression. Deciphering their dynamics necessitates sensitive protein measurement with high spatial resolution, enabling precise quantification of molecular changes undetectable by other modalities. The host laboratory of Professor Matthias Mann is ideally suited for this investigation, given their pioneering method development, state-of-the-art instrumentation, and unparalleled proteomics expertise.
Using insights from spatial proteomics, I will develop machine learning models to predict treatment responses and identify protein signatures for clinical application. Additionally, I will employ proteomics and phosphoproteomics approaches to capture dynamic extracellular matrix (ECM) changes - the hallmark of liver fibrosis - and active cross-regulation between ECM and adjacent cells. This is enabled by recent host lab developments in ultra-sensitive phosphoproteomics from low input amounts.
The convergence of clinical expertise and distinctive patient cohorts from collaborators, unmatched proteomics capabilities of the host laboratory, and my profound background in liver research and computational analysis provides RESOLiVER with complementary skillsets to tackle this challenge. By elucidating molecular drivers of fibrosis regression and progression, RESOLiVER will advance fundamental understanding of liver disease and provide actionable insights to guide prognosis, inform therapeutic strategies, and improve ALD management.

Campo scientifico (EuroSciVoc)

Parole chiave

Programma(i)

Argomento(i)

Meccanismo di finanziamento

HORIZON-TMA-MSCA-PF-EF - HORIZON TMA MSCA Postdoctoral Fellowships - European Fellowships

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Invito a presentare proposte

(si apre in una nuova finestra) HORIZON-MSCA-2025-PF

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Coordinatore

MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FORDERUNG DER WISSENSCHAFTEN EV
Contributo netto dell'UE
€ 217 965,12
Costo totale
Nessun dato