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CORDIS - Forschungsergebnisse der EU
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Inhalt archiviert am 2024-06-18

Protein signalling pathways elucidated via novel correlation analysis of molecular dynamics simulations

Ziel

Signal transduction enables biological cells to respond to external stimuli such as light, odours, hormones, or growth factors. Signalling is involved in numerous biological processes and dysfunction of signalling has been associated to severe conditions such as cancer or Alzheimer’s disease. Whereas the knowledge of signal transduction on the cellular level has seen impressive progress within the last years, the molecular mechanisms involved in signalling remain mostly unknown. Intra-protein signalling is accomplished by subtle configurational changes and/or rapid dynamic processes which are difficult to assess experimentally. Therefore, we aim to employ molecular dynamics (MD) simulations to elucidate intra-protein signalling pathways and molecular mechanisms involved in signalling. Two important classes of signalling proteins will be studied: G-protein coupled receptors (GPCRs) and PDZ protein binding domains. The key to elucidate the signalling pathways will be to identify the correlations in protein dynamics and ensembles which transmit the biological signal. We plan to employ procedures from information theory and multivariate analysis to directly assess the propagation of the signal in the protein motions. The approach promises to clearly separate intra-protein processes involved in signalling from motions and interactions which may be important (e.g. for protein stability), but which do not contribute to the signal. Moreover, the simulations will allow us to distinguish between the “induced-fit” and the “conformational selection” model for signal transduction. By applying these methods to GPCRs and different PDZ domains we aim to determine common routes of information transfer within these important classes of proteins. Understanding how information is transferred within living organisms is a prerequisite for interfering with signalling, and hence our approach may contribute to novel therapies in the future.

Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)

CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.

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Programm/Programme

Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.

Thema/Themen

Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.

Aufforderung zur Vorschlagseinreichung

Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.

FP7-PEOPLE-IEF-2008
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Finanzierungsplan

Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.

MC-IEF - Intra-European Fellowships (IEF)

Koordinator

UPPSALA UNIVERSITET
EU-Beitrag
€ 172 192,87
Adresse
VON KRAEMERS ALLE 4
751 05 Uppsala
Schweden

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Region
Östra Sverige Östra Mellansverige Uppsala län
Aktivitätstyp
Higher or Secondary Education Establishments
Links
Gesamtkosten

Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.

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