Obiettivo
Transcription is both the first step and a major regulatory checkpoint in gene expression. Transcription start sites are locations in genome where RNA polymerase initiates transcription, while transcription binding sites are locations where transcription factors bind to regulate transcription. Knowledge of both transcription start sites, and transcription factor binding sites, is crucial for understanding transcription. However, methods for bioinformatic detection of these sites, which are mainly based on information theory, are typically characterized by low accuracy. Major underlying problems are: i) transcription initiation is a complex process that is characterized by both binding of RNA polymerase and opening of two DNA strands, ii) transcription factor binding sites usually have to be discovered/aligned within longer DNA fragments, which is often technically demanding and unreliable, iii) discovery of direct target genes of a transcription factor is complicated by random occurrence of binding sites that have high binding energy, but are not functional in regulating transcription.
The main goal of our proposal is to develop bioinformatic methods for accurate detection of transcription signals. To address the above problems, we will use biophysical modeling to i) Develop a novel method for transcription start site detection in bacteria, which is based on explicit calculation of transcription initiation rates and takes into account both RNA polymerase binding and opening of two DNA strands, ii) Develop a method for inferring transcription factor-DNA interaction parameters directly from DNA fragments selected through high-throughput in-vitro selection experiments, iii) Develop a method for detection of target genes of a transcription factor, which detects an overrepresentation of binding energy distribution upstream of genes. We expect that these methods will significantly improve accuracy of analyzing transcription regulation.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
- scienze naturali scienze biologiche microbiologia batteriologia
- scienze naturali scienze biologiche genetica DNA
- scienze naturali scienze biologiche genetica RNA
- scienze naturali scienze biologiche genetica genomi
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
FP7-PEOPLE-2010-RG
Vedi altri progetti per questo bando
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
11000 Beograd
Serbia
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.