Ziel
"Next generation sequencing (NGS) has fundamentally altered genomic research. New developments will bring NGS costs and performance down to an everybody's technology with extreme potential for ultra fast and accurate molecular typing and diagnostic as it provides the ultimate whole genome information. However, technical and bioinformatics constraints, restrict the application of NGS to few highly experienced laboratories.
The goal of this project is the transition of NGS from a basic research tool to a highly efficient technology for pathogen typing and diagnostics on the EU level. This objective will be achieved by establishing a unique European consortium that brings together three SMEs leading in the fields of ""data to knowledge"" and ""NGS genome research"" with leading experts in clinical microbiology of three model pathogens of high European and worldwide importance (methicillin-resistant Staphylococcus aureus, Campylobacter spp., and M. tuberculosis complex.
Particularly we will i) develop bio-informatics pipelines for quality-controlled and easy interpretation of NGS data, ii) optimize sample preparation steps and evaluate newest NGS (Ion Torrent) and Optical Mapping (OM) technologies, and iii) develop new, dedicated NGS-based pathogen diagnostic kits. Ultimate goal is to generate automatically plain language reports and to implement GIS and space-time cluster detections for automatic early-warning systems based on NGS-data. Application programming interfaces and a microbial typing ontology for a “linked web” will be developed. Product-like prototypic software development for automatic analysis of microbial NGS-data will be guided by two leading SMEs.
The development of new and improved tools/technologies in this SME-targeted project will overcome existing obstacles of NGS and open the door for a wide application of NGS for European scientists and clinical microbiologist, thus fostering competitiveness of Europe in NGS research and medical applications."
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: https://op.europa.eu/de/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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- Naturwissenschaften Informatik und Informationswissenschaften Wissensverarbeitung Ontologie
- Medizin- und Gesundheitswissenschaften Klinische Medizin klinische Mikrobiologie
- Naturwissenschaften Informatik und Informationswissenschaften Software Softwareentwicklung
- Naturwissenschaften Biowissenschaften Genetik Genom
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
FP7-HEALTH-2011-two-stage
Andere Projekte für diesen Aufruf anzeigen
Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Koordinator
23845 Borstel
Deutschland
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.