Ziel
The subject of the present proposal is computational chemistry with specific aim to incorporate certain interactions into docking calculations. The docking technique helps the design and synthesis of efficient pharmaceuticals that act via ligand–receptor interactions. In the frame of the project, new scoring function (SF) term(s) will be introduced for selected interactions (π – π stacking and halogen bonds) using experimental enthalpic data and combined quantum-mechanical/molecular-mechanical calculations. Scoring functions play a central role in the quality and the speed of docking calculation In popular scoring functions (e.g. in the Autodock) enthalpic (ΔH) and entropic terms can be distinguished and the sum of these terms are correlated to experimental binding free energy (ΔG) values. Previous SF developments are principally based on this correlation, however, isothermal titration calorimetric (ITC) measurements afford the possibility of developing separately the two principal components. Introducing new terms for the description of the chosen special interactions, enthalpic part of the chosen SF (from the Autodock or Autodock-Vina program) will be improved with the help of fragment based ligand set augmented with experimental ΔH data.
In addition to introducing new SF terms, the application of fragment based test library in SF development is also an important novelty. It has several advantages as, for instance, screening with a fragment trained SF function on the fragment universe one can capture a more diverse hit space than with the usual high throughput screening on the chemical universe. Furthermore, in case of a fragment-size ligand the investigated special interactions can be more obviously separated from other effects in the binding analysis. Finally, larger QM environment can be taken into account for a fragment-size ligand than for peptide substrates providing more accurate theoretical results.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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- Naturwissenschaften Biowissenschaften Biochemie Biomoleküle
- Naturwissenschaften Chemiewissenschaften anorganische Chemie Halogen
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Programm/Programme
Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Thema/Themen
Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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FP7-PEOPLE-2012-IEF
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Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
Koordinator
1081 HV Amsterdam
Niederlande
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.