Obiettivo
The subject of the present proposal is computational chemistry with specific aim to incorporate certain interactions into docking calculations. The docking technique helps the design and synthesis of efficient pharmaceuticals that act via ligand–receptor interactions. In the frame of the project, new scoring function (SF) term(s) will be introduced for selected interactions (π – π stacking and halogen bonds) using experimental enthalpic data and combined quantum-mechanical/molecular-mechanical calculations. Scoring functions play a central role in the quality and the speed of docking calculation In popular scoring functions (e.g. in the Autodock) enthalpic (ΔH) and entropic terms can be distinguished and the sum of these terms are correlated to experimental binding free energy (ΔG) values. Previous SF developments are principally based on this correlation, however, isothermal titration calorimetric (ITC) measurements afford the possibility of developing separately the two principal components. Introducing new terms for the description of the chosen special interactions, enthalpic part of the chosen SF (from the Autodock or Autodock-Vina program) will be improved with the help of fragment based ligand set augmented with experimental ΔH data.
In addition to introducing new SF terms, the application of fragment based test library in SF development is also an important novelty. It has several advantages as, for instance, screening with a fragment trained SF function on the fragment universe one can capture a more diverse hit space than with the usual high throughput screening on the chemical universe. Furthermore, in case of a fragment-size ligand the investigated special interactions can be more obviously separated from other effects in the binding analysis. Finally, larger QM environment can be taken into account for a fragment-size ligand than for peptide substrates providing more accurate theoretical results.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: https://op.europa.eu/it/web/eu-vocabularies/euroscivoc.
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- scienze mediche e della salute medicina di base farmacologia e farmacia farmaci
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole
- scienze naturali scienze chimiche chimica inorganica alogeni
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Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
FP7-PEOPLE-2012-IEF
Vedi altri progetti per questo bando
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
1081 HV Amsterdam
Paesi Bassi
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.