Obiettivo
Structure Based Protein Fold Recognition Using Dynamic Bayesian Networks Today it remains impossible to predict the three-dimensional structure of a protein based on its amino acid sequence alone. The ability to predict protein structure from sequence would have great impact on crucial areas ranging from understanding protein function over protein design to drug development. To simplify the problem, fold recognition methods try to evaluate the possibility that a query sequence adopts any of the already known folds (the template folds). This is already extremely useful, since knowing that a sequence likely corresponds to a certain fold can e.g. lead to the elucidation of the protein's function. This can e.g. be used to perform gene annotation on a genomic scale. We propose to construct a novel structure based protein fold recognition method that uses a probabilistic description of protein structure using Dynamic Bayesian Networks (Dens), a machine learning method for which efficient methods exist to perform inference and parameter learning from data. This will allow us to construct probabilistic models that are in many ways more advanced than currently used techniques. In particular, we will develop Dens that represents local amino acid preference, local backbone structure, residue exposure and no local residue-residue contacts of a 'general' protein structure. These probabilistic models can then be used to evaluate the fit between a given sequence family superimposed on a specific structure, le. As a scoring function in a fold recognition method.
Campo scientifico (EuroSciVoc)
CORDIS classifica i progetti con EuroSciVoc, una tassonomia multilingue dei campi scientifici, attraverso un processo semi-automatico basato su tecniche NLP. Cfr.: Il Vocabolario Scientifico Europeo.
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- scienze mediche e della salute medicina di base farmacologia e farmacia scoperta di farmaci
- scienze naturali scienze biologiche biochimica biomolecole proteine
- scienze naturali scienze chimiche chimica organica ammine
- scienze naturali informatica e scienze dell'informazione intelligenza artificiale apprendimento automatico
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Parole chiave
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Parole chiave del progetto, indicate dal coordinatore del progetto. Da non confondere con la tassonomia EuroSciVoc (campo scientifico).
Programma(i)
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Programmi di finanziamento pluriennali che definiscono le priorità dell’UE in materia di ricerca e innovazione.
Argomento(i)
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Gli inviti a presentare proposte sono suddivisi per argomenti. Un argomento definisce un’area o un tema specifico per il quale i candidati possono presentare proposte. La descrizione di un argomento comprende il suo ambito specifico e l’impatto previsto del progetto finanziato.
Invito a presentare proposte
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
Procedura per invitare i candidati a presentare proposte di progetti, con l’obiettivo di ricevere finanziamenti dall’UE.
FP6-2002-MOBILITY-5
Vedi altri progetti per questo bando
Meccanismo di finanziamento
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Meccanismo di finanziamento (o «Tipo di azione») all’interno di un programma con caratteristiche comuni. Specifica: l’ambito di ciò che viene finanziato; il tasso di rimborso; i criteri di valutazione specifici per qualificarsi per il finanziamento; l’uso di forme semplificate di costi come gli importi forfettari.
Coordinatore
COPENHAGEN K
Danimarca
I costi totali sostenuti dall’organizzazione per partecipare al progetto, compresi i costi diretti e indiretti. Questo importo è un sottoinsieme del bilancio complessivo del progetto.