Ziel
A recent era of RNA research discovered complex RNA regulatory networks that involve RNA binding proteins (RBPs) and RNA. These networks are particularly dynamic and complex in the central nervous system, and can lead to neurologic diseases if deregulated. The host lab studies the regulatory networks that control alternative splicing in the brain. Recently, the lab identified thousands of cryptic splice sites that are bound by the spliceosome, but do not lead to active splicing in the adult brain. In the present project, I will assess if splicing at some of these cryptic sites is regulated during brain development or disease. Moreover, I will determine the importance of such regulation for neuronal differentiation.
Most of the cryptic splice sites are present within long introns of genes that are only expressed in the brain. Therefore, I will employ genome-wide experimental and computational methods to study the regulation of cryptic splice sites in mouse embryonic stem cells (mESCs) and mouse brain from several developmental stages. It is known that binding of RBPs to target pre-mRNAs can actively repress cryptic splicing, which ensures expression of stable mRNAs. FUS and TDP-43 are two RBPs that regulate alternative splicing and lead to amyotrophic lateral sclerosis (ALS) when mutated. They have increased binding to the long introns and their depletion leads to decreased expression of long genes. I will therefore assess changes in splicing at cryptic sites upon depletion of FUS or TDP-43 in mESCs, in ALS mouse models, and in induced pluripotent stem cells (iPSCs) from ALS patients. Since de-repression of cryptic splice sites would lead to aberrant mRNAs, this may unravel the mechanism explaining how FUS and/or TDP-43 regulate the expression of long genes.
The study of genome-wide cryptic splicing regulation might uncover a novel mechanism controlling neuronal development, and explain how misregulation of long genes contributes to ALS neuropathology.
Wissenschaftliches Gebiet (EuroSciVoc)
CORDIS klassifiziert Projekte mit EuroSciVoc, einer mehrsprachigen Taxonomie der Wissenschaftsbereiche, durch einen halbautomatischen Prozess, der auf Verfahren der Verarbeitung natürlicher Sprache beruht. Siehe: Das European Science Vocabulary.
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Mehrjährige Finanzierungsprogramme, in denen die Prioritäten der EU für Forschung und Innovation festgelegt sind.
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Aufforderungen zur Einreichung von Vorschlägen sind nach Themen gegliedert. Ein Thema definiert einen bestimmten Bereich oder ein Gebiet, zu dem Vorschläge eingereicht werden können. Die Beschreibung eines Themas umfasst seinen spezifischen Umfang und die erwarteten Auswirkungen des finanzierten Projekts.
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Aufforderung zur Vorschlagseinreichung
Verfahren zur Aufforderung zur Einreichung von Projektvorschlägen mit dem Ziel, eine EU-Finanzierung zu erhalten.
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FP7-PEOPLE-2013-IEF
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Finanzierungsplan
Finanzierungsregelung (oder „Art der Maßnahme“) innerhalb eines Programms mit gemeinsamen Merkmalen. Sieht folgendes vor: den Umfang der finanzierten Maßnahmen, den Erstattungssatz, spezifische Bewertungskriterien für die Finanzierung und die Verwendung vereinfachter Kostenformen wie Pauschalbeträge.
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Koordinator
WC1E 6BT LONDON
Die Gesamtkosten, die dieser Organisation durch die Beteiligung am Projekt entstanden sind, einschließlich der direkten und indirekten Kosten. Dieser Betrag ist Teil des Gesamtbudgets des Projekts.