Identification and functional characterization of mammalian enhancers and transcriptional co-factors during cellular signaling and cell fate transitions

Información del proyecto

Enhancer ID

Identificador del acuerdo de subvención: 647320

DOI

10.3030/647320

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 19 Mayo 2015

Fecha de inicio 1 Septiembre 2015

Fecha de finalización 31 Enero 2022

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 999 906,00

Aportación de la UE

€ 1 999 906,00

Coordinado por

FORSCHUNGSINSTITUT FUR MOLEKULARE PATHOLOGIE GESELLSCHAFT MBH
Austria

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Publicaciones

Other (1)

DeepSTARR predicts enhancer activity from DNA sequence and enables the de novo design of enhancers

Autores: Bernardo P. de Almeida, Franziska Reiter, Michaela Pagani, Alexander Stark
Publicado en: bioRxiv, 2021
Editor: bioRxiv
DOI: 10.1101/2021.10.05.463203

Peer reviewed articles (6)

STARR-seq and UMI-STARR-seq: Assessing Enhancer Activities for Genome-Wide-, High-, and Low-Complexity Candidate Libraries.

Autores: Christoph Neumayr; Michaela Pagani; Alexander Stark; Alexander Stark; Cosmas D. Arnold
Publicado en: Current Protocols in Molecular Biology, Edición 2, 2019, ISSN 1934-3647
Editor: John Wiley and Sons Inc
DOI: 10.1002/cpmb.105

Genome-wide assessment of sequence-intrinsic enhancer responsiveness at single-base-pair resolution

Autores: Cosmas D Arnold, Muhammad A Zabidi, Michaela Pagani, Martina Rath, Katharina Schernhuber, Tomáš Kazmar, Alexander Stark
Publicado en: Nature Biotechnology, Edición 35/2, 2017, Página(s) 136-144, ISSN 1087-0156
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nbt.3739

Assessing sufficiency and necessity of enhancer activities for gene expression and the mechanisms of transcription activation

Autores: Rui R. Catarino, Alexander Stark
Publicado en: Genes & Development, Edición 32/3-4, 2018, Página(s) 202-223, ISSN 0890-9369
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.310367.117

Probing the canonicity of the Wnt/Wingless signaling pathway

Autores: Alexandra Franz, Daria Shlyueva, Erich Brunner, Alexander Stark, Konrad Basler
Publicado en: PLOS Genetics, Edición 13/4, 2017, Página(s) e1006700, ISSN 1553-7404
Editor: PLOS Genetics
DOI: 10.1371/journal.pgen.1006700

Resolving systematic errors in widely used enhancer activity assays in human cells

Autores: Felix Muerdter, Łukasz M Boryń, Ashley R Woodfin, Christoph Neumayr, Martina Rath, Muhammad A Zabidi, Michaela Pagani, Vanja Haberle, Tomáš Kazmar, Rui R Catarino, Katharina Schernhuber, Cosmas D Arnold, Alexander Stark
Publicado en: Nature Methods, Edición 15/2, 2018, Página(s) 141-149, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nmeth.4534

A high‐throughput method to identify trans‐activation domains within transcription factor sequences

Autores: Cosmas D Arnold, Filip Nemčko, Ashley R Woodfin, Sebastian Wienerroither, Anna Vlasova, Alexander Schleiffer, Michaela Pagani, Martina Rath, Alexander Stark
Publicado en: The EMBO Journal, Edición 37/16, 2018, ISSN 0261-4189
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.201798896