Identification and functional characterization of mammalian enhancers and transcriptional co-factors during cellular signaling and cell fate transitions

Informazioni relative al progetto

Enhancer ID

ID dell’accordo di sovvenzione: 647320

DOI

10.3030/647320

Progetto chiuso

Data della firma CE 19 Maggio 2015

Data di avvio 1 Settembre 2015

Data di completamento 31 Gennaio 2022

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 999 906,00

Contributo UE

€ 1 999 906,00

Coordinato da

FORSCHUNGSINSTITUT FUR MOLEKULARE PATHOLOGIE GESELLSCHAFT MBH
Austria

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Pubblicazioni

Other (1)

DeepSTARR predicts enhancer activity from DNA sequence and enables the de novo design of enhancers

Autori: Bernardo P. de Almeida, Franziska Reiter, Michaela Pagani, Alexander Stark
Pubblicato in: bioRxiv, 2021
Editore: bioRxiv
DOI: 10.1101/2021.10.05.463203

Peer reviewed articles (6)

STARR-seq and UMI-STARR-seq: Assessing Enhancer Activities for Genome-Wide-, High-, and Low-Complexity Candidate Libraries.

Autori: Christoph Neumayr; Michaela Pagani; Alexander Stark; Alexander Stark; Cosmas D. Arnold
Pubblicato in: Current Protocols in Molecular Biology, Numero 2, 2019, ISSN 1934-3647
Editore: John Wiley and Sons Inc
DOI: 10.1002/cpmb.105

Genome-wide assessment of sequence-intrinsic enhancer responsiveness at single-base-pair resolution

Autori: Cosmas D Arnold, Muhammad A Zabidi, Michaela Pagani, Martina Rath, Katharina Schernhuber, Tomáš Kazmar, Alexander Stark
Pubblicato in: Nature Biotechnology, Numero 35/2, 2017, Pagina/e 136-144, ISSN 1087-0156
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nbt.3739

Assessing sufficiency and necessity of enhancer activities for gene expression and the mechanisms of transcription activation

Autori: Rui R. Catarino, Alexander Stark
Pubblicato in: Genes & Development, Numero 32/3-4, 2018, Pagina/e 202-223, ISSN 0890-9369
Editore: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.310367.117

Probing the canonicity of the Wnt/Wingless signaling pathway

Autori: Alexandra Franz, Daria Shlyueva, Erich Brunner, Alexander Stark, Konrad Basler
Pubblicato in: PLOS Genetics, Numero 13/4, 2017, Pagina/e e1006700, ISSN 1553-7404
Editore: PLOS Genetics
DOI: 10.1371/journal.pgen.1006700

Resolving systematic errors in widely used enhancer activity assays in human cells

Autori: Felix Muerdter, Łukasz M Boryń, Ashley R Woodfin, Christoph Neumayr, Martina Rath, Muhammad A Zabidi, Michaela Pagani, Vanja Haberle, Tomáš Kazmar, Rui R Catarino, Katharina Schernhuber, Cosmas D Arnold, Alexander Stark
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 15/2, 2018, Pagina/e 141-149, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nmeth.4534

A high‐throughput method to identify trans‐activation domains within transcription factor sequences

Autori: Cosmas D Arnold, Filip Nemčko, Ashley R Woodfin, Sebastian Wienerroither, Anna Vlasova, Alexander Schleiffer, Michaela Pagani, Martina Rath, Alexander Stark
Pubblicato in: The EMBO Journal, Numero 37/16, 2018, ISSN 0261-4189
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.201798896