Identification and functional characterization of mammalian enhancers and transcriptional co-factors during cellular signaling and cell fate transitions

Projektinformationen

Enhancer ID

ID Finanzhilfevereinbarung: 647320

DOI

10.3030/647320

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 19 Mai 2015

Startdatum 1 September 2015

Enddatum 31 Januar 2022

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 999 906,00

EU-Beitrag

€ 1 999 906,00

Koordiniert durch

FORSCHUNGSINSTITUT FUR MOLEKULARE PATHOLOGIE GESELLSCHAFT MBH
Austria

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Veröffentlichungen

Other (1)

DeepSTARR predicts enhancer activity from DNA sequence and enables the de novo design of enhancers

Autoren: Bernardo P. de Almeida, Franziska Reiter, Michaela Pagani, Alexander Stark
Veröffentlicht in: bioRxiv, 2021
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2021.10.05.463203

Peer reviewed articles (6)

STARR-seq and UMI-STARR-seq: Assessing Enhancer Activities for Genome-Wide-, High-, and Low-Complexity Candidate Libraries.

Autoren: Christoph Neumayr; Michaela Pagani; Alexander Stark; Alexander Stark; Cosmas D. Arnold
Veröffentlicht in: Current Protocols in Molecular Biology, Ausgabe 2, 2019, ISSN 1934-3647
Herausgeber: John Wiley and Sons Inc
DOI: 10.1002/cpmb.105

Genome-wide assessment of sequence-intrinsic enhancer responsiveness at single-base-pair resolution

Autoren: Cosmas D Arnold, Muhammad A Zabidi, Michaela Pagani, Martina Rath, Katharina Schernhuber, Tomáš Kazmar, Alexander Stark
Veröffentlicht in: Nature Biotechnology, Ausgabe 35/2, 2017, Seite(n) 136-144, ISSN 1087-0156
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nbt.3739

Assessing sufficiency and necessity of enhancer activities for gene expression and the mechanisms of transcription activation

Autoren: Rui R. Catarino, Alexander Stark
Veröffentlicht in: Genes & Development, Ausgabe 32/3-4, 2018, Seite(n) 202-223, ISSN 0890-9369
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.310367.117

Probing the canonicity of the Wnt/Wingless signaling pathway

Autoren: Alexandra Franz, Daria Shlyueva, Erich Brunner, Alexander Stark, Konrad Basler
Veröffentlicht in: PLOS Genetics, Ausgabe 13/4, 2017, Seite(n) e1006700, ISSN 1553-7404
Herausgeber: PLOS Genetics
DOI: 10.1371/journal.pgen.1006700

Resolving systematic errors in widely used enhancer activity assays in human cells

Autoren: Felix Muerdter, Łukasz M Boryń, Ashley R Woodfin, Christoph Neumayr, Martina Rath, Muhammad A Zabidi, Michaela Pagani, Vanja Haberle, Tomáš Kazmar, Rui R Catarino, Katharina Schernhuber, Cosmas D Arnold, Alexander Stark
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 15/2, 2018, Seite(n) 141-149, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nmeth.4534

A high‐throughput method to identify trans‐activation domains within transcription factor sequences

Autoren: Cosmas D Arnold, Filip Nemčko, Ashley R Woodfin, Sebastian Wienerroither, Anna Vlasova, Alexander Schleiffer, Michaela Pagani, Martina Rath, Alexander Stark
Veröffentlicht in: The EMBO Journal, Ausgabe 37/16, 2018, ISSN 0261-4189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.201798896