Identification and functional characterization of mammalian enhancers and transcriptional co-factors during cellular signaling and cell fate transitions

Informations projet

Enhancer ID

N° de convention de subvention: 647320

DOI

10.3030/647320

Projet clôturé

Date de signature de la CE 19 Mai 2015

Date de début 1 Septembre 2015

Date de fin 31 Janvier 2022

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 999 906,00

Contribution de l’UE

€ 1 999 906,00

Coordonné par

FORSCHUNGSINSTITUT FUR MOLEKULARE PATHOLOGIE GESELLSCHAFT MBH
Austria

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Other (1)

DeepSTARR predicts enhancer activity from DNA sequence and enables the de novo design of enhancers

Auteurs: Bernardo P. de Almeida, Franziska Reiter, Michaela Pagani, Alexander Stark
Publié dans: bioRxiv, 2021
Éditeur: bioRxiv
DOI: 10.1101/2021.10.05.463203

Peer reviewed articles (6)

STARR-seq and UMI-STARR-seq: Assessing Enhancer Activities for Genome-Wide-, High-, and Low-Complexity Candidate Libraries.

Auteurs: Christoph Neumayr; Michaela Pagani; Alexander Stark; Alexander Stark; Cosmas D. Arnold
Publié dans: Current Protocols in Molecular Biology, Numéro 2, 2019, ISSN 1934-3647
Éditeur: John Wiley and Sons Inc
DOI: 10.1002/cpmb.105

Genome-wide assessment of sequence-intrinsic enhancer responsiveness at single-base-pair resolution

Auteurs: Cosmas D Arnold, Muhammad A Zabidi, Michaela Pagani, Martina Rath, Katharina Schernhuber, Tomáš Kazmar, Alexander Stark
Publié dans: Nature Biotechnology, Numéro 35/2, 2017, Page(s) 136-144, ISSN 1087-0156
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nbt.3739

Assessing sufficiency and necessity of enhancer activities for gene expression and the mechanisms of transcription activation

Auteurs: Rui R. Catarino, Alexander Stark
Publié dans: Genes & Development, Numéro 32/3-4, 2018, Page(s) 202-223, ISSN 0890-9369
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.310367.117

Probing the canonicity of the Wnt/Wingless signaling pathway

Auteurs: Alexandra Franz, Daria Shlyueva, Erich Brunner, Alexander Stark, Konrad Basler
Publié dans: PLOS Genetics, Numéro 13/4, 2017, Page(s) e1006700, ISSN 1553-7404
Éditeur: PLOS Genetics
DOI: 10.1371/journal.pgen.1006700

Resolving systematic errors in widely used enhancer activity assays in human cells

Auteurs: Felix Muerdter, Łukasz M Boryń, Ashley R Woodfin, Christoph Neumayr, Martina Rath, Muhammad A Zabidi, Michaela Pagani, Vanja Haberle, Tomáš Kazmar, Rui R Catarino, Katharina Schernhuber, Cosmas D Arnold, Alexander Stark
Publié dans: Nature Methods, Numéro 15/2, 2018, Page(s) 141-149, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nmeth.4534

A high‐throughput method to identify trans‐activation domains within transcription factor sequences

Auteurs: Cosmas D Arnold, Filip Nemčko, Ashley R Woodfin, Sebastian Wienerroither, Anna Vlasova, Alexander Schleiffer, Michaela Pagani, Martina Rath, Alexander Stark
Publié dans: The EMBO Journal, Numéro 37/16, 2018, ISSN 0261-4189
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.201798896