Readout of DNA methylation

Informations projet

ReaDMe

N° de convention de subvention: 667951

DOI 10.3030/667951

Projet clôturé

Date de signature de la CE 9 Septembre 2015

Date de début 1 Janvier 2016

Date de fin 31 Decembre 2020

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total € 2 136 969,00

Contribution de l’UE € 2 136 969,00

Coordonné par

FRIEDRICH MIESCHER INSTITUTE FOR BIOMEDICAL RESEARCH FONDATION
Switzerland

Publications

Peer reviewed articles (7)

A genome-scale map of DNA methylation turnover identifies site-specific dependencies of DNMT and TET activity

Auteurs: Paul Adrian Ginno, Dimos Gaidatzis, Angelika Feldmann, Leslie Hoerner, Dilek Imanci, Lukas Burger, Frederic Zilbermann, Antoine H. F. M. Peters, Frank Edenhofer, Sébastien A. Smallwood, Arnaud R. Krebs, Dirk Schübeler
Publié dans: Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-16354-x

Mechanisms of OCT4-SOX2 motif readout on nucleosomes

Auteurs: Alicia K. Michael, Ralph S. Grand, Luke Isbel, Simone Cavadini, Zuzanna Kozicka, Georg Kempf, Richard D. Bunker, Andreas D. Schenk, Alexandra Graff-Meyer, Ganesh R. Pathare, Joscha Weiss, Syota Matsumoto, Lukas Burger, Dirk Schübeler, Nicolas H. Thomä
Publié dans: Science, Numéro 368/6498, 2020, Page(s) 1460-1465, ISSN 0036-8075
Éditeur: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.abb0074

Molecular Co-occupancy Identifies Transcription Factor Binding Cooperativity In Vivo

Auteurs: Can Sönmezer, Rozemarijn Kleinendorst, Dilek Imanci, Guido Barzaghi, Laura Villacorta, Dirk Schübeler, Vladimir Benes, Nacho Molina, Arnaud Regis Krebs
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 81/2, 2021, Page(s) 255-267.e6, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2020.11.015

CG dinucleotides enhance promoter activity independent of DNA methylation

Auteurs: Dominik Hartl, Arnaud R. Krebs, Ralph S. Grand, Tuncay Baubec, Luke Isbel, Christiane Wirbelauer, Lukas Burger, Dirk Schübeler
Publié dans: Genome Research, Numéro 29/4, 2019, Page(s) 554-563, ISSN 1088-9051
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gr.241653.118

Binding of high mobility group A proteins to the mammalian genome occurs as a function of AT-content

Auteurs: Colombo, Daniele F; Burger, Lukas; Baubec, Tuncay; Schübeler, Dirk
Publié dans: PLoS Genetics, Numéro 1, 2017, ISSN 1553-7404
Éditeur: Nick Gilbert, Edinburgh Cancer Centre
DOI: 10.5167/uzh-144792

Cis-regulatory landscapes of four cell types of the retina

Auteurs: Dominik Hartl, Arnaud R. Krebs, Josephine Jüttner, Botond Roska, Dirk Schübeler
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 45/20, 2017, Page(s) 11607-11621, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkx923

Cell cycle-resolved chromatin proteomics reveals the extent of mitotic preservation of the genomic regulatory landscape

Auteurs: Paul Adrian Ginno, Lukas Burger, Jan Seebacher, Vytautas Iesmantavicius, Dirk Schübeler
Publié dans: Nature Communications, Numéro 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-06007-5