Structure function relationships of the phyllosphere microbiota

Informations projet

PhyMo

N° de convention de subvention: 668991

DOI

10.3030/668991

Projet clôturé

Date de signature de la CE 17 Août 2015

Date de début 1 Septembre 2015

Date de fin 31 Decembre 2020

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 499 980,00

Contribution de l’UE

€ 2 499 980,00

Coordonné par

EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH
Switzerland

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Publications

Peer reviewed articles (10)

Bipartite interactions, antibiotic production and biosynthetic potential of the Arabidopsis leaf microbiome

Auteurs: Eric J. N. Helfrich, Christine M. Vogel, Reiko Ueoka, Martin Schäfer, Florian Ryffel, Daniel B. Müller, Silke Probst, Markus Kreuzer, Jörn Piel, Julia A. Vorholt
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 3/8, 2018, Page(s) 909-919, ISSN 2058-5276
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41564-018-0200-0

Synthetic microbiota reveal priority effects and keystone strains in the Arabidopsis phyllosphere

Auteurs: Charlotte I. Carlström, Christopher M. Field, Miriam Bortfeld-Miller, Barbara Müller, Shinichi Sunagawa, Julia A. Vorholt
Publié dans: Nature Ecology & Evolution, Numéro 3/10, 2019, Page(s) 1445-1454, ISSN 2397-334X
Éditeur: Springer Nature
DOI: 10.1038/s41559-019-0994-z

Critical Assessment of Metagenome Interpretation—a benchmark of metagenomics software

Auteurs: Alexander Sczyrba, Peter Hofmann, Peter Belmann, David Koslicki, Stefan Janssen, Johannes Dröge, Ivan Gregor, Stephan Majda, Jessika Fiedler, Eik Dahms, Andreas Bremges, Adrian Fritz, Ruben Garrido-Oter, Tue Sparholt Jørgensen, Nicole Shapiro, Philip D Blood, Alexey Gurevich, Yang Bai, Dmitrij Turaev, Matthew Z DeMaere, Rayan Chikhi, Niranjan Nagarajan, Christopher Quince, Fernando Meyer, Monika
Publié dans: Nature Methods, Numéro 14/11, 2017, Page(s) 1063-1071, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nmeth.4458

Establishing Causality: Opportunities of Synthetic Communities for Plant Microbiome Research

Auteurs: Julia A. Vorholt, Christine Vogel, Charlotte I. Carlström, Daniel B. Müller
Publié dans: Cell Host & Microbe, Numéro 22/2, 2017, Page(s) 142-155, ISSN 1931-3128
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2017.07.004

Genomic features of bacterial adaptation to plants

Auteurs: Asaf Levy, Isai Salas Gonzalez, Maximilian Mittelviefhaus, Scott Clingenpeel, Sur Herrera Paredes, Jiamin Miao, Kunru Wang, Giulia Devescovi, Kyra Stillman, Freddy Monteiro, Bryan Rangel Alvarez, Derek S. Lundberg, Tse-Yuan Lu, Sarah Lebeis, Zhao Jin, Meredith McDonald, Andrew P. Klein, Meghan E. Feltcher, Tijana Glavina Rio, Sarah R. Grant, Sharon L. Doty, Ruth E. Ley, Bingyu Zhao, Vittorio Ventu
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 50/1, 2018, Page(s) 138-150, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-017-0012-9

The Plant Microbiota: Systems-Level Insights and Perspectives

Auteurs: Daniel B. Müller, Christine Vogel, Yang Bai, Julia A. Vorholt
Publié dans: Annual Review of Genetics, Numéro 50/1, 2016, Page(s) 211-234, ISSN 0066-4197
Éditeur: Annual Reviews, Inc.
DOI: 10.1146/annurev-genet-120215-034952

Systems-level Proteomics of Two Ubiquitous Leaf Commensals Reveals Complementary Adaptive Traits for Phyllosphere Colonization

Auteurs: Daniel B. Müller, Olga T. Schubert, Hannes Röst, Ruedi Aebersold, Julia A. Vorholt
Publié dans: Molecular & Cellular Proteomics, Numéro 15/10, 2016, Page(s) 3256-3269, ISSN 1535-9476
Éditeur: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/mcp.M116.058164

The Arabidopsis leaf transcriptome reveals distinct but also overlapping responses to colonization by phyllosphere commensals and pathogen infection with impact on plant health

Auteurs: Christine Vogel, Natacha Bodenhausen, Wilhelm Gruissem, Julia A. Vorholt
Publié dans: New Phytologist, Numéro 212/1, 2016, Page(s) 192-207, ISSN 0028-646X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/nph.14036

Functional overlap of the Arabidopsis leaf and root microbiota

Auteurs: Yang Bai, Daniel B. Müller, Girish Srinivas, Ruben Garrido-Oter, Eva Potthoff, Matthias Rott, Nina Dombrowski, Philipp C. Münch, Stijn Spaepen, Mitja Remus-Emsermann, Bruno Hüttel, Alice C. McHardy, Julia A. Vorholt, Paul Schulze-Lefert
Publié dans: Nature, Numéro 528/7582, 2015, Page(s) 364-369, ISSN 0028-0836
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/nature16192

A modular atomic force microscopy approach reveals a large range of hydrophobic adhesion forces among bacterial members of the leaf microbiota

Auteurs: Maximilian Mittelviefhaus, Daniel B. Müller, Tomaso Zambelli, Julia A. Vorholt
Publié dans: The ISME Journal, Numéro 13/7, 2019, Page(s) 1878-1882, ISSN 1751-7362
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41396-019-0404-1