Computational Microscopy of Crowded Membranes

Información del proyecto

COMP-MICR-CROW-MEM

Identificador del acuerdo de subvención: 669723

DOI

10.3030/669723

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 29 Junio 2015

Fecha de inicio 1 Noviembre 2015

Fecha de finalización 31 Octubre 2020

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 396 584,57

Aportación de la UE

€ 2 396 584,57

Coordinado por

RIJKSUNIVERSITEIT GRONINGEN
Netherlands

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Publicaciones

Peer reviewed articles (16)

Martini 3: a general purpose force field for coarse-grained molecular dynamics

Autores: Paulo C. T. Souza, Riccardo Alessandri, Jonathan Barnoud, Sebastian Thallmair, Ignacio Faustino, Fabian Grünewald, Ilias Patmanidis, Haleh Abdizadeh, Bart M. H. Bruininks, Tsjerk A. Wassenaar, Peter C. Kroon, Josef Melcr, Vincent Nieto, Valentina Corradi, Hanif M. Khan, Jan Domański, Matti Javanainen, Hector Martinez-Seara, Nathalie Reuter, Robert B. Best, Ilpo Vattulainen, Luca Monticelli, Xavi
Publicado en: Nature Methods, Edición 18/4, 2021, Página(s) 382-388, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01098-3

Computational Modeling of Realistic Cell Membranes

Autores: Siewert J. Marrink, Valentina Corradi, Paulo C.T. Souza, Helgi I. Ingólfsson, D. Peter Tieleman, Mark S.P. Sansom
Publicado en: Chemical Reviews, Edición 119/9, 2019, Página(s) 6184-6226, ISSN 0009-2665
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.chemrev.8b00460

Titratable Martini model for constant pH simulations

Autores: Fabian Grünewald, Paulo C. T. Souza, Haleh Abdizadeh, Jonathan Barnoud, Alex H. de Vries, Siewert J. Marrink
Publicado en: The Journal of Chemical Physics, Edición 153/2, 2020, Página(s) 024118, ISSN 0021-9606
Editor: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0014258

Computational Lipidomics of the Neuronal Plasma Membrane

Autores: Helgi I. Ingólfsson, Timothy S. Carpenter, Harsh Bhatia, Peer-Timo Bremer, Siewert J. Marrink, Felice C. Lightstone
Publicado en: Biophysical Journal, Edición 113/10, 2017, Página(s) 2271-2280, ISSN 0006-3495
Editor: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2017.10.017

Lipid–Protein Interactions Are Unique Fingerprints for Membrane Proteins

Autores: Valentina Corradi, Eduardo Mendez-Villuendas, Helgi I. Ingólfsson, Ruo-Xu Gu, Iwona Siuda, Manuel N. Melo, Anastassiia Moussatova, Lucien J. DeGagné, Besian I. Sejdiu, Gurpreet Singh, Tsjerk A. Wassenaar, Karelia Delgado Magnero, Siewert J. Marrink, D. Peter Tieleman
Publicado en: ACS Central Science, Edición 4/6, 2018, Página(s) 709-717, ISSN 2374-7943
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscentsci.8b00143

Lipid phase separation in the presence of hydrocarbons in giant unilamellar vesicles

Autores: Rianne Bartelds, Jonathan Barnoud, Arnold J. Boersma, Siewert J. Marrink, Bert Poolman
Publicado en: AIMS Biophysics, Edición 4/4, 2017, Página(s) 528-542, ISSN 2377-9098
Editor: AIMS
DOI: 10.3934/biophy.2017.4.528

Molecular Dynamics of the Association of L-Selectin and FERM Regulated by PIP2

Autores: Fude Sun, Carsten F.E. Schroer, Lida Xu, Huiwei Yin, Siewert J. Marrink, Shi-Zhong Luo
Publicado en: Biophysical Journal, Edición 114/8, 2018, Página(s) 1858-1868, ISSN 0006-3495
Editor: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2018.02.034

Ganglioside-Lipid and Ganglioside-Protein Interactions Revealed by Coarse-Grained and Atomistic Molecular Dynamics Simulations

Autores: Ruo-Xu Gu, Helgi I. Ingólfsson, Alex H. de Vries, Siewert J. Marrink, D. Peter Tieleman
Publicado en: The Journal of Physical Chemistry B, Edición 121/15, 2017, Página(s) 3262-3275, ISSN 1520-6106
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b07142

Structural insights into K48-linked ubiquitin chain formation by the Pex4p-Pex22p complex

Autores: Matthew R. Groves, Carsten F.E. Schroer, Adam J. Middleton, Sergey Lunev, Natasha Danda, Ameena M. Ali, Siewert J. Marrink, Chris Williams
Publicado en: Biochemical and Biophysical Research Communications, Edición 496/2, 2018, Página(s) 562-567, ISSN 0006-291X
Editor: Academic Press
DOI: 10.1016/j.bbrc.2017.12.150

Computational ‘microscopy’ of cellular membranes

Autores: Helgi I. Ingólfsson, Clément Arnarez, Xavier Periole, Siewert J. Marrink
Publicado en: Journal of Cell Science, Edición 129/2, 2016, Página(s) 257-268, ISSN 0021-9533
Editor: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.176040

Molecular Mechanism of Lipid Nanodisk Formation by Styrene-Maleic Acid Copolymers

Autores: Minmin Xue, Lisheng Cheng, Ignacio Faustino, Wanlin Guo, Siewert J. Marrink
Publicado en: Biophysical Journal, Edición 115/3, 2018, Página(s) 494-502, ISSN 0006-3495
Editor: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2018.06.018

Multiscale Simulation of Protein Hydration Using the SWINGER Dynamical Clustering Algorithm

Autores: Julija Zavadlav, Siewert J. Marrink, Matej Praprotnik
Publicado en: Journal of Chemical Theory and Computation, Edición 14/3, 2018, Página(s) 1754-1761, ISSN 1549-9618
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.7b01129

Molecular mechanism of cardiolipin-mediated assembly of respiratory chain supercomplexes

Autores: C. Arnarez, S. J. Marrink, X. Periole
Publicado en: Chemical Science, Edición 7/7, 2016, Página(s) 4435-4443, ISSN 2041-6520
Editor: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C5SC04664E

CHARMM-GUI Martini Maker for modeling and simulation of complex bacterial membranes with lipopolysaccharides

Autores: Pin-Chia Hsu, Bart M. H. Bruininks, Damien Jefferies, Paulo Cesar Telles de Souza, Jumin Lee, Dhilon S. Patel, Siewert J. Marrink, Yifei Qi, Syma Khalid, Wonpil Im
Publicado en: Journal of Computational Chemistry, Edición 38/27, 2017, Página(s) 2354-2363, ISSN 0192-8651
Editor: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/jcc.24895

Adaptive Resolution Simulation of Supramolecular Water: The Concurrent Making, Breaking, and Remaking of Water Bundles

Autores: Julija Zavadlav, Siewert J. Marrink, Matej Praprotnik
Publicado en: Journal of Chemical Theory and Computation, Edición 12/8, 2016, Página(s) 4138-4145, ISSN 1549-9618
Editor: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.6b00536

Protein–ligand binding with the coarse-grained Martini model

Autores: Paulo C. T. Souza, Sebastian Thallmair, Paolo Conflitti, Carlos Ramírez-Palacios, Riccardo Alessandri, Stefano Raniolo, Vittorio Limongelli, Siewert J. Marrink
Publicado en: Nature Communications, Edición 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-17437-5

Book chapters (1)

Protocol for Simulations of PEGylated Proteins with Martini 3

Autores: Fabian Grünewald, Peter C. Kroon, Paulo C. T. Souza, Siewert J. Marrink
Publicado en: Structural Genomics - General Applications, Edición 2199, 2021, Página(s) 315-335, ISBN 978-1-0716-0891-3
Editor: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-0892-0_18