Computational Microscopy of Crowded Membranes

Informacje na temat projektu

COMP-MICR-CROW-MEM

Identyfikator umowy o grant: 669723

DOI

10.3030/669723

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 29 Czerwca 2015

Data rozpoczęcia 1 Listopada 2015

Data zakończenia 31 Października 2020

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 2 396 584,57

Wkład UE

€ 2 396 584,57

Koordynowany przez

RIJKSUNIVERSITEIT GRONINGEN
Netherlands

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (16)

Martini 3: a general purpose force field for coarse-grained molecular dynamics

Autorzy: Paulo C. T. Souza, Riccardo Alessandri, Jonathan Barnoud, Sebastian Thallmair, Ignacio Faustino, Fabian Grünewald, Ilias Patmanidis, Haleh Abdizadeh, Bart M. H. Bruininks, Tsjerk A. Wassenaar, Peter C. Kroon, Josef Melcr, Vincent Nieto, Valentina Corradi, Hanif M. Khan, Jan Domański, Matti Javanainen, Hector Martinez-Seara, Nathalie Reuter, Robert B. Best, Ilpo Vattulainen, Luca Monticelli, Xavi
Opublikowane w: Nature Methods, Numer 18/4, 2021, Strona(/y) 382-388, ISSN 1548-7091
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01098-3

Computational Modeling of Realistic Cell Membranes

Autorzy: Siewert J. Marrink, Valentina Corradi, Paulo C.T. Souza, Helgi I. Ingólfsson, D. Peter Tieleman, Mark S.P. Sansom
Opublikowane w: Chemical Reviews, Numer 119/9, 2019, Strona(/y) 6184-6226, ISSN 0009-2665
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.chemrev.8b00460

Titratable Martini model for constant pH simulations

Autorzy: Fabian Grünewald, Paulo C. T. Souza, Haleh Abdizadeh, Jonathan Barnoud, Alex H. de Vries, Siewert J. Marrink
Opublikowane w: The Journal of Chemical Physics, Numer 153/2, 2020, Strona(/y) 024118, ISSN 0021-9606
Wydawca: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0014258

Computational Lipidomics of the Neuronal Plasma Membrane

Autorzy: Helgi I. Ingólfsson, Timothy S. Carpenter, Harsh Bhatia, Peer-Timo Bremer, Siewert J. Marrink, Felice C. Lightstone
Opublikowane w: Biophysical Journal, Numer 113/10, 2017, Strona(/y) 2271-2280, ISSN 0006-3495
Wydawca: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2017.10.017

Lipid–Protein Interactions Are Unique Fingerprints for Membrane Proteins

Autorzy: Valentina Corradi, Eduardo Mendez-Villuendas, Helgi I. Ingólfsson, Ruo-Xu Gu, Iwona Siuda, Manuel N. Melo, Anastassiia Moussatova, Lucien J. DeGagné, Besian I. Sejdiu, Gurpreet Singh, Tsjerk A. Wassenaar, Karelia Delgado Magnero, Siewert J. Marrink, D. Peter Tieleman
Opublikowane w: ACS Central Science, Numer 4/6, 2018, Strona(/y) 709-717, ISSN 2374-7943
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscentsci.8b00143

Lipid phase separation in the presence of hydrocarbons in giant unilamellar vesicles

Autorzy: Rianne Bartelds, Jonathan Barnoud, Arnold J. Boersma, Siewert J. Marrink, Bert Poolman
Opublikowane w: AIMS Biophysics, Numer 4/4, 2017, Strona(/y) 528-542, ISSN 2377-9098
Wydawca: AIMS
DOI: 10.3934/biophy.2017.4.528

Molecular Dynamics of the Association of L-Selectin and FERM Regulated by PIP2

Autorzy: Fude Sun, Carsten F.E. Schroer, Lida Xu, Huiwei Yin, Siewert J. Marrink, Shi-Zhong Luo
Opublikowane w: Biophysical Journal, Numer 114/8, 2018, Strona(/y) 1858-1868, ISSN 0006-3495
Wydawca: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2018.02.034

Ganglioside-Lipid and Ganglioside-Protein Interactions Revealed by Coarse-Grained and Atomistic Molecular Dynamics Simulations

Autorzy: Ruo-Xu Gu, Helgi I. Ingólfsson, Alex H. de Vries, Siewert J. Marrink, D. Peter Tieleman
Opublikowane w: The Journal of Physical Chemistry B, Numer 121/15, 2017, Strona(/y) 3262-3275, ISSN 1520-6106
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b07142

Structural insights into K48-linked ubiquitin chain formation by the Pex4p-Pex22p complex

Autorzy: Matthew R. Groves, Carsten F.E. Schroer, Adam J. Middleton, Sergey Lunev, Natasha Danda, Ameena M. Ali, Siewert J. Marrink, Chris Williams
Opublikowane w: Biochemical and Biophysical Research Communications, Numer 496/2, 2018, Strona(/y) 562-567, ISSN 0006-291X
Wydawca: Academic Press
DOI: 10.1016/j.bbrc.2017.12.150

Computational ‘microscopy’ of cellular membranes

Autorzy: Helgi I. Ingólfsson, Clément Arnarez, Xavier Periole, Siewert J. Marrink
Opublikowane w: Journal of Cell Science, Numer 129/2, 2016, Strona(/y) 257-268, ISSN 0021-9533
Wydawca: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.176040

Molecular Mechanism of Lipid Nanodisk Formation by Styrene-Maleic Acid Copolymers

Autorzy: Minmin Xue, Lisheng Cheng, Ignacio Faustino, Wanlin Guo, Siewert J. Marrink
Opublikowane w: Biophysical Journal, Numer 115/3, 2018, Strona(/y) 494-502, ISSN 0006-3495
Wydawca: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2018.06.018

Multiscale Simulation of Protein Hydration Using the SWINGER Dynamical Clustering Algorithm

Autorzy: Julija Zavadlav, Siewert J. Marrink, Matej Praprotnik
Opublikowane w: Journal of Chemical Theory and Computation, Numer 14/3, 2018, Strona(/y) 1754-1761, ISSN 1549-9618
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.7b01129

Molecular mechanism of cardiolipin-mediated assembly of respiratory chain supercomplexes

Autorzy: C. Arnarez, S. J. Marrink, X. Periole
Opublikowane w: Chemical Science, Numer 7/7, 2016, Strona(/y) 4435-4443, ISSN 2041-6520
Wydawca: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C5SC04664E

CHARMM-GUI Martini Maker for modeling and simulation of complex bacterial membranes with lipopolysaccharides

Autorzy: Pin-Chia Hsu, Bart M. H. Bruininks, Damien Jefferies, Paulo Cesar Telles de Souza, Jumin Lee, Dhilon S. Patel, Siewert J. Marrink, Yifei Qi, Syma Khalid, Wonpil Im
Opublikowane w: Journal of Computational Chemistry, Numer 38/27, 2017, Strona(/y) 2354-2363, ISSN 0192-8651
Wydawca: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/jcc.24895

Adaptive Resolution Simulation of Supramolecular Water: The Concurrent Making, Breaking, and Remaking of Water Bundles

Autorzy: Julija Zavadlav, Siewert J. Marrink, Matej Praprotnik
Opublikowane w: Journal of Chemical Theory and Computation, Numer 12/8, 2016, Strona(/y) 4138-4145, ISSN 1549-9618
Wydawca: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.6b00536

Protein–ligand binding with the coarse-grained Martini model

Autorzy: Paulo C. T. Souza, Sebastian Thallmair, Paolo Conflitti, Carlos Ramírez-Palacios, Riccardo Alessandri, Stefano Raniolo, Vittorio Limongelli, Siewert J. Marrink
Opublikowane w: Nature Communications, Numer 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-17437-5

Book chapters (1)

Protocol for Simulations of PEGylated Proteins with Martini 3

Autorzy: Fabian Grünewald, Peter C. Kroon, Paulo C. T. Souza, Siewert J. Marrink
Opublikowane w: Structural Genomics - General Applications, Numer 2199, 2021, Strona(/y) 315-335, ISBN 978-1-0716-0891-3
Wydawca: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-0892-0_18