Computational Microscopy of Crowded Membranes

Informations projet

COMP-MICR-CROW-MEM

N° de convention de subvention: 669723

DOI

10.3030/669723

Projet clôturé

Date de signature de la CE 29 Juin 2015

Date de début 1 Novembre 2015

Date de fin 31 Octobre 2020

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 2 396 584,57

Contribution de l’UE

€ 2 396 584,57

Coordonné par

RIJKSUNIVERSITEIT GRONINGEN
Netherlands

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Publications

Peer reviewed articles (16)

Martini 3: a general purpose force field for coarse-grained molecular dynamics

Auteurs: Paulo C. T. Souza, Riccardo Alessandri, Jonathan Barnoud, Sebastian Thallmair, Ignacio Faustino, Fabian Grünewald, Ilias Patmanidis, Haleh Abdizadeh, Bart M. H. Bruininks, Tsjerk A. Wassenaar, Peter C. Kroon, Josef Melcr, Vincent Nieto, Valentina Corradi, Hanif M. Khan, Jan Domański, Matti Javanainen, Hector Martinez-Seara, Nathalie Reuter, Robert B. Best, Ilpo Vattulainen, Luca Monticelli, Xavi
Publié dans: Nature Methods, Numéro 18/4, 2021, Page(s) 382-388, ISSN 1548-7091
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01098-3

Computational Modeling of Realistic Cell Membranes

Auteurs: Siewert J. Marrink, Valentina Corradi, Paulo C.T. Souza, Helgi I. Ingólfsson, D. Peter Tieleman, Mark S.P. Sansom
Publié dans: Chemical Reviews, Numéro 119/9, 2019, Page(s) 6184-6226, ISSN 0009-2665
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.chemrev.8b00460

Titratable Martini model for constant pH simulations

Auteurs: Fabian Grünewald, Paulo C. T. Souza, Haleh Abdizadeh, Jonathan Barnoud, Alex H. de Vries, Siewert J. Marrink
Publié dans: The Journal of Chemical Physics, Numéro 153/2, 2020, Page(s) 024118, ISSN 0021-9606
Éditeur: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0014258

Computational Lipidomics of the Neuronal Plasma Membrane

Auteurs: Helgi I. Ingólfsson, Timothy S. Carpenter, Harsh Bhatia, Peer-Timo Bremer, Siewert J. Marrink, Felice C. Lightstone
Publié dans: Biophysical Journal, Numéro 113/10, 2017, Page(s) 2271-2280, ISSN 0006-3495
Éditeur: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2017.10.017

Lipid–Protein Interactions Are Unique Fingerprints for Membrane Proteins

Auteurs: Valentina Corradi, Eduardo Mendez-Villuendas, Helgi I. Ingólfsson, Ruo-Xu Gu, Iwona Siuda, Manuel N. Melo, Anastassiia Moussatova, Lucien J. DeGagné, Besian I. Sejdiu, Gurpreet Singh, Tsjerk A. Wassenaar, Karelia Delgado Magnero, Siewert J. Marrink, D. Peter Tieleman
Publié dans: ACS Central Science, Numéro 4/6, 2018, Page(s) 709-717, ISSN 2374-7943
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscentsci.8b00143

Lipid phase separation in the presence of hydrocarbons in giant unilamellar vesicles

Auteurs: Rianne Bartelds, Jonathan Barnoud, Arnold J. Boersma, Siewert J. Marrink, Bert Poolman
Publié dans: AIMS Biophysics, Numéro 4/4, 2017, Page(s) 528-542, ISSN 2377-9098
Éditeur: AIMS
DOI: 10.3934/biophy.2017.4.528

Molecular Dynamics of the Association of L-Selectin and FERM Regulated by PIP2

Auteurs: Fude Sun, Carsten F.E. Schroer, Lida Xu, Huiwei Yin, Siewert J. Marrink, Shi-Zhong Luo
Publié dans: Biophysical Journal, Numéro 114/8, 2018, Page(s) 1858-1868, ISSN 0006-3495
Éditeur: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2018.02.034

Ganglioside-Lipid and Ganglioside-Protein Interactions Revealed by Coarse-Grained and Atomistic Molecular Dynamics Simulations

Auteurs: Ruo-Xu Gu, Helgi I. Ingólfsson, Alex H. de Vries, Siewert J. Marrink, D. Peter Tieleman
Publié dans: The Journal of Physical Chemistry B, Numéro 121/15, 2017, Page(s) 3262-3275, ISSN 1520-6106
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b07142

Structural insights into K48-linked ubiquitin chain formation by the Pex4p-Pex22p complex

Auteurs: Matthew R. Groves, Carsten F.E. Schroer, Adam J. Middleton, Sergey Lunev, Natasha Danda, Ameena M. Ali, Siewert J. Marrink, Chris Williams
Publié dans: Biochemical and Biophysical Research Communications, Numéro 496/2, 2018, Page(s) 562-567, ISSN 0006-291X
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.bbrc.2017.12.150

Computational ‘microscopy’ of cellular membranes

Auteurs: Helgi I. Ingólfsson, Clément Arnarez, Xavier Periole, Siewert J. Marrink
Publié dans: Journal of Cell Science, Numéro 129/2, 2016, Page(s) 257-268, ISSN 0021-9533
Éditeur: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.176040

Molecular Mechanism of Lipid Nanodisk Formation by Styrene-Maleic Acid Copolymers

Auteurs: Minmin Xue, Lisheng Cheng, Ignacio Faustino, Wanlin Guo, Siewert J. Marrink
Publié dans: Biophysical Journal, Numéro 115/3, 2018, Page(s) 494-502, ISSN 0006-3495
Éditeur: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2018.06.018

Multiscale Simulation of Protein Hydration Using the SWINGER Dynamical Clustering Algorithm

Auteurs: Julija Zavadlav, Siewert J. Marrink, Matej Praprotnik
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, Numéro 14/3, 2018, Page(s) 1754-1761, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.7b01129

Molecular mechanism of cardiolipin-mediated assembly of respiratory chain supercomplexes

Auteurs: C. Arnarez, S. J. Marrink, X. Periole
Publié dans: Chemical Science, Numéro 7/7, 2016, Page(s) 4435-4443, ISSN 2041-6520
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C5SC04664E

CHARMM-GUI Martini Maker for modeling and simulation of complex bacterial membranes with lipopolysaccharides

Auteurs: Pin-Chia Hsu, Bart M. H. Bruininks, Damien Jefferies, Paulo Cesar Telles de Souza, Jumin Lee, Dhilon S. Patel, Siewert J. Marrink, Yifei Qi, Syma Khalid, Wonpil Im
Publié dans: Journal of Computational Chemistry, Numéro 38/27, 2017, Page(s) 2354-2363, ISSN 0192-8651
Éditeur: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/jcc.24895

Adaptive Resolution Simulation of Supramolecular Water: The Concurrent Making, Breaking, and Remaking of Water Bundles

Auteurs: Julija Zavadlav, Siewert J. Marrink, Matej Praprotnik
Publié dans: Journal of Chemical Theory and Computation, Numéro 12/8, 2016, Page(s) 4138-4145, ISSN 1549-9618
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.6b00536

Protein–ligand binding with the coarse-grained Martini model

Auteurs: Paulo C. T. Souza, Sebastian Thallmair, Paolo Conflitti, Carlos Ramírez-Palacios, Riccardo Alessandri, Stefano Raniolo, Vittorio Limongelli, Siewert J. Marrink
Publié dans: Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-17437-5

Book chapters (1)

Protocol for Simulations of PEGylated Proteins with Martini 3

Auteurs: Fabian Grünewald, Peter C. Kroon, Paulo C. T. Souza, Siewert J. Marrink
Publié dans: Structural Genomics - General Applications, Numéro 2199, 2021, Page(s) 315-335, ISBN 978-1-0716-0891-3
Éditeur: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-0892-0_18