Computational Microscopy of Crowded Membranes

Projektinformationen

COMP-MICR-CROW-MEM

ID Finanzhilfevereinbarung: 669723

DOI

10.3030/669723

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 29 Juni 2015

Startdatum 1 November 2015

Enddatum 31 Oktober 2020

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 396 584,57

EU-Beitrag

€ 2 396 584,57

Koordiniert durch

RIJKSUNIVERSITEIT GRONINGEN
Netherlands

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (16)

Martini 3: a general purpose force field for coarse-grained molecular dynamics

Autoren: Paulo C. T. Souza, Riccardo Alessandri, Jonathan Barnoud, Sebastian Thallmair, Ignacio Faustino, Fabian Grünewald, Ilias Patmanidis, Haleh Abdizadeh, Bart M. H. Bruininks, Tsjerk A. Wassenaar, Peter C. Kroon, Josef Melcr, Vincent Nieto, Valentina Corradi, Hanif M. Khan, Jan Domański, Matti Javanainen, Hector Martinez-Seara, Nathalie Reuter, Robert B. Best, Ilpo Vattulainen, Luca Monticelli, Xavi
Veröffentlicht in: Nature Methods, Ausgabe 18/4, 2021, Seite(n) 382-388, ISSN 1548-7091
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01098-3

Computational Modeling of Realistic Cell Membranes

Autoren: Siewert J. Marrink, Valentina Corradi, Paulo C.T. Souza, Helgi I. Ingólfsson, D. Peter Tieleman, Mark S.P. Sansom
Veröffentlicht in: Chemical Reviews, Ausgabe 119/9, 2019, Seite(n) 6184-6226, ISSN 0009-2665
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.chemrev.8b00460

Titratable Martini model for constant pH simulations

Autoren: Fabian Grünewald, Paulo C. T. Souza, Haleh Abdizadeh, Jonathan Barnoud, Alex H. de Vries, Siewert J. Marrink
Veröffentlicht in: The Journal of Chemical Physics, Ausgabe 153/2, 2020, Seite(n) 024118, ISSN 0021-9606
Herausgeber: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0014258

Computational Lipidomics of the Neuronal Plasma Membrane

Autoren: Helgi I. Ingólfsson, Timothy S. Carpenter, Harsh Bhatia, Peer-Timo Bremer, Siewert J. Marrink, Felice C. Lightstone
Veröffentlicht in: Biophysical Journal, Ausgabe 113/10, 2017, Seite(n) 2271-2280, ISSN 0006-3495
Herausgeber: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2017.10.017

Lipid–Protein Interactions Are Unique Fingerprints for Membrane Proteins

Autoren: Valentina Corradi, Eduardo Mendez-Villuendas, Helgi I. Ingólfsson, Ruo-Xu Gu, Iwona Siuda, Manuel N. Melo, Anastassiia Moussatova, Lucien J. DeGagné, Besian I. Sejdiu, Gurpreet Singh, Tsjerk A. Wassenaar, Karelia Delgado Magnero, Siewert J. Marrink, D. Peter Tieleman
Veröffentlicht in: ACS Central Science, Ausgabe 4/6, 2018, Seite(n) 709-717, ISSN 2374-7943
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscentsci.8b00143

Lipid phase separation in the presence of hydrocarbons in giant unilamellar vesicles

Autoren: Rianne Bartelds, Jonathan Barnoud, Arnold J. Boersma, Siewert J. Marrink, Bert Poolman
Veröffentlicht in: AIMS Biophysics, Ausgabe 4/4, 2017, Seite(n) 528-542, ISSN 2377-9098
Herausgeber: AIMS
DOI: 10.3934/biophy.2017.4.528

Molecular Dynamics of the Association of L-Selectin and FERM Regulated by PIP2

Autoren: Fude Sun, Carsten F.E. Schroer, Lida Xu, Huiwei Yin, Siewert J. Marrink, Shi-Zhong Luo
Veröffentlicht in: Biophysical Journal, Ausgabe 114/8, 2018, Seite(n) 1858-1868, ISSN 0006-3495
Herausgeber: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2018.02.034

Ganglioside-Lipid and Ganglioside-Protein Interactions Revealed by Coarse-Grained and Atomistic Molecular Dynamics Simulations

Autoren: Ruo-Xu Gu, Helgi I. Ingólfsson, Alex H. de Vries, Siewert J. Marrink, D. Peter Tieleman
Veröffentlicht in: The Journal of Physical Chemistry B, Ausgabe 121/15, 2017, Seite(n) 3262-3275, ISSN 1520-6106
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b07142

Structural insights into K48-linked ubiquitin chain formation by the Pex4p-Pex22p complex

Autoren: Matthew R. Groves, Carsten F.E. Schroer, Adam J. Middleton, Sergey Lunev, Natasha Danda, Ameena M. Ali, Siewert J. Marrink, Chris Williams
Veröffentlicht in: Biochemical and Biophysical Research Communications, Ausgabe 496/2, 2018, Seite(n) 562-567, ISSN 0006-291X
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.bbrc.2017.12.150

Computational ‘microscopy’ of cellular membranes

Autoren: Helgi I. Ingólfsson, Clément Arnarez, Xavier Periole, Siewert J. Marrink
Veröffentlicht in: Journal of Cell Science, Ausgabe 129/2, 2016, Seite(n) 257-268, ISSN 0021-9533
Herausgeber: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.176040

Molecular Mechanism of Lipid Nanodisk Formation by Styrene-Maleic Acid Copolymers

Autoren: Minmin Xue, Lisheng Cheng, Ignacio Faustino, Wanlin Guo, Siewert J. Marrink
Veröffentlicht in: Biophysical Journal, Ausgabe 115/3, 2018, Seite(n) 494-502, ISSN 0006-3495
Herausgeber: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2018.06.018

Multiscale Simulation of Protein Hydration Using the SWINGER Dynamical Clustering Algorithm

Autoren: Julija Zavadlav, Siewert J. Marrink, Matej Praprotnik
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, Ausgabe 14/3, 2018, Seite(n) 1754-1761, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.7b01129

Molecular mechanism of cardiolipin-mediated assembly of respiratory chain supercomplexes

Autoren: C. Arnarez, S. J. Marrink, X. Periole
Veröffentlicht in: Chemical Science, Ausgabe 7/7, 2016, Seite(n) 4435-4443, ISSN 2041-6520
Herausgeber: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C5SC04664E

CHARMM-GUI Martini Maker for modeling and simulation of complex bacterial membranes with lipopolysaccharides

Autoren: Pin-Chia Hsu, Bart M. H. Bruininks, Damien Jefferies, Paulo Cesar Telles de Souza, Jumin Lee, Dhilon S. Patel, Siewert J. Marrink, Yifei Qi, Syma Khalid, Wonpil Im
Veröffentlicht in: Journal of Computational Chemistry, Ausgabe 38/27, 2017, Seite(n) 2354-2363, ISSN 0192-8651
Herausgeber: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/jcc.24895

Adaptive Resolution Simulation of Supramolecular Water: The Concurrent Making, Breaking, and Remaking of Water Bundles

Autoren: Julija Zavadlav, Siewert J. Marrink, Matej Praprotnik
Veröffentlicht in: Journal of Chemical Theory and Computation, Ausgabe 12/8, 2016, Seite(n) 4138-4145, ISSN 1549-9618
Herausgeber: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.6b00536

Protein–ligand binding with the coarse-grained Martini model

Autoren: Paulo C. T. Souza, Sebastian Thallmair, Paolo Conflitti, Carlos Ramírez-Palacios, Riccardo Alessandri, Stefano Raniolo, Vittorio Limongelli, Siewert J. Marrink
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-17437-5

Book chapters (1)

Protocol for Simulations of PEGylated Proteins with Martini 3

Autoren: Fabian Grünewald, Peter C. Kroon, Paulo C. T. Souza, Siewert J. Marrink
Veröffentlicht in: Structural Genomics - General Applications, Ausgabe 2199, 2021, Seite(n) 315-335, ISBN 978-1-0716-0891-3
Herausgeber: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-0892-0_18