Computational Microscopy of Crowded Membranes

Informazioni relative al progetto

COMP-MICR-CROW-MEM

ID dell’accordo di sovvenzione: 669723

DOI

10.3030/669723

Progetto chiuso

Data della firma CE 29 Giugno 2015

Data di avvio 1 Novembre 2015

Data di completamento 31 Ottobre 2020

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 2 396 584,57

Contributo UE

€ 2 396 584,57

Coordinato da

RIJKSUNIVERSITEIT GRONINGEN
Netherlands

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Pubblicazioni

Peer reviewed articles (16)

Martini 3: a general purpose force field for coarse-grained molecular dynamics

Autori: Paulo C. T. Souza, Riccardo Alessandri, Jonathan Barnoud, Sebastian Thallmair, Ignacio Faustino, Fabian Grünewald, Ilias Patmanidis, Haleh Abdizadeh, Bart M. H. Bruininks, Tsjerk A. Wassenaar, Peter C. Kroon, Josef Melcr, Vincent Nieto, Valentina Corradi, Hanif M. Khan, Jan Domański, Matti Javanainen, Hector Martinez-Seara, Nathalie Reuter, Robert B. Best, Ilpo Vattulainen, Luca Monticelli, Xavi
Pubblicato in: Nature Methods, Numero 18/4, 2021, Pagina/e 382-388, ISSN 1548-7091
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01098-3

Computational Modeling of Realistic Cell Membranes

Autori: Siewert J. Marrink, Valentina Corradi, Paulo C.T. Souza, Helgi I. Ingólfsson, D. Peter Tieleman, Mark S.P. Sansom
Pubblicato in: Chemical Reviews, Numero 119/9, 2019, Pagina/e 6184-6226, ISSN 0009-2665
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.chemrev.8b00460

Titratable Martini model for constant pH simulations

Autori: Fabian Grünewald, Paulo C. T. Souza, Haleh Abdizadeh, Jonathan Barnoud, Alex H. de Vries, Siewert J. Marrink
Pubblicato in: The Journal of Chemical Physics, Numero 153/2, 2020, Pagina/e 024118, ISSN 0021-9606
Editore: American Institute of Physics
DOI: 10.1063/5.0014258

Computational Lipidomics of the Neuronal Plasma Membrane

Autori: Helgi I. Ingólfsson, Timothy S. Carpenter, Harsh Bhatia, Peer-Timo Bremer, Siewert J. Marrink, Felice C. Lightstone
Pubblicato in: Biophysical Journal, Numero 113/10, 2017, Pagina/e 2271-2280, ISSN 0006-3495
Editore: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2017.10.017

Lipid–Protein Interactions Are Unique Fingerprints for Membrane Proteins

Autori: Valentina Corradi, Eduardo Mendez-Villuendas, Helgi I. Ingólfsson, Ruo-Xu Gu, Iwona Siuda, Manuel N. Melo, Anastassiia Moussatova, Lucien J. DeGagné, Besian I. Sejdiu, Gurpreet Singh, Tsjerk A. Wassenaar, Karelia Delgado Magnero, Siewert J. Marrink, D. Peter Tieleman
Pubblicato in: ACS Central Science, Numero 4/6, 2018, Pagina/e 709-717, ISSN 2374-7943
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acscentsci.8b00143

Lipid phase separation in the presence of hydrocarbons in giant unilamellar vesicles

Autori: Rianne Bartelds, Jonathan Barnoud, Arnold J. Boersma, Siewert J. Marrink, Bert Poolman
Pubblicato in: AIMS Biophysics, Numero 4/4, 2017, Pagina/e 528-542, ISSN 2377-9098
Editore: AIMS
DOI: 10.3934/biophy.2017.4.528

Molecular Dynamics of the Association of L-Selectin and FERM Regulated by PIP2

Autori: Fude Sun, Carsten F.E. Schroer, Lida Xu, Huiwei Yin, Siewert J. Marrink, Shi-Zhong Luo
Pubblicato in: Biophysical Journal, Numero 114/8, 2018, Pagina/e 1858-1868, ISSN 0006-3495
Editore: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2018.02.034

Ganglioside-Lipid and Ganglioside-Protein Interactions Revealed by Coarse-Grained and Atomistic Molecular Dynamics Simulations

Autori: Ruo-Xu Gu, Helgi I. Ingólfsson, Alex H. de Vries, Siewert J. Marrink, D. Peter Tieleman
Pubblicato in: The Journal of Physical Chemistry B, Numero 121/15, 2017, Pagina/e 3262-3275, ISSN 1520-6106
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jpcb.6b07142

Structural insights into K48-linked ubiquitin chain formation by the Pex4p-Pex22p complex

Autori: Matthew R. Groves, Carsten F.E. Schroer, Adam J. Middleton, Sergey Lunev, Natasha Danda, Ameena M. Ali, Siewert J. Marrink, Chris Williams
Pubblicato in: Biochemical and Biophysical Research Communications, Numero 496/2, 2018, Pagina/e 562-567, ISSN 0006-291X
Editore: Academic Press
DOI: 10.1016/j.bbrc.2017.12.150

Computational ‘microscopy’ of cellular membranes

Autori: Helgi I. Ingólfsson, Clément Arnarez, Xavier Periole, Siewert J. Marrink
Pubblicato in: Journal of Cell Science, Numero 129/2, 2016, Pagina/e 257-268, ISSN 0021-9533
Editore: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/jcs.176040

Molecular Mechanism of Lipid Nanodisk Formation by Styrene-Maleic Acid Copolymers

Autori: Minmin Xue, Lisheng Cheng, Ignacio Faustino, Wanlin Guo, Siewert J. Marrink
Pubblicato in: Biophysical Journal, Numero 115/3, 2018, Pagina/e 494-502, ISSN 0006-3495
Editore: Biophysical Society
DOI: 10.1016/j.bpj.2018.06.018

Multiscale Simulation of Protein Hydration Using the SWINGER Dynamical Clustering Algorithm

Autori: Julija Zavadlav, Siewert J. Marrink, Matej Praprotnik
Pubblicato in: Journal of Chemical Theory and Computation, Numero 14/3, 2018, Pagina/e 1754-1761, ISSN 1549-9618
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.7b01129

Molecular mechanism of cardiolipin-mediated assembly of respiratory chain supercomplexes

Autori: C. Arnarez, S. J. Marrink, X. Periole
Pubblicato in: Chemical Science, Numero 7/7, 2016, Pagina/e 4435-4443, ISSN 2041-6520
Editore: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C5SC04664E

CHARMM-GUI Martini Maker for modeling and simulation of complex bacterial membranes with lipopolysaccharides

Autori: Pin-Chia Hsu, Bart M. H. Bruininks, Damien Jefferies, Paulo Cesar Telles de Souza, Jumin Lee, Dhilon S. Patel, Siewert J. Marrink, Yifei Qi, Syma Khalid, Wonpil Im
Pubblicato in: Journal of Computational Chemistry, Numero 38/27, 2017, Pagina/e 2354-2363, ISSN 0192-8651
Editore: John Wiley & Sons Inc.
DOI: 10.1002/jcc.24895

Adaptive Resolution Simulation of Supramolecular Water: The Concurrent Making, Breaking, and Remaking of Water Bundles

Autori: Julija Zavadlav, Siewert J. Marrink, Matej Praprotnik
Pubblicato in: Journal of Chemical Theory and Computation, Numero 12/8, 2016, Pagina/e 4138-4145, ISSN 1549-9618
Editore: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jctc.6b00536

Protein–ligand binding with the coarse-grained Martini model

Autori: Paulo C. T. Souza, Sebastian Thallmair, Paolo Conflitti, Carlos Ramírez-Palacios, Riccardo Alessandri, Stefano Raniolo, Vittorio Limongelli, Siewert J. Marrink
Pubblicato in: Nature Communications, Numero 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-17437-5

Book chapters (1)

Protocol for Simulations of PEGylated Proteins with Martini 3

Autori: Fabian Grünewald, Peter C. Kroon, Paulo C. T. Souza, Siewert J. Marrink
Pubblicato in: Structural Genomics - General Applications, Numero 2199, 2021, Pagina/e 315-335, ISBN 978-1-0716-0891-3
Editore: Springer US
DOI: 10.1007/978-1-0716-0892-0_18