Study of the interplay between CRISPR interference and DNA repair pathways towards the development of novel CRISPR tools

Publications

The impact of genetic diversity on gene essentiality within the Escherichia coli species

Auteurs: François Rousset, Jose Cabezas-Caballero, Florence Piastra-Facon, Jesús Fernández-Rodríguez, Olivier Clermont, Erick Denamur, Eduardo P. C. Rocha, David Bikard
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 20585276, 2021, ISSN 2058-5276
Éditeur: Nature Microbiology
DOI: 10.1038/s41564-020-00839-y

CRISPR Tools To Control Gene Expression in Bacteria

Auteurs: Antoine Vigouroux, David Bikard
Publié dans: Microbiology and Molecular Biology Reviews, Numéro 84/2, 2020, ISSN 1092-2172
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mmbr.00077-19

Class-A penicillin binding proteins do not contribute to cell shape but repair cell-wall defects

Auteurs: Antoine Vigouroux, Baptiste Cordier, Andrey Aristov, Laura Alvarez, Gizem Özbaykal, Thibault Chaze, Enno Rainer Oldewurtel, Mariette Matondo, Felipe Cava, David Bikard, Sven van Teeffelen
Publié dans: eLife, Numéro 9, 2020, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/eLife.51998

Lipoprotein DolP supports proper folding of BamA in the bacterial outer membrane, promoting fitness upon envelope stress.

Auteurs: David Ranava; Yiying Yang; Luis Orenday-Tapia; François Rousset; Catherine Turlan; Violette Morales; Lun Cui; Cyril Moulin; Carine Froment; Gladys Munoz; Jérôme Rech; Julien Marcoux; Anne Caumont-Sarcos; Cécile Albenne; David Bikard; Raffaele Ieva
Publié dans: Elife, Numéro 2050084X, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.67817

Gene silencing with CRISPRi in bacteria and optimization of dCas9 expression levels

Auteurs: Florence Depardieu, David Bikard
Publié dans: Methods, Numéro 172, 2020, Page(s) 61-75, ISSN 1046-2023
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymeth.2019.07.024

A CRISPRi screen in E. coli reveals sequence-specific toxicity of dCas9

Auteurs: Lun Cui, Antoine Vigouroux, François Rousset, Hugo Varet, Varun Khanna, David Bikard
Publié dans: Nature Communications, Numéro 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-04209-5

Tuning dCas9's ability to block transcription enables robust, noiseless knockdown of bacterial genes

Auteurs: Antoine Vigouroux, Enno Oldewurtel, Lun Cui, David Bikard, Sven van Teeffelen
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 14/3, 2018, Page(s) e7899, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20177899

Inhibition of NHEJ repair by type II-A CRISPR-Cas systems in bacteria

Auteurs: Aude Bernheim, Alicia Calvo-Villamañán, Clovis Basier, Lun Cui, Eduardo P. C. Rocha, Marie Touchon, David Bikard
Publié dans: Nature Communications, Numéro 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-02350-1

Using CRISPR-Cas systems as antimicrobials

Auteurs: David Bikard, Rodolphe Barrangou
Publié dans: Current Opinion in Microbiology, Numéro 37, 2017, Page(s) 155-160, ISSN 1369-5274
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2017.08.005

Genome-wide CRISPR-dCas9 screens in E. coli identify essential genes and phage host factors

Auteurs: François Rousset, Lun Cui, Elise Siouve, Christophe Becavin, Florence Depardieu, David Bikard
Publié dans: PLOS Genetics, Numéro 14/11, 2018, Page(s) e1007749, ISSN 1553-7404
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pgen.1007749

Editing the microbiome the CRISPR way

Auteurs: Gayetri Ramachandran, David Bikard
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 374/1772, 2019, Page(s) 20180103, ISSN 0962-8436
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2018.0103

A matter of background: DNA repair pathways as a possible cause for the sparse distribution of CRISPR-Cas systems in bacteria

Auteurs: Aude Bernheim, David Bikard, Marie Touchon, Eduardo P. C. Rocha
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 374/1772, 2019, Page(s) 20180088, ISSN 0962-8436
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2018.0088

CRISPR screens in the era of microbiomes

Auteurs: François Rousset, David Bikard
Publié dans: Current Opinion in Microbiology, Numéro 57, 2020, Page(s) 70-77, ISSN 1369-5274
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2020.07.009

On-target activity predictions enable improved CRISPR–dCas9 screens in bacteria

Auteurs: Alicia Calvo-Villamañán, Jérome Wong Ng, Rémi Planel, Hervé Ménager, Arthur Chen, Lun Cui, David Bikard
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 48/11, 2020, Page(s) e64-e64, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa294

Atypical organizations and epistatic interactions of CRISPRs and cas clusters in genomes and their mobile genetic elements

Auteurs: Aude Bernheim, David Bikard, Marie Touchon, Eduardo P C Rocha
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2019, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz1091

Phages and their satellites encode hotspots of antiviral systems

Auteurs: Rousset F., Depardieu F., Miele S., Dowding J., Laval A.-L., Lieberman E., Garry D., Rocha E.P.C., Bernheim A., Bikard D.
Publié dans: Cell Host & Microbe, Numéro 19313128, 2022, ISSN 1931-3128
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2022.02.018

Droits de propriété intellectuelle

IMPROVING SEQUENCE-SPECIFIC ANTIMICROBIALS BY BLOCKING DNA REPAIR

Numéro de demande/publication: EP 16741899
Date: 2016-07-13

IMPROVING SEQUENCE-SPECIFIC ANTIMICROBIALS BY BLOCKING DNA REPAIR

Numéro de demande/publication: EP 16741899
Date: 2016-07-13

IMPROVING SEQUENCE-SPECIFIC ANTIMICROBIALS BY BLOCKING DNA REPAIR

Numéro de demande/publication: EP 16741899
Date: 2016-07-13
Demandeur(s): INSTITUT PASTEUR

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