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CORDIS - Résultats de la recherche de l’UE
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Study of the interplay between CRISPR interference and DNA repair pathways towards the development of novel CRISPR tools

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

The impact of genetic diversity on gene essentiality within the Escherichia coli species (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: François Rousset, Jose Cabezas-Caballero, Florence Piastra-Facon, Jesús Fernández-Rodríguez, Olivier Clermont, Erick Denamur, Eduardo P. C. Rocha, David Bikard
Publié dans: Nature Microbiology, 2021, ISSN 2058-5276
Éditeur: Nature Microbiology
DOI: 10.1038/s41564-020-00839-y

CRISPR Tools To Control Gene Expression in Bacteria (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Antoine Vigouroux, David Bikard
Publié dans: Microbiology and Molecular Biology Reviews, Numéro 84/2, 2020, ISSN 1092-2172
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mmbr.00077-19

Class-A penicillin binding proteins do not contribute to cell shape but repair cell-wall defects (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Antoine Vigouroux, Baptiste Cordier, Andrey Aristov, Laura Alvarez, Gizem Özbaykal, Thibault Chaze, Enno Rainer Oldewurtel, Mariette Matondo, Felipe Cava, David Bikard, Sven van Teeffelen
Publié dans: eLife, Numéro 9, 2020, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/eLife.51998

Lipoprotein DolP supports proper folding of BamA in the bacterial outer membrane, promoting fitness upon envelope stress. (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: David Ranava; Yiying Yang; Luis Orenday-Tapia; François Rousset; Catherine Turlan; Violette Morales; Lun Cui; Cyril Moulin; Carine Froment; Gladys Munoz; Jérôme Rech; Julien Marcoux; Anne Caumont-Sarcos; Cécile Albenne; David Bikard; Raffaele Ieva
Publié dans: Elife, Numéro 4, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.67817

Gene silencing with CRISPRi in bacteria and optimization of dCas9 expression levels (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Florence Depardieu, David Bikard
Publié dans: Methods, Numéro 172, 2020, Page(s) 61-75, ISSN 1046-2023
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymeth.2019.07.024

A CRISPRi screen in E. coli reveals sequence-specific toxicity of dCas9 (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Lun Cui, Antoine Vigouroux, François Rousset, Hugo Varet, Varun Khanna, David Bikard
Publié dans: Nature Communications, Numéro 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-04209-5

Tuning dCas9's ability to block transcription enables robust, noiseless knockdown of bacterial genes (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Antoine Vigouroux, Enno Oldewurtel, Lun Cui, David Bikard, Sven van Teeffelen
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 14/3, 2018, Page(s) e7899, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20177899

Inhibition of NHEJ repair by type II-A CRISPR-Cas systems in bacteria (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Aude Bernheim, Alicia Calvo-Villamañán, Clovis Basier, Lun Cui, Eduardo P. C. Rocha, Marie Touchon, David Bikard
Publié dans: Nature Communications, Numéro 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-02350-1

Using CRISPR-Cas systems as antimicrobials (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: David Bikard, Rodolphe Barrangou
Publié dans: Current Opinion in Microbiology, Numéro 37, 2017, Page(s) 155-160, ISSN 1369-5274
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2017.08.005

Genome-wide CRISPR-dCas9 screens in E. coli identify essential genes and phage host factors (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: François Rousset, Lun Cui, Elise Siouve, Christophe Becavin, Florence Depardieu, David Bikard
Publié dans: PLOS Genetics, Numéro 14/11, 2018, Page(s) e1007749, ISSN 1553-7404
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pgen.1007749

Editing the microbiome the CRISPR way (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Gayetri Ramachandran, David Bikard
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 374/1772, 2019, Page(s) 20180103, ISSN 0962-8436
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2018.0103

A matter of background: DNA repair pathways as a possible cause for the sparse distribution of CRISPR-Cas systems in bacteria (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Aude Bernheim, David Bikard, Marie Touchon, Eduardo P. C. Rocha
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 374/1772, 2019, Page(s) 20180088, ISSN 0962-8436
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2018.0088

CRISPR screens in the era of microbiomes (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: François Rousset, David Bikard
Publié dans: Current Opinion in Microbiology, Numéro 57, 2020, Page(s) 70-77, ISSN 1369-5274
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2020.07.009

On-target activity predictions enable improved CRISPR–dCas9 screens in bacteria (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Alicia Calvo-Villamañán, Jérome Wong Ng, Rémi Planel, Hervé Ménager, Arthur Chen, Lun Cui, David Bikard
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 48/11, 2020, Page(s) e64-e64, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa294

Atypical organizations and epistatic interactions of CRISPRs and cas clusters in genomes and their mobile genetic elements (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Aude Bernheim, David Bikard, Marie Touchon, Eduardo P C Rocha
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2019, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz1091

Phages and their satellites encode hotspots of antiviral systems (s’ouvre dans une nouvelle fenêtre)

Auteurs: Rousset F., Depardieu F., Miele S., Dowding J., Laval A.-L., Lieberman E., Garry D., Rocha E.P.C., Bernheim A., Bikard D.
Publié dans: Cell Host & Microbe, Numéro 19313128, 2022, ISSN 1931-3128
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2022.02.018

Droits de propriété intellectuelle

IMPROVING SEQUENCE-SPECIFIC ANTIMICROBIALS BY BLOCKING DNA REPAIR

Numéro de demande/publication: EP 16741899
Date: 2016-07-13
Demandeur(s): INSTITUT PASTEUR

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