Study of the interplay between CRISPR interference and DNA repair pathways towards the development of novel CRISPR tools

Informations projet

CRISPAIR

N° de convention de subvention: 677823

DOI

10.3030/677823

Projet clôturé

Date de signature de la CE 14 Janvier 2016

Date de début 1 Mars 2016

Date de fin 31 Août 2022

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 499 763,00

Contribution de l’UE

€ 1 499 763,00

Coordonné par

INSTITUT PASTEUR
France

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Publications

Peer reviewed articles (16)

The impact of genetic diversity on gene essentiality within the Escherichia coli species

Auteurs: François Rousset, Jose Cabezas-Caballero, Florence Piastra-Facon, Jesús Fernández-Rodríguez, Olivier Clermont, Erick Denamur, Eduardo P. C. Rocha, David Bikard
Publié dans: Nature Microbiology, 2021, ISSN 2058-5276
Éditeur: Nature Microbiology
DOI: 10.1038/s41564-020-00839-y

CRISPR Tools To Control Gene Expression in Bacteria

Auteurs: Antoine Vigouroux, David Bikard
Publié dans: Microbiology and Molecular Biology Reviews, Numéro 84/2, 2020, ISSN 1092-2172
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mmbr.00077-19

Class-A penicillin binding proteins do not contribute to cell shape but repair cell-wall defects

Auteurs: Antoine Vigouroux, Baptiste Cordier, Andrey Aristov, Laura Alvarez, Gizem Özbaykal, Thibault Chaze, Enno Rainer Oldewurtel, Mariette Matondo, Felipe Cava, David Bikard, Sven van Teeffelen
Publié dans: eLife, Numéro 9, 2020, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/eLife.51998

Lipoprotein DolP supports proper folding of BamA in the bacterial outer membrane, promoting fitness upon envelope stress.

Auteurs: David Ranava; Yiying Yang; Luis Orenday-Tapia; François Rousset; Catherine Turlan; Violette Morales; Lun Cui; Cyril Moulin; Carine Froment; Gladys Munoz; Jérôme Rech; Julien Marcoux; Anne Caumont-Sarcos; Cécile Albenne; David Bikard; Raffaele Ieva
Publié dans: Elife, Numéro 4, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.67817

Gene silencing with CRISPRi in bacteria and optimization of dCas9 expression levels

Auteurs: Florence Depardieu, David Bikard
Publié dans: Methods, Numéro 172, 2020, Page(s) 61-75, ISSN 1046-2023
Éditeur: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymeth.2019.07.024

A CRISPRi screen in E. coli reveals sequence-specific toxicity of dCas9

Auteurs: Lun Cui, Antoine Vigouroux, François Rousset, Hugo Varet, Varun Khanna, David Bikard
Publié dans: Nature Communications, Numéro 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-04209-5

Tuning dCas9's ability to block transcription enables robust, noiseless knockdown of bacterial genes

Auteurs: Antoine Vigouroux, Enno Oldewurtel, Lun Cui, David Bikard, Sven van Teeffelen
Publié dans: Molecular Systems Biology, Numéro 14/3, 2018, Page(s) e7899, ISSN 1744-4292
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20177899

Inhibition of NHEJ repair by type II-A CRISPR-Cas systems in bacteria

Auteurs: Aude Bernheim, Alicia Calvo-Villamañán, Clovis Basier, Lun Cui, Eduardo P. C. Rocha, Marie Touchon, David Bikard
Publié dans: Nature Communications, Numéro 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-02350-1

Using CRISPR-Cas systems as antimicrobials

Auteurs: David Bikard, Rodolphe Barrangou
Publié dans: Current Opinion in Microbiology, Numéro 37, 2017, Page(s) 155-160, ISSN 1369-5274
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2017.08.005

Genome-wide CRISPR-dCas9 screens in E. coli identify essential genes and phage host factors

Auteurs: François Rousset, Lun Cui, Elise Siouve, Christophe Becavin, Florence Depardieu, David Bikard
Publié dans: PLOS Genetics, Numéro 14/11, 2018, Page(s) e1007749, ISSN 1553-7404
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pgen.1007749

Editing the microbiome the CRISPR way

Auteurs: Gayetri Ramachandran, David Bikard
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 374/1772, 2019, Page(s) 20180103, ISSN 0962-8436
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2018.0103

A matter of background: DNA repair pathways as a possible cause for the sparse distribution of CRISPR-Cas systems in bacteria

Auteurs: Aude Bernheim, David Bikard, Marie Touchon, Eduardo P. C. Rocha
Publié dans: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Numéro 374/1772, 2019, Page(s) 20180088, ISSN 0962-8436
Éditeur: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2018.0088

CRISPR screens in the era of microbiomes

Auteurs: François Rousset, David Bikard
Publié dans: Current Opinion in Microbiology, Numéro 57, 2020, Page(s) 70-77, ISSN 1369-5274
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2020.07.009

On-target activity predictions enable improved CRISPR–dCas9 screens in bacteria

Auteurs: Alicia Calvo-Villamañán, Jérome Wong Ng, Rémi Planel, Hervé Ménager, Arthur Chen, Lun Cui, David Bikard
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 48/11, 2020, Page(s) e64-e64, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa294

Atypical organizations and epistatic interactions of CRISPRs and cas clusters in genomes and their mobile genetic elements

Auteurs: Aude Bernheim, David Bikard, Marie Touchon, Eduardo P C Rocha
Publié dans: Nucleic Acids Research, 2019, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz1091

Phages and their satellites encode hotspots of antiviral systems

Auteurs: Rousset F., Depardieu F., Miele S., Dowding J., Laval A.-L., Lieberman E., Garry D., Rocha E.P.C., Bernheim A., Bikard D.
Publié dans: Cell Host & Microbe, Numéro 19313128, 2022, ISSN 1931-3128
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2022.02.018

Droits de propriété intellectuelle

Patent (1)

IMPROVING SEQUENCE-SPECIFIC ANTIMICROBIALS BY BLOCKING DNA REPAIR

Numéro de demande/publication: EP 16741899
Date: 2016-07-13
Demandeur(s): INSTITUT PASTEUR