Study of the interplay between CRISPR interference and DNA repair pathways towards the development of novel CRISPR tools

Veröffentlichungen

The impact of genetic diversity on gene essentiality within the Escherichia coli species

Autoren: François Rousset, Jose Cabezas-Caballero, Florence Piastra-Facon, Jesús Fernández-Rodríguez, Olivier Clermont, Erick Denamur, Eduardo P. C. Rocha, David Bikard
Veröffentlicht in: Nature Microbiology, Ausgabe 20585276, 2021, ISSN 2058-5276
Herausgeber: Nature Microbiology
DOI: 10.1038/s41564-020-00839-y

CRISPR Tools To Control Gene Expression in Bacteria

Autoren: Antoine Vigouroux, David Bikard
Veröffentlicht in: Microbiology and Molecular Biology Reviews, Ausgabe 84/2, 2020, ISSN 1092-2172
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mmbr.00077-19

Class-A penicillin binding proteins do not contribute to cell shape but repair cell-wall defects

Autoren: Antoine Vigouroux, Baptiste Cordier, Andrey Aristov, Laura Alvarez, Gizem Özbaykal, Thibault Chaze, Enno Rainer Oldewurtel, Mariette Matondo, Felipe Cava, David Bikard, Sven van Teeffelen
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 9, 2020, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/eLife.51998

Lipoprotein DolP supports proper folding of BamA in the bacterial outer membrane, promoting fitness upon envelope stress.

Autoren: David Ranava; Yiying Yang; Luis Orenday-Tapia; François Rousset; Catherine Turlan; Violette Morales; Lun Cui; Cyril Moulin; Carine Froment; Gladys Munoz; Jérôme Rech; Julien Marcoux; Anne Caumont-Sarcos; Cécile Albenne; David Bikard; Raffaele Ieva
Veröffentlicht in: Elife, Ausgabe 2050084X, 2021, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.67817

Gene silencing with CRISPRi in bacteria and optimization of dCas9 expression levels

Autoren: Florence Depardieu, David Bikard
Veröffentlicht in: Methods, Ausgabe 172, 2020, Seite(n) 61-75, ISSN 1046-2023
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymeth.2019.07.024

A CRISPRi screen in E. coli reveals sequence-specific toxicity of dCas9

Autoren: Lun Cui, Antoine Vigouroux, François Rousset, Hugo Varet, Varun Khanna, David Bikard
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 9/1, 2018, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-018-04209-5

Tuning dCas9's ability to block transcription enables robust, noiseless knockdown of bacterial genes

Autoren: Antoine Vigouroux, Enno Oldewurtel, Lun Cui, David Bikard, Sven van Teeffelen
Veröffentlicht in: Molecular Systems Biology, Ausgabe 14/3, 2018, Seite(n) e7899, ISSN 1744-4292
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/msb.20177899

Inhibition of NHEJ repair by type II-A CRISPR-Cas systems in bacteria

Autoren: Aude Bernheim, Alicia Calvo-Villamañán, Clovis Basier, Lun Cui, Eduardo P. C. Rocha, Marie Touchon, David Bikard
Veröffentlicht in: Nature Communications, Ausgabe 8/1, 2017, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-017-02350-1

Using CRISPR-Cas systems as antimicrobials

Autoren: David Bikard, Rodolphe Barrangou
Veröffentlicht in: Current Opinion in Microbiology, Ausgabe 37, 2017, Seite(n) 155-160, ISSN 1369-5274
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2017.08.005

Genome-wide CRISPR-dCas9 screens in E. coli identify essential genes and phage host factors

Autoren: François Rousset, Lun Cui, Elise Siouve, Christophe Becavin, Florence Depardieu, David Bikard
Veröffentlicht in: PLOS Genetics, Ausgabe 14/11, 2018, Seite(n) e1007749, ISSN 1553-7404
Herausgeber: PLOS
DOI: 10.1371/journal.pgen.1007749

Editing the microbiome the CRISPR way

Autoren: Gayetri Ramachandran, David Bikard
Veröffentlicht in: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Ausgabe 374/1772, 2019, Seite(n) 20180103, ISSN 0962-8436
Herausgeber: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2018.0103

A matter of background: DNA repair pathways as a possible cause for the sparse distribution of CRISPR-Cas systems in bacteria

Autoren: Aude Bernheim, David Bikard, Marie Touchon, Eduardo P. C. Rocha
Veröffentlicht in: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, Ausgabe 374/1772, 2019, Seite(n) 20180088, ISSN 0962-8436
Herausgeber: Royal Society of London
DOI: 10.1098/rstb.2018.0088

CRISPR screens in the era of microbiomes

Autoren: François Rousset, David Bikard
Veröffentlicht in: Current Opinion in Microbiology, Ausgabe 57, 2020, Seite(n) 70-77, ISSN 1369-5274
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.mib.2020.07.009

On-target activity predictions enable improved CRISPR–dCas9 screens in bacteria

Autoren: Alicia Calvo-Villamañán, Jérome Wong Ng, Rémi Planel, Hervé Ménager, Arthur Chen, Lun Cui, David Bikard
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 48/11, 2020, Seite(n) e64-e64, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkaa294

Atypical organizations and epistatic interactions of CRISPRs and cas clusters in genomes and their mobile genetic elements

Autoren: Aude Bernheim, David Bikard, Marie Touchon, Eduardo P C Rocha
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2019, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkz1091

Phages and their satellites encode hotspots of antiviral systems

Autoren: Rousset F., Depardieu F., Miele S., Dowding J., Laval A.-L., Lieberman E., Garry D., Rocha E.P.C., Bernheim A., Bikard D.
Veröffentlicht in: Cell Host & Microbe, Ausgabe 19313128, 2022, ISSN 1931-3128
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.chom.2022.02.018

Rechte des geistigen Eigentums

IMPROVING SEQUENCE-SPECIFIC ANTIMICROBIALS BY BLOCKING DNA REPAIR

Antrags-/Publikationsnummer: EP 16741899
Datum: 2016-07-13

IMPROVING SEQUENCE-SPECIFIC ANTIMICROBIALS BY BLOCKING DNA REPAIR

Antrags-/Publikationsnummer: EP 16741899
Datum: 2016-07-13

IMPROVING SEQUENCE-SPECIFIC ANTIMICROBIALS BY BLOCKING DNA REPAIR

Antrags-/Publikationsnummer: EP 16741899
Datum: 2016-07-13
Antragsteller: INSTITUT PASTEUR

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