Genomics of Chromosome Architecture and Dynamics in Single Cells

Publications

Local rewiring of genome–nuclear lamina interactions by transcription.

Auteurs: Brueckner L, Zhao PA, van Schaik T, Leemans C, Sima J, Peric-Hupkes D, Gilbert DM, van Steensel B
Publié dans: EMBO Journal, Numéro 39, 2020, Page(s) e103159, ISSN 0261-4189
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2019103159

Systematicanalysis of intrinsic enhancer-promoter compatibility in the mouse genome.

Auteurs: Martinez-Ara M, Comoglio F, van Arensbergen J, van Steensel B.
Publié dans: Mol. Cell, Numéro 10972765, 2022, Page(s) 2519-2531, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.04.009

CTCF and cohesin promote focal detachment of DNA from the nuclear lamina

Auteurs: van Schaik T, Liu NQ, Manzo SG, Peric-Hupkes D, de Wit E, van Steensel B.
Publié dans: Genome Biology, Numéro 23, 2022, Page(s) 185, ISSN 1465-6906
Éditeur: BMC/Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-022-02754-3

Impact of chromatin context on Cas9-induced DNA double-strand break repair pathway balance

Auteurs: Schep R, Brinkman EK, Leemans C, Vergara X, van der Weide RH, Morris B, van Schaik T, Manzo SG, Peric-Hupkes D, van den Berg J, Beijersbergen RL, Medema RH, van Steensel B
Publié dans: Mol. Cell, Numéro 81, 2021, Page(s) 2216-2230, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.03.032

Dynamic chromosomal interactions and control of heterochromatinpositioning by Ki-67.

Auteurs: van Schaik T, Manzo SG, Vouzas AE, Liu NQ, Teunissen H, de Wit E, Gilbert DM, van Steensel B.
Publié dans: EMBO Reports, Numéro 1469221X, 2022, Page(s) e55782, ISSN 1469-221X
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.202255782

Kinetics and Fidelity of the Repair of Cas9-Induced Double-Strand DNA Breaks

Auteurs: Eva K. Brinkman, Tao Chen, Marcel de Haas, Hanna A. Holland, Waseem Akhtar, Bas van Steensel
Publié dans: Molecular Cell, Numéro 70/5, 2018, Page(s) 801-813.e6, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2018.04.016

Easy quantification of template-directed CRISPR/Cas9 editing

Auteurs: Eva K Brinkman, Arne N Kousholt, Tim Harmsen, Christ Leemans, Tao Chen, Jos Jonkers, Bas van Steensel
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 46/10, 2018, Page(s) e58-e58, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky164

High-throughput identification of human SNPs affecting regulatory element activity

Auteurs: Joris van Arensbergen, Ludo Pagie, Vincent D. FitzPatrick, Marcel de Haas, Marijke P. Baltissen, Federico Comoglio, Robin H. van der Weide, Hans Teunissen, Urmo Võsa, Lude Franke, Elzo de Wit, Michiel Vermeulen, Harmen J. Bussemaker, Bas van Steensel
Publié dans: Nature Genetics, Numéro 51/7, 2019, Page(s) 1160-1169, ISSN 1061-4036
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-019-0455-2

The role of transcription in shaping the spatial organization of the genome

Auteurs: Bas van Steensel, Eileen E. M. Furlong
Publié dans: Nature Reviews Molecular Cell Biology, Numéro 20/6, 2019, Page(s) 327-337, ISSN 1471-0072
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41580-019-0114-6

The large fraction of heterochromatin in Drosophila neurons is bound by both B-type lamin and HP1a

Auteurs: Alexey V. Pindyurin, Artem A. Ilyin, Anton V. Ivankin, Mikhail V. Tselebrovsky, Valentina V. Nenasheva, Elena A. Mikhaleva, Ludo Pagie, Bas van Steensel, Yuri Y. Shevelyov
Publié dans: Epigenetics & Chromatin, Numéro 11/1, 2018, ISSN 1756-8935
Éditeur: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13072-018-0235-8

Promoter-Intrinsic and Local Chromatin Features Determine Gene Repression in LADs

Auteurs: Christ Leemans, Marloes C.H. van der Zwalm, Laura Brueckner, Federico Comoglio, Tom van Schaik, Ludo Pagie, Joris van Arensbergen, Bas van Steensel
Publié dans: Cell, Numéro 177/4, 2019, Page(s) 852-864.e14, ISSN 0092-8674
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.03.009

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