Genomics of Chromosome Architecture and Dynamics in Single Cells

Información del proyecto

GoCADiSC

Identificador del acuerdo de subvención: 694466

DOI

10.3030/694466

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 20 Mayo 2016

Fecha de inicio 1 Marzo 2017

Fecha de finalización 31 Agosto 2022

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 497 125,00

Aportación de la UE

€ 2 497 125,00

Coordinado por

STICHTING HET NEDERLANDS KANKER INSTITUUT-ANTONI VAN LEEUWENHOEK ZIEKENHUIS
Netherlands

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Publicaciones

Peer reviewed articles (11)

Local rewiring of genome–nuclear lamina interactions by transcription.

Autores: Brueckner L, Zhao PA, van Schaik T, Leemans C, Sima J, Peric-Hupkes D, Gilbert DM, van Steensel B
Publicado en: EMBO Journal, Edición 39, 2020, Página(s) e103159, ISSN 0261-4189
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2019103159

Systematicanalysis of intrinsic enhancer-promoter compatibility in the mouse genome.

Autores: Martinez-Ara M, Comoglio F, van Arensbergen J, van Steensel B.
Publicado en: Mol. Cell, Edición 10972765, 2022, Página(s) 2519-2531, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.04.009

CTCF and cohesin promote focal detachment of DNA from the nuclear lamina

Autores: van Schaik T, Liu NQ, Manzo SG, Peric-Hupkes D, de Wit E, van Steensel B.
Publicado en: Genome Biology, Edición 23, 2022, Página(s) 185, ISSN 1465-6906
Editor: BMC/Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-022-02754-3

Impact of chromatin context on Cas9-induced DNA double-strand break repair pathway balance

Autores: Schep R, Brinkman EK, Leemans C, Vergara X, van der Weide RH, Morris B, van Schaik T, Manzo SG, Peric-Hupkes D, van den Berg J, Beijersbergen RL, Medema RH, van Steensel B
Publicado en: Mol. Cell, Edición 81, 2021, Página(s) 2216-2230, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.03.032

Dynamic chromosomal interactions and control of heterochromatinpositioning by Ki-67.

Autores: van Schaik T, Manzo SG, Vouzas AE, Liu NQ, Teunissen H, de Wit E, Gilbert DM, van Steensel B.
Publicado en: EMBO Reports, Edición 1469221X, 2022, Página(s) e55782, ISSN 1469-221X
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.202255782

Kinetics and Fidelity of the Repair of Cas9-Induced Double-Strand DNA Breaks

Autores: Eva K. Brinkman, Tao Chen, Marcel de Haas, Hanna A. Holland, Waseem Akhtar, Bas van Steensel
Publicado en: Molecular Cell, Edición 70/5, 2018, Página(s) 801-813.e6, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2018.04.016

Easy quantification of template-directed CRISPR/Cas9 editing

Autores: Eva K Brinkman, Arne N Kousholt, Tim Harmsen, Christ Leemans, Tao Chen, Jos Jonkers, Bas van Steensel
Publicado en: Nucleic Acids Research, Edición 46/10, 2018, Página(s) e58-e58, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky164

High-throughput identification of human SNPs affecting regulatory element activity

Autores: Joris van Arensbergen, Ludo Pagie, Vincent D. FitzPatrick, Marcel de Haas, Marijke P. Baltissen, Federico Comoglio, Robin H. van der Weide, Hans Teunissen, Urmo Võsa, Lude Franke, Elzo de Wit, Michiel Vermeulen, Harmen J. Bussemaker, Bas van Steensel
Publicado en: Nature Genetics, Edición 51/7, 2019, Página(s) 1160-1169, ISSN 1061-4036
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-019-0455-2

The role of transcription in shaping the spatial organization of the genome

Autores: Bas van Steensel, Eileen E. M. Furlong
Publicado en: Nature Reviews Molecular Cell Biology, Edición 20/6, 2019, Página(s) 327-337, ISSN 1471-0072
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41580-019-0114-6

The large fraction of heterochromatin in Drosophila neurons is bound by both B-type lamin and HP1a

Autores: Alexey V. Pindyurin, Artem A. Ilyin, Anton V. Ivankin, Mikhail V. Tselebrovsky, Valentina V. Nenasheva, Elena A. Mikhaleva, Ludo Pagie, Bas van Steensel, Yuri Y. Shevelyov
Publicado en: Epigenetics & Chromatin, Edición 11/1, 2018, ISSN 1756-8935
Editor: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13072-018-0235-8

Promoter-Intrinsic and Local Chromatin Features Determine Gene Repression in LADs

Autores: Christ Leemans, Marloes C.H. van der Zwalm, Laura Brueckner, Federico Comoglio, Tom van Schaik, Ludo Pagie, Joris van Arensbergen, Bas van Steensel
Publicado en: Cell, Edición 177/4, 2019, Página(s) 852-864.e14, ISSN 0092-8674
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.03.009