Genomics of Chromosome Architecture and Dynamics in Single Cells

Projektinformationen

GoCADiSC

ID Finanzhilfevereinbarung: 694466

DOI

10.3030/694466

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 20 Mai 2016

Startdatum 1 März 2017

Enddatum 31 August 2022

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 2 497 125,00

EU-Beitrag

€ 2 497 125,00

Koordiniert durch

STICHTING HET NEDERLANDS KANKER INSTITUUT-ANTONI VAN LEEUWENHOEK ZIEKENHUIS
Netherlands

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (11)

Local rewiring of genome–nuclear lamina interactions by transcription.

Autoren: Brueckner L, Zhao PA, van Schaik T, Leemans C, Sima J, Peric-Hupkes D, Gilbert DM, van Steensel B
Veröffentlicht in: EMBO Journal, Ausgabe 39, 2020, Seite(n) e103159, ISSN 0261-4189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2019103159

Systematicanalysis of intrinsic enhancer-promoter compatibility in the mouse genome.

Autoren: Martinez-Ara M, Comoglio F, van Arensbergen J, van Steensel B.
Veröffentlicht in: Mol. Cell, Ausgabe 10972765, 2022, Seite(n) 2519-2531, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.04.009

CTCF and cohesin promote focal detachment of DNA from the nuclear lamina

Autoren: van Schaik T, Liu NQ, Manzo SG, Peric-Hupkes D, de Wit E, van Steensel B.
Veröffentlicht in: Genome Biology, Ausgabe 23, 2022, Seite(n) 185, ISSN 1465-6906
Herausgeber: BMC/Springer Nature
DOI: 10.1186/s13059-022-02754-3

Impact of chromatin context on Cas9-induced DNA double-strand break repair pathway balance

Autoren: Schep R, Brinkman EK, Leemans C, Vergara X, van der Weide RH, Morris B, van Schaik T, Manzo SG, Peric-Hupkes D, van den Berg J, Beijersbergen RL, Medema RH, van Steensel B
Veröffentlicht in: Mol. Cell, Ausgabe 81, 2021, Seite(n) 2216-2230, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2021.03.032

Dynamic chromosomal interactions and control of heterochromatinpositioning by Ki-67.

Autoren: van Schaik T, Manzo SG, Vouzas AE, Liu NQ, Teunissen H, de Wit E, Gilbert DM, van Steensel B.
Veröffentlicht in: EMBO Reports, Ausgabe 1469221X, 2022, Seite(n) e55782, ISSN 1469-221X
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embr.202255782

Kinetics and Fidelity of the Repair of Cas9-Induced Double-Strand DNA Breaks

Autoren: Eva K. Brinkman, Tao Chen, Marcel de Haas, Hanna A. Holland, Waseem Akhtar, Bas van Steensel
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 70/5, 2018, Seite(n) 801-813.e6, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2018.04.016

Easy quantification of template-directed CRISPR/Cas9 editing

Autoren: Eva K Brinkman, Arne N Kousholt, Tim Harmsen, Christ Leemans, Tao Chen, Jos Jonkers, Bas van Steensel
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 46/10, 2018, Seite(n) e58-e58, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky164

High-throughput identification of human SNPs affecting regulatory element activity

Autoren: Joris van Arensbergen, Ludo Pagie, Vincent D. FitzPatrick, Marcel de Haas, Marijke P. Baltissen, Federico Comoglio, Robin H. van der Weide, Hans Teunissen, Urmo Võsa, Lude Franke, Elzo de Wit, Michiel Vermeulen, Harmen J. Bussemaker, Bas van Steensel
Veröffentlicht in: Nature Genetics, Ausgabe 51/7, 2019, Seite(n) 1160-1169, ISSN 1061-4036
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41588-019-0455-2

The role of transcription in shaping the spatial organization of the genome

Autoren: Bas van Steensel, Eileen E. M. Furlong
Veröffentlicht in: Nature Reviews Molecular Cell Biology, Ausgabe 20/6, 2019, Seite(n) 327-337, ISSN 1471-0072
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41580-019-0114-6

The large fraction of heterochromatin in Drosophila neurons is bound by both B-type lamin and HP1a

Autoren: Alexey V. Pindyurin, Artem A. Ilyin, Anton V. Ivankin, Mikhail V. Tselebrovsky, Valentina V. Nenasheva, Elena A. Mikhaleva, Ludo Pagie, Bas van Steensel, Yuri Y. Shevelyov
Veröffentlicht in: Epigenetics & Chromatin, Ausgabe 11/1, 2018, ISSN 1756-8935
Herausgeber: BioMed Central
DOI: 10.1186/s13072-018-0235-8

Promoter-Intrinsic and Local Chromatin Features Determine Gene Repression in LADs

Autoren: Christ Leemans, Marloes C.H. van der Zwalm, Laura Brueckner, Federico Comoglio, Tom van Schaik, Ludo Pagie, Joris van Arensbergen, Bas van Steensel
Veröffentlicht in: Cell, Ausgabe 177/4, 2019, Seite(n) 852-864.e14, ISSN 0092-8674
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2019.03.009