Interaction Dynamics of Bacterial Biofilms with Bacteriophages

Informations projet

BIOFAGE

N° de convention de subvention: 716734

DOI

10.3030/716734

Projet clôturé

Date de signature de la CE 7 Octobre 2016

Date de début 1 Janvier 2017

Date de fin 31 Août 2022

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 494 963,00

Contribution de l’UE

€ 1 494 963,00

Coordonné par

UNIVERSITAT BASEL
Switzerland

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Publications

Peer reviewed articles (25)

Advances and opportunities in image analysis of bacterial cells and communities

Auteurs: Hannah Jeckel, Knut Drescher
Publié dans: FEMS Microbiology Reviews, Numéro 45/4, 2021, ISSN 1574-6976
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/femsre/fuaa062

Multicellular and unicellular responses of microbial biofilms to stress

Auteurs: Daniel K.H. Rode, Praveen K. Singh, Knut Drescher
Publié dans: Biological Chemistry, Numéro 401/12, 2020, Page(s) 1365-1374, ISSN 1431-6730
Éditeur: Walter de Gruyter GmbH & Co. KG
DOI: 10.1515/hsz-2020-0213

BacStalk: A comprehensive and interactive image analysis software tool for bacterial cell biology

Auteurs: Raimo Hartmann, Muriel C. F. Teeseling, Martin Thanbichler, Knut Drescher
Publié dans: Molecular Microbiology, Numéro 114/1, 2020, Page(s) 140-150, ISSN 0950-382X
Éditeur: Blackwell Publishing Inc.
DOI: 10.1111/mmi.14501

Roadmap on emerging concepts in the physical biology of bacterial biofilms: From surface sensing to community formation

Auteurs: Gerard C. L. Wong; Jyot D. Antani; Pushkar P. Lele; Jing Chen; Beiyan Nan; Marco Kühn; Alexandre Persat; Jean Louis Bru; Nina Molin Høyland-Kroghsbo; Albert Siryaporn; Jacinta C. Conrad; Francesco Carrara; Yutaka Yawata; Roman Stocker; Yves V. Brun; Gregory B. Whitfield; Calvin K. Lee; Jaime de Anda; William C. Schmidt; Ramin Golestanian; Ramin Golestanian; George A. O'Toole; Kyle A. Floyd; Fitn
Publié dans: Physical Biology, 18 (5), Numéro 5, 2021, ISSN 1478-3975
Éditeur: IOP Publishing
DOI: 10.1088/1478-3975/abdc0e

Upregulation of virulence genes promotes Vibrio cholerae biofilm hyperinfectivity

Auteurs: A. L. Gallego-Hernandez, W. H. DePas, J. H. Park, J. K. Teschler, R. Hartmann, H. Jeckel, K. Drescher, S. Beyhan, D. K. Newman, F. H. Yildiz
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 117/20, 2020, Page(s) 11010-11017, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1916571117

Biofilm Structure Promotes Coexistence of Phage-Resistant and Phage-Susceptible Bacteria

Auteurs: Emilia L. Simmons, Matthew C. Bond, Britt Koskella, Knut Drescher, Vanni Bucci, Carey D. Nadell
Publié dans: mSystems, Numéro 5/3, 2020, ISSN 2379-5077
Éditeur: American Society of Microbiology
DOI: 10.1128/msystems.00877-19

Breakdown of Vibrio cholerae biofilm architecture induced by antibiotics disrupts community barrier function

Auteurs: Francisco Díaz-Pascual, Raimo Hartmann, Martin Lempp, Lucia Vidakovic, Boya Song, Hannah Jeckel, Kai M. Thormann, Fitnat H. Yildiz, Jörn Dunkel, Hannes Link, Carey D. Nadell, Knut Drescher
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 4/12, 2019, Page(s) 2136-2145, ISSN 2058-5276
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41564-019-0579-2

Interkingdom assemblages in human saliva display group-level surface mobility and disease-promoting emergent functions

Auteurs: Zhi Ren, Hannah Jeckel, Aurea Simon-Soro, Zhenting Xiang, Yuan Liu, Indira M. Cavalcanti, Jin Xiao, Nyi-Nyi, Anderson Hara, Knut Drescher, Hyun Koo
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 00278424, 2022, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2209699119

Single-objective high-resolution confocal light sheet fluorescence microscopy for standard biological sample geometries

Auteurs: Stoyan Yordanov, Konstantin Neuhaus, Raimo Hartmann, Francisco Díaz-Pascual, Lucia Vidakovic, Praveen K. Singh, Knut Drescher
Publié dans: Biomedical Optics Express, Numéro 12/6, 2021, Page(s) 3372, ISSN 2156-7085
Éditeur: The Optical Society
DOI: 10.1364/boe.420788

Topological Metric Detects Hidden Order in Disordered Media

Auteurs: Dominic J. Skinner, Boya Song, Hannah Jeckel, Eric Jelli, Knut Drescher, Jörn Dunkel
Publié dans: Physical Review Letters, Numéro 126/4, 2021, ISSN 0031-9007
Éditeur: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevlett.126.048101

Privatization of Biofilm Matrix in Structurally Heterogeneous Biofilms

Auteurs: Simon B. Otto, Marivic Martin, Daniel Schäfer, Raimo Hartmann, Knut Drescher, Susanne Brix, Anna Dragoš, Ákos T. Kovács
Publié dans: mSystems, Numéro 5/4, 2020, ISSN 2379-5077
Éditeur: American Society of Microbiology
DOI: 10.1128/msystems.00425-20

Division of Labor during Biofilm Matrix Production

Auteurs: Anna Dragoš, Heiko Kiesewalter, Marivic Martin, Chih-Yu Hsu, Raimo Hartmann, Tobias Wechsler, Carsten Eriksen, Susanne Brix, Knut Drescher, Nicola Stanley-Wall, Rolf Kümmerli, Ákos T. Kovács
Publié dans: Current Biology, Numéro 28/12, 2018, Page(s) 1903-1913.e5, ISSN 0960-9822
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2018.04.046

Phage mobility is a core determinant of phage–bacteria coexistence in biofilms

Auteurs: Matthew Simmons, Knut Drescher, Carey D Nadell, Vanni Bucci
Publié dans: The ISME Journal, Numéro 12/2, 2017, Page(s) 531-543, ISSN 1751-7362
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/ismej.2017.190

Cell adhesion and fluid flow jointly initiate genotype spatial distribution in biofilms

Auteurs: Ricardo Martínez-García, Carey D. Nadell, Raimo Hartmann, Knut Drescher, Juan A. Bonachela
Publié dans: PLOS Computational Biology, Numéro 14/4, 2018, Page(s) e1006094, ISSN 1553-7358
Éditeur: PLOS Computational Biology
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1006094

Vibrio cholerae Combines Individual and Collective Sensing to Trigger Biofilm Dispersal

Auteurs: Praveen K. Singh, Sabina Bartalomej, Raimo Hartmann, Hannah Jeckel, Lucia Vidakovic, Carey D. Nadell, Knut Drescher
Publié dans: Current Biology, Numéro 27/21, 2017, Page(s) 3359-3366.e7, ISSN 0960-9822
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cub.2017.09.041

Dynamic biofilm architecture confers individual and collective mechanisms of viral protection

Auteurs: Lucia Vidakovic, Praveen K. Singh, Raimo Hartmann, Carey D. Nadell, Knut Drescher
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 3/1, 2018, Page(s) 26-31, ISSN 2058-5276
Éditeur: Nature Microbiology
DOI: 10.1038/s41564-017-0050-1

Learning the space-time phase diagram of bacterial swarm expansion

Auteurs: Hannah Jeckel, Eric Jelli, Raimo Hartmann, Praveen K. Singh, Rachel Mok, Jan Frederik Totz, Lucia Vidakovic, Bruno Eckhardt, Jörn Dunkel, Knut Drescher
Publié dans: Proceedings of the National Academy of Sciences, Numéro 116/5, 2019, Page(s) 1489-1494, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.1811722116

Emergence of three-dimensional order and structure in growing biofilms

Auteurs: Raimo Hartmann, Praveen K. Singh, Philip Pearce, Rachel Mok, Boya Song, Francisco Díaz-Pascual, Jörn Dunkel, Knut Drescher
Publié dans: Nature Physics, Numéro 15/3, 2019, Page(s) 251-256, ISSN 1745-2473
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41567-018-0356-9

Quantitative image analysis of microbial communities with BiofilmQ

Auteurs: Raimo Hartmann, Hannah Jeckel, Eric Jelli, Praveen K. Singh, Sanika Vaidya, Miriam Bayer, Daniel K. H. Rode, Lucia Vidakovic, Francisco Díaz-Pascual, Jiunn C. N. Fong, Anna Dragoš, Olga Lamprecht, Janne G. Thöming, Niklas Netter, Susanne Häussler, Carey D. Nadell, Victor Sourjik, Ákos T. Kovács, Fitnat H. Yildiz, Knut Drescher
Publié dans: Nature Microbiology, Numéro 6/2, 2021, Page(s) 151-156, ISSN 2058-5276
Éditeur: Nature Publication Group
DOI: 10.1038/s41564-020-00817-4

Matrix-trapped viruses can prevent invasion of bacterial biofilms by colonizing cells

Auteurs: Matthew C Bond, Lucia Vidakovic, Praveen K Singh, Knut Drescher, Carey D Nadell
Publié dans: eLife, Numéro 10, 2021, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.65355

RNA-mediated control of cell shape modulates antibiotic resistance in Vibrio cholerae

Auteurs: Nikolai Peschek, Roman Herzog, Praveen K. Singh, Marcel Sprenger, Fabian Meyer, Kathrin S. Fröhlich, Luise Schröger, Marc Bramkamp, Knut Drescher, Kai Papenfort
Publié dans: Nature Communications, Numéro 11/1, 2020, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-020-19890-8

VxrB Influences Antagonism within Biofilms by Controlling Competition through Extracellular Matrix Production and Type 6 Secretion

Auteurs: Jennifer K. Teschler; Eva Jiménez-Siebert; Hannah Jeckel; Praveen K. Singh; Jin Hwan Park; Stefan Pukatzki; Carey D. Nadell; Knut Drescher; Fitnat H. Yildiz
Publié dans: mBio, Numéro 1, 2022, ISSN 2150-7511
Éditeur: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mbio.01885-22

A tyrosine phosphoregulatory system controls exopolysaccharide biosynthesis and biofilm formation in Vibrio cholerae

Auteurs: Carmen Schwechheimer, Kassidy Hebert, Sarvind Tripathi, Praveen K. Singh, Kyle A. Floyd, Elise R. Brown, Monique E. Porcella, Jacqueline Osorio, Joseph T. M. Kiblen, Fernando A. Pagliai, Knut Drescher, Seth M. Rubin, Fitnat H. Yildiz
Publié dans: PLOS Pathogens, Numéro 16/8, 2020, Page(s) e1008745, ISSN 1553-7374
Éditeur: PLOS
DOI: 10.1371/journal.ppat.1008745

Flow-Induced Symmetry Breaking in Growing Bacterial Biofilms

Auteurs: Philip Pearce, Boya Song, Dominic J. Skinner, Rachel Mok, Raimo Hartmann, Praveen K. Singh, Hannah Jeckel, Jeffrey S. Oishi, Knut Drescher, Jörn Dunkel
Publié dans: Physical Review Letters, Numéro 123/25, 2019, ISSN 0031-9007
Éditeur: American Physical Society
DOI: 10.1103/physrevlett.123.258101

Vibrio cholerae biofilm scaffolding protein RbmA shows an intrinsic, phosphate‐dependent autoproteolysis activity

Auteurs: Manuel Maestre‐Reyna, Wei‐Cheng Huang, Wen‐Jin Wu, Praveen K. Singh, Raimo Hartmann, Po‐Hsun Wang, Cheng‐Chung Lee, Takaaki Hikima, Masaki Yamamoto, Yoshitaka Bessho, Knut Drescher, Ming‐Daw Tsai, Andrew H.‐J. Wang
Publié dans: IUBMB Life, Numéro 73/2, 2021, Page(s) 418-431, ISSN 1521-6543
Éditeur: Taylor & Francis
DOI: 10.1002/iub.2439