Smart capture phases for proteomics, glycomics and biomarker assays

Informations projet

BioCapture

N° de convention de subvention: 722171

DOI

10.3030/722171

Projet clôturé

Date de signature de la CE 31 Août 2016

Date de début 1 Novembre 2016

Date de fin 31 Octobre 2021

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - Marie Skłodowska-Curie Actions

Coût total

€ 2 982 872,07

Contribution de l’UE

€ 2 982 872,07

Coordonné par

MALMO UNIVERSITET
Sweden

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Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Livrables

Documents, reports (1)

Project vacancies advertised

Websites, patent fillings, videos etc. (3)

Project website published and accessible
Produce a minimum of two press releases
Produce a project poster and a presentation

Publications

Peer reviewed articles (23)

Magnetic Synthetic Receptors for Selective Clean-Up in Protein Biomarker Quantification

Auteurs: Nicholas McKitterick, Frida Braathen, Magdalena A. Switnicka-Plak, Peter A. G. Cormack, Léon Reubsaet, Trine Grønhaug Halvorsen
Publié dans: Journal of Proteome Research, Numéro 19/8, 2020, Page(s) 3573-3582, ISSN 1535-3893
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00258

Oxoanion Imprinting Combining Cationic and Urea Binding Groups: A Potent Glyphosate Adsorber

Auteurs: Sudhirkumar Shinde, Mona Mansour, Liliia Mavliutova, Anil Incel, Celina Wierzbicka, Hussein I. Abdel-Shafy, and Börje Sellergren
Publié dans: ACS Omega, 2021, ISSN 2470-1343
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acsomega.1c05079

Urea-based imprinted polymer hosts with switchable anion preference

Auteurs: Sudhirkumar Shinde; Sudhirkumar Shinde; Anıl İncel; Mona Mansour; Gustaf D. Olsson; Ian A. Nicholls; Cem Esen; Javier Urraca; Börje Sellergren; Börje Sellergren
Publié dans: Journal of the American Chemical Society, Numéro 142(26), 2020, ISSN 0002-7863
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/jacs.0c00707

Improved Solvothermal Synthesis of γ-Fe2O3 Magnetic Nanoparticles for SiO2 Coating

Auteurs: Rashmi Mahajan; Subramanian Suriyanarayanan; Ian A. Nicholls
Publié dans: Nanomaterials, Numéro 11(8), 2021, ISSN 2079-4991
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/nano11081889

Affinity capture in bottom-up protein analysis –overview of current status of proteolytic peptide capture using antibodies and molecularly imprinted polymers

Auteurs: Halvorsen TG, McKitterick N, Kish, M.; Reubsaet, L.
Publié dans: Anal. Chim. Acta, Numéro 1182, 2021, ISSN 0003-2670
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.aca.2021.338714

The glycosylation design space for recombinant lysosomal replacement enzymes produced in CHO cells.

Auteurs: Weihua Tian, Zilu Ye, Shengjun Wang, Morten Alder Schulz, Julie Van Coillie, Lingbo Sun, Yen-Hsi Chen, Yoshiki Narimatsu, Lars Hansen, Claus Kristensen, Ulla Mandel, Eric Paul Bennett, Siamak Jabbarzadeh-Tabrizi, Raphael Schiffmann, Jin-Song Shen, Sergey Y. Vakhrushev, Henrik Clausen & Zhang Yang
Publié dans: Nature Communications, Numéro 10, 2019, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-019-09809-3

Strategies for Molecular Imprinting and the Evolution of MIP Nanoparticles as Plastic Antibodies—Synthesis and Applications

Auteurs: Refaat, D.; Aggour, M. G.; Farghali, A. A.; Mahajan, R.; Wiklander, J. G.; Nicholls, I. A.; Piletsky, S. A.
Publié dans: Int. Journal of Molecular Sciences, Numéro 20(24), 2019, ISSN 1422-0067
Éditeur: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/ijms20246304

Selective Enrichment of Histidine Phosphorylated Peptides Using Molecularly Imprinted Polymers

Auteurs: Anıl Incel, Ignacio Arribas Díez, Celina Wierzbicka, Katarzyna Gajoch, Ole N. Jensen, Börje Sellergren
Publié dans: Analytical Chemistry, 2021, ISSN 0003-2700
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.analchem.0c04474

An Atlas of Human Glycosylation Pathways Enables Display of the Human Glycome by Gene Engineered Cells

Auteurs: Narimatsu, Yoshiki; Joshi, Hiren J.; Nason, Rebecca; Van Coillie, Julie; Karlsson, Richard; Sun, Lingbo; Ye, Zilu; Chen, Yen-Hsi; Schjoldager, Katrine T.; Steentoft, Catharina; Furukawa, Sanae; Bensing, Barbara A.; Sullam, Paul M.; Thompson, Andrew J.; Paulson, James C.; Büll, Christian; Adema, Gosse J.; Mandel, Ulla; Hansen, Lars; Bennett, Eric Paul; Varki, Ajit; Vakhrushev, Sergey Y.; Yang, Zha
Publié dans: Mol Cell, Numéro 75(2), 2019, ISSN 1097-2765
Éditeur: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2019.05.017

Zirconium(IV)-IMAC Revisited: Improved Performance and Phosphoproteome Coverage by Magnetic Microparticles for Phosphopeptide Affinity Enrichment

Auteurs: Ignacio Arribas Diez, Ireshyn Govender, Previn Naicker, Stoyan Stoychev, Justin Jordaan, Ole N. Jensen
Publié dans: J. Proteome Research, Numéro 20, 2021, ISSN 1535-3893
Éditeur: American Chemical Society
DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00508

The Use of Computational Methods for the Development of Molecularly Imprinted Polymers

Auteurs: Ian A. Nicholls; Kerstin Golker; Gustaf D. Olsson; Subramanian Suriyanarayanan; Jesper G. Wiklander
Publié dans: Polymers, Vol 13, Iss 2841, p 2841 (2021), Numéro 1, 2021, ISSN 2073-4360
Éditeur: MDPI
DOI: 10.3390/polym13172841

Exploring Regulation of Protein O-Glycosylation in Isogenic Human HEK293 Cells by Differential O-Glycoproteomics

Auteurs: Narimatsu Y, Joshi HJ, Schjoldager KT, Hintze J, Halim A, Steentoft C, Nason R, Mandel U, Bennett EP, Clausen H, Vakhrushev SY
Publié dans: Mol. Cell Proteomics, Numéro 18(7), 2019, ISSN 1535-9476
Éditeur: American Society for Biochemistry and Molecular Biology Inc.
DOI: 10.1074/mcp.ra118.001121

High salt compatible oxyanion receptors by dual ion imprinting

Auteurs: Sudhirkumar Shinde; Mona Mansour; Anıl İncel; Liliia Mavliutova; Celina Wierzbicka; Börje Sellergren
Publié dans: Chemical Science, Numéro 11 (16), 2020, ISSN 2041-6520
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/c9sc06508c

Combinatorial design of a sialic acid imprinted binding site exploring a dual ion receptor approach

Auteurs: Liliia Mavliutova; Elena Verduci; Börje Sellergren
Publié dans: RSC Advances, Numéro 11, 2021, Page(s) 34329-34337, ISSN 2046-2069
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1ra06962d

Mesoporous polymeric microspheres with high affinity for phosphorylated biomolecules

Auteurs: Sudhirkumar Shinde, Jayashree Selvalatchmanan, Anil Incel, Maedeh Akhoundian, Anne K. Bendt, Federico Torta
Publié dans: New Journal of Chemistry, Numéro 42/11, 2018, Page(s) 8603-8608, ISSN 1144-0546
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/C8NJ01114A

Highly efficient synthesis and assay of protein imprinted nanogels using magnetic templates

Auteurs: Rashmi Mahajan, Mona Rouhi, Sudhirkumar Shinde, Thomas Bedwell, Anil Incel, Liliia Mavliutova, Sergey Piletsky, Ian Nicholls, Börje K-E Sellergren
Publié dans: Angewandte Chemie International Edition, Numéro 58 (3), 2018, ISSN 1433-7851
Éditeur: John Wiley & Sons Ltd.
DOI: 10.1002/anie.201805772

Selective detection of phospholipids using molecularly imprinted fluorescent sensory core-shell particles.

Auteurs: Qianjin Li, Sudhirkumar Shinde, Giuliana Grasso, Antonio Caroli, Rahma Abouhany, Michele Lanzillotta, Guoqing Pan, Wei Wan, Knut Rurack & Börje Sellergren
Publié dans: Nature Scientific Report, Numéro 10, 2020, ISSN 2045-2322
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41598-020-66802-3

Facilitating serum determination of neuron specific enolase at clinically relevant levels by coupling on-line molecularly imprinted solid-phase extraction to LC-MS/MS

Auteurs: Nicholas McKitterick, Tugrul Cem Bicak, Peter A. G. Cormack, Léon Reubsaet, and Trine Grønhaug Halvorsen
Publié dans: Anal. Chim. Acta, Numéro 1140, 2020, ISSN 0003-2670
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.aca.2020.10.022

Engineering mammalian cells to produce plant-specific N-glycosylation on proteins

Auteurs: Joachim Steen Larsen; Richard Karlsson; Weihua Tian; Morten Alder Schulz; Annemarie Matthes; Henrik Clausen; Bent Larsen Petersen; Zhang Yang
Publié dans: Glycobiology, Numéro 1, 2020, ISSN 0959-6658
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/glycob/cwaa009

Probing the binding specificities of human Siglecs by cell-based glycan arrays

Auteurs: Christian Büll; Rebecca Nason; Lingbo Sun; Julie Van Coillie; Daniel Madriz Sørensen; Sam J. Moons; Zhang Yang; Steven Arbitman; Steve M. Fernandes; Sanae Furukawa; Ryan McBride; Corwin M. Nycholat; Gosse J. Adema; James C. Paulson; Ronald L. Schnaar; Thomas J. Boltje; Henrik Clausen; Yoshiki Narimatsu
Publié dans: Proc Natl Acad Sci U S A, Numéro 118(17), 2021, ISSN 0027-8424
Éditeur: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2026102118

On-line duplex molecularly imprinted solid-phase extraction for analysis of low-abundant biomarkers in human serum by liquid chromatography-tandem mass spectrometry

Auteurs: McKitterick, N.; Bicak, T. C.; Switnicka-Plak, M. A.; Cormack, P. A. G.; Reubsaet, L.; Halvorsen, T. G.
Publié dans: J. Chromatogr. A, Numéro 1655, 2021, ISSN 0021-9673
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.chroma.2021.462490

Discrimination between sialic acid linkage modes using sialyllactose-imprinted polymers

Auteurs: Liliia Mavliutova; Bruna Munoz Aldeguer; Jesper Wiklander; Celina Wierzbicka; Chau Minh Huynh; Ian A. Nicholls; Knut Irgum; Börje Sellergren
Publié dans: RSC Advances, Numéro 11, 2021, ISSN 2046-2069
Éditeur: Royal Society of Chemistry
DOI: 10.1039/d1ra02274a

Display of the human mucinome with defined O-glycans by gene engineered cells

Auteurs: Nason R, Büll C, KonstantinidiA, SunL, Ye Z, HalimA, Wenjuan Du, SørensenD, FurukawaS, MandelU, JoshiH, DworkinL, HansenL, DavidL, IversonR, BensingB, SullamP, VarkiA, de VrieE, de HaanC, VincentelliR, HenrissatB, VakhrushevS, ClausenH, Narimatsu
Publié dans: Nature Communications, Numéro 12, 2021, ISSN 2041-1723
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-24366-4

Thesis and dissertations (4)

Molecularly Imprinted Polymers for the Analysis of Small Cell Lung Cancer Biomarkers by Liquid Chromatography-Tandem Mass Spectrometry

Auteurs: Nicholas McKitterick
Publié dans: Numéro 15017710, 2021, ISSN 1501-7710
Éditeur: University of Oslo

Moleculary imprinted micro- and nanoparticles for cancer associated glycan motifs

Auteurs: Liliia Mavliutova
Publié dans: 2021, ISBN 9789178772056
Éditeur: Malmö University

Molecularly imprinted polymers for small cell lung cancer diagnosis

Auteurs: Bicak,Tugrul Cem
Publié dans: 2021
Éditeur: University of Strathclyde
DOI: 10.48730/0eyc-aj60

Amino acid sequence and side chain specific synthetic receptors targeting protein phosphorylation

Auteurs: Anil Incel
Publié dans: Malmö University, 2021, ISBN 9789178772070
Éditeur: Malmö University
DOI: 10.24834/isbn.9789178772087

Other (2)

Plastantikroppar som hittar cancerceller

Auteurs: EVA BARTONEK ROXÅ
Publié dans: Vetenskap och Hälsa, 2019
Éditeur: Lund University

Zirconium(IV)-IMAC for phosphopeptide enrichment in phosphoproteomics

Auteurs: IA Diez; Ireshyn S Govender; Previn Naicker; Stoyan Stoychev; Justin Jordaan; Ole Noerregaard Jensen
Publié dans: bioRxiv, 2020
Éditeur: CSHL
DOI: 10.1101/2020.04.13.038810

Conference proceedings (1)

Molecularly Imprinted Polymers for characterization of rare phosphorylation events

Auteurs: Arribas Díez, Ignacio
Publié dans: Arribas Díez , I , Anil Incel & Chau Huynh 2019 , ' Molecularly Imprinted Polymers for characterization of rare phosphorylation events ' , Proteomics in Cell Biology and Disease Mechanisms , Heidelberg , Germany , 07/03/2019 - 09/03/2019 ., Numéro 1, 2019
Éditeur: EMBL

Droits de propriété intellectuelle

Patent (1)

MOLECULARLY IMPRINTED POLYMERS

Numéro de demande/publication: 16 793088
Date: 2016-05-09
Demandeur(s): BUNDESANSTALT FUER MATERIALFORSCHUNG UND -PRUEFUNG