The polyA machinery: Elucidating the molecular mechanisms of mRNA polyadenylation, deadenylation and RNA recognition

Información del proyecto

POLYAMACHINES

Identificador del acuerdo de subvención: 725685

DOI

10.3030/725685

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 24 Febrero 2017

Fecha de inicio 1 Abril 2017

Fecha de finalización 31 Diciembre 2022

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 2 016 697,00

Aportación de la UE

€ 2 016 697,00

Coordinado por

UNITED KINGDOM RESEARCH AND INNOVATION
United Kingdom

CORDIS proporciona enlaces a los documentos públicos y las publicaciones de los proyectos de los programas marco HORIZONTE.

Los enlaces a los documentos y las publicaciones de los proyectos del Séptimo Programa Marco, así como los enlaces a algunos tipos de resultados específicos, como conjuntos de datos y «software», se obtienen dinámicamente de OpenAIRE .

Publicaciones

Peer reviewed articles (18)

Methods for merging data sets in electron cryo-microscopy

Autores: Max E Wilkinson, Ananthanarayanan Kumar, Ana Casañal
Publicado en: Acta Crystallogr D Struct Biol, Edición 75(9), 2019, Página(s) 782-791, ISSN 2059-7983
Editor: International Union of Crystallography
DOI: 10.1107/s2059798319010519

Roles of mRNA poly(A) tails in regulation of eukaryotic gene expression

Autores: Lori A. Passmore, Jeff Coller
Publicado en: Nature Reviews Molecular Cell Biology, Edición 23, 2022, Página(s) 93-106, ISSN 1471-0072
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41580-021-00417-y

RBBP6 activates the pre-mRNA 3′ end processing machinery in humans

Autores: Vytaute Boreikaite, Thomas S. Elliott, Jason W. Chin and Lori A. Passmore
Publicado en: Genes and Development, Edición 36, 2022, Página(s) 210-224, ISSN 0890-9369
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.349223.121

Knowing when to stop: Transcription termination on protein-coding genes by eukaryotic RNAPII

Autores: Juan B Rodríguez-Molina, Steven West , Lori A Passmore
Publicado en: Molecular Cell, Edición 83, 2023, Página(s) 404-415, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.12.021

Mpe1 senses the binding of pre-mRNA and controls 3′ end processing by CPF

Autores: Juan B. Rodriguez-Molina, Francis J. O’Reilly, Holly Fagarasan, Eleanor Sheekey, Sarah Maslen, J. Mark Skehel, Juri Rappsilber, and Lori A. Passmore
Publicado en: Molecular Cell, Edición 82, 2022, Página(s) 2490-2504, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.04.021

Current developments in Coot for macromolecular model building of Electron Cryo-microscopy and Crystallographic Data

Autores: Ana Casañal, Bernhard Lohkamp, Paul Emsley
Publicado en: Protein Science, Edición 29(4), 2020, Página(s) 1069-1078, ISSN 1469-896X
Editor: The Protein Society
DOI: 10.1002/pro.3791

Analysis of mRNA deadenylation by multi-protein complexes

Autores: Michael W. Webster, James A.W. Stowell, Terence T.L. Tang, Lori A. Passmore
Publicado en: Methods, Edición 126, 2017, Página(s) 95-104, ISSN 1046-2023
Editor: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymeth.2017.06.009

Architecture of eukaryotic mRNA 3′-end processing machinery

Autores: Ana Casañal, Ananthanarayanan Kumar, Chris H. Hill, Ashley D. Easter, Paul Emsley, Gianluca Degliesposti, Yuliya Gordiyenko, Balaji Santhanam, Jana Wolf, Katrin Wiederhold, Gillian L. Dornan, Mark Skehel, Carol V. Robinson, Lori A. Passmore
Publicado en: Science, Edición 358/6366, 2017, Página(s) 1056-1059, ISSN 0036-8075
Editor: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aao6535

mRNA Deadenylation Is Coupled to Translation Rates by the Differential Activities of Ccr4-Not Nucleases

Autores: Michael W. Webster, Ying-Hsin Chen, James A.W. Stowell, Najwa Alhusaini, Thomas Sweet, Brenton R. Graveley, Jeff Coller, Lori A. Passmore
Publicado en: Molecular Cell, Edición 70/6, 2018, Página(s) 1089-1100.e8, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2018.05.033

The intrinsic structure of poly(A) RNA determines the specificity of Pan2 and Caf1 deadenylases

Autores: Terence T. L. Tang, James A. W. Stowell, Chris H. Hill, Lori A. Passmore
Publicado en: Nature Structural & Molecular Biology, Edición 26/6, 2019, Página(s) 433-442, ISSN 1545-9993
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-019-0227-9

Importance of the Conserved Carboxyl-Terminal CNOT1 Binding Domain to Tristetraprolin Activity In Vivo

Autores: Wi S. Lai, Deborah J. Stumpo, Melissa L. Wells, Artiom Gruzdev, Stephanie N. Hicks, Cindo O. Nicholson, Zhengfeng Yang, Roberta Faccio, Michael W. Webster, Lori A. Passmore, Perry J. Blackshear
Publicado en: Molecular and Cellular Biology, Edición 39/13, 2019, ISSN 0270-7306
Editor: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mcb.00029-19

Mechanistic insights into mRNA 3′-end processing

Autores: Ananthanarayanan Kumar, Marcello Clerici, Lena M Muckenfuss, Lori A Passmore, Martin Jinek
Publicado en: Current Opinion in Structural Biology, Edición 59, 2019, Página(s) 143-150, ISSN 0959-440X
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2019.08.001

Interpretation of medium resolution cryoEM maps of multi-protein complexes

Autores: Ana Casañal, Shabih Shakeel, Lori A Passmore
Publicado en: Current Opinion in Structural Biology, Edición 58, 2019, Página(s) 166-174, ISSN 0959-440X
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2019.06.009

The APT complex is involved in non-coding RNA transcription and is distinct from CPF

Autores: Michael Lidschreiber, Ashley D Easter, Sofia Battaglia, Juan B Rodríguez-Molina, Ana Casañal, Manuel Carminati, Carlo Baejen, Pawel Grzechnik, Kerstin C Maier, Patrick Cramer, Lori A Passmore
Publicado en: Nucleic Acids Research, 2018, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky845

RNA-binding proteins distinguish between similar sequence motifs to promote targeted deadenylation by Ccr4-Not

Autores: Michael W Webster, James AW Stowell, Lori A Passmore
Publicado en: eLife, Edición 8, 2019, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.40670

Activation of the Endonuclease that Defines mRNA 3′ Ends Requires Incorporation into an 8-Subunit Core Cleavage and Polyadenylation Factor Complex

Autores: Chris H. Hill, Vytautė Boreikaitė, Ananthanarayanan Kumar, Ana Casañal, Peter Kubík, Gianluca Degliesposti, Sarah Maslen, Angelica Mariani, Ottilie von Loeffelholz, Mathias Girbig, Mark Skehel, Lori A. Passmore
Publicado en: Molecular Cell, Edición 73/6, 2019, Página(s) 1217-1231.e11, ISSN 1097-2765
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2018.12.023

Dynamics in Fip1 regulate eukaryotic mRNA 3′ end processing

Autores: Ananthanarayanan Kumar, Conny W.H. Yu, Juan B. Rodríguez-Molina, Xiao-Han Li, Stefan M.V. Freund and Lori A. Passmore
Publicado en: Genes and Development, Edición 35, 2021, Página(s) 1510-1526, ISSN 0890-9369
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.348671.121

Three-layered control of mRNA poly(A) tail synthesis in Saccharomyces cerevisiae

Autores: Matti Turtola, M. Cemre Manav, Ananthanarayanan Kumar, Agnieszka Tudek, Seweryn Mroczek, Paweł S. Krawczyk, Andrzej Dziembowski, Manfred Schmid, Lori A. Passmore, Ana Casañal, Torben Heick Jensen
Publicado en: Genes and Development, Edición 35, 2021, Página(s) 1290-1303, ISSN 0890-9369
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.348634.121

Other (2)

A direct interaction between CPF and Pol II links RNA 3ʹ-end processing to transcription

Autores: Manuel Carminati, M. Cemre Manav, Dom Bellini, Lori A Passmore
Publicado en: bioRxiv, Edición July 28, 2022, 2022
Editor: bioRxiv
DOI: 10.1101/2022.07.28.501803

Specific recognition and ubiquitination of slow-moving ribosomes by human CCR4-NOT

Autores: Eva Absmeier, Viswanathan Chandrasekaran, Francis J O’Reilly, James AW Stowell, Juri Rappsilber, Lori A Passmore
Publicado en: bioRxiv, Edición July 24, 2022, 2022
Editor: bioRxiv
DOI: 10.1101/2022.07.24.501325

Book chapters (1)

Gel-Based Analysis of Protein-Nucleic Acid Interactions

Autores: James A W Stowell, Terence T L Tang, Maximilian Seidel, Lori A Passmore
Publicado en: Methods Mol Biol, Edición 2263, 2021, Página(s) 321-339, ISBN 978-1-0716-1196-8
Editor: Humana
DOI: 10.1007/978-1-0716-1197-5_14

Non-peer reviewed articles (1)

Recognition of Poly(A) RNA through Its Intrinsic Helical Structure

Autores: Terence T.L. Tang, Lori A. Passmore
Publicado en: Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology, Edición 15 April 2020, 2020, Página(s) 039818, ISSN 0091-7451
Editor: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/sqb.2019.84.039818