The polyA machinery: Elucidating the molecular mechanisms of mRNA polyadenylation, deadenylation and RNA recognition

Informacje na temat projektu

POLYAMACHINES

Identyfikator umowy o grant: 725685

DOI

10.3030/725685

Projekt został zamknięty

Data podpisania przez KE 24 Lutego 2017

Data rozpoczęcia 1 Kwietnia 2017

Data zakończenia 31 Grudnia 2022

Finansowanie w ramach

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Koszt całkowity

€ 2 016 697,00

Wkład UE

€ 2 016 697,00

Koordynowany przez

UNITED KINGDOM RESEARCH AND INNOVATION
United Kingdom

CORDIS oferuje możliwość skorzystania z odnośników do publicznie dostępnych publikacji i rezultatów projektów realizowanych w ramach programów ramowych HORYZONT.

Odnośniki do rezultatów i publikacji związanych z poszczególnymi projektami 7PR, a także odnośniki do niektórych konkretnych kategorii wyników, takich jak zbiory danych i oprogramowanie, są dynamicznie pobierane z systemu OpenAIRE .

Publikacje

Peer reviewed articles (18)

Methods for merging data sets in electron cryo-microscopy

Autorzy: Max E Wilkinson, Ananthanarayanan Kumar, Ana Casañal
Opublikowane w: Acta Crystallogr D Struct Biol, Numer 75(9), 2019, Strona(/y) 782-791, ISSN 2059-7983
Wydawca: International Union of Crystallography
DOI: 10.1107/s2059798319010519

Roles of mRNA poly(A) tails in regulation of eukaryotic gene expression

Autorzy: Lori A. Passmore, Jeff Coller
Opublikowane w: Nature Reviews Molecular Cell Biology, Numer 23, 2022, Strona(/y) 93-106, ISSN 1471-0072
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41580-021-00417-y

RBBP6 activates the pre-mRNA 3′ end processing machinery in humans

Autorzy: Vytaute Boreikaite, Thomas S. Elliott, Jason W. Chin and Lori A. Passmore
Opublikowane w: Genes and Development, Numer 36, 2022, Strona(/y) 210-224, ISSN 0890-9369
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.349223.121

Knowing when to stop: Transcription termination on protein-coding genes by eukaryotic RNAPII

Autorzy: Juan B Rodríguez-Molina, Steven West , Lori A Passmore
Opublikowane w: Molecular Cell, Numer 83, 2023, Strona(/y) 404-415, ISSN 1097-2765
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.12.021

Mpe1 senses the binding of pre-mRNA and controls 3′ end processing by CPF

Autorzy: Juan B. Rodriguez-Molina, Francis J. O’Reilly, Holly Fagarasan, Eleanor Sheekey, Sarah Maslen, J. Mark Skehel, Juri Rappsilber, and Lori A. Passmore
Opublikowane w: Molecular Cell, Numer 82, 2022, Strona(/y) 2490-2504, ISSN 1097-2765
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.04.021

Current developments in Coot for macromolecular model building of Electron Cryo-microscopy and Crystallographic Data

Autorzy: Ana Casañal, Bernhard Lohkamp, Paul Emsley
Opublikowane w: Protein Science, Numer 29(4), 2020, Strona(/y) 1069-1078, ISSN 1469-896X
Wydawca: The Protein Society
DOI: 10.1002/pro.3791

Analysis of mRNA deadenylation by multi-protein complexes

Autorzy: Michael W. Webster, James A.W. Stowell, Terence T.L. Tang, Lori A. Passmore
Opublikowane w: Methods, Numer 126, 2017, Strona(/y) 95-104, ISSN 1046-2023
Wydawca: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymeth.2017.06.009

Architecture of eukaryotic mRNA 3′-end processing machinery

Autorzy: Ana Casañal, Ananthanarayanan Kumar, Chris H. Hill, Ashley D. Easter, Paul Emsley, Gianluca Degliesposti, Yuliya Gordiyenko, Balaji Santhanam, Jana Wolf, Katrin Wiederhold, Gillian L. Dornan, Mark Skehel, Carol V. Robinson, Lori A. Passmore
Opublikowane w: Science, Numer 358/6366, 2017, Strona(/y) 1056-1059, ISSN 0036-8075
Wydawca: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aao6535

mRNA Deadenylation Is Coupled to Translation Rates by the Differential Activities of Ccr4-Not Nucleases

Autorzy: Michael W. Webster, Ying-Hsin Chen, James A.W. Stowell, Najwa Alhusaini, Thomas Sweet, Brenton R. Graveley, Jeff Coller, Lori A. Passmore
Opublikowane w: Molecular Cell, Numer 70/6, 2018, Strona(/y) 1089-1100.e8, ISSN 1097-2765
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2018.05.033

The intrinsic structure of poly(A) RNA determines the specificity of Pan2 and Caf1 deadenylases

Autorzy: Terence T. L. Tang, James A. W. Stowell, Chris H. Hill, Lori A. Passmore
Opublikowane w: Nature Structural & Molecular Biology, Numer 26/6, 2019, Strona(/y) 433-442, ISSN 1545-9993
Wydawca: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-019-0227-9

Importance of the Conserved Carboxyl-Terminal CNOT1 Binding Domain to Tristetraprolin Activity In Vivo

Autorzy: Wi S. Lai, Deborah J. Stumpo, Melissa L. Wells, Artiom Gruzdev, Stephanie N. Hicks, Cindo O. Nicholson, Zhengfeng Yang, Roberta Faccio, Michael W. Webster, Lori A. Passmore, Perry J. Blackshear
Opublikowane w: Molecular and Cellular Biology, Numer 39/13, 2019, ISSN 0270-7306
Wydawca: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mcb.00029-19

Mechanistic insights into mRNA 3′-end processing

Autorzy: Ananthanarayanan Kumar, Marcello Clerici, Lena M Muckenfuss, Lori A Passmore, Martin Jinek
Opublikowane w: Current Opinion in Structural Biology, Numer 59, 2019, Strona(/y) 143-150, ISSN 0959-440X
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2019.08.001

Interpretation of medium resolution cryoEM maps of multi-protein complexes

Autorzy: Ana Casañal, Shabih Shakeel, Lori A Passmore
Opublikowane w: Current Opinion in Structural Biology, Numer 58, 2019, Strona(/y) 166-174, ISSN 0959-440X
Wydawca: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2019.06.009

The APT complex is involved in non-coding RNA transcription and is distinct from CPF

Autorzy: Michael Lidschreiber, Ashley D Easter, Sofia Battaglia, Juan B Rodríguez-Molina, Ana Casañal, Manuel Carminati, Carlo Baejen, Pawel Grzechnik, Kerstin C Maier, Patrick Cramer, Lori A Passmore
Opublikowane w: Nucleic Acids Research, 2018, ISSN 0305-1048
Wydawca: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky845

RNA-binding proteins distinguish between similar sequence motifs to promote targeted deadenylation by Ccr4-Not

Autorzy: Michael W Webster, James AW Stowell, Lori A Passmore
Opublikowane w: eLife, Numer 8, 2019, ISSN 2050-084X
Wydawca: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.40670

Activation of the Endonuclease that Defines mRNA 3′ Ends Requires Incorporation into an 8-Subunit Core Cleavage and Polyadenylation Factor Complex

Autorzy: Chris H. Hill, Vytautė Boreikaitė, Ananthanarayanan Kumar, Ana Casañal, Peter Kubík, Gianluca Degliesposti, Sarah Maslen, Angelica Mariani, Ottilie von Loeffelholz, Mathias Girbig, Mark Skehel, Lori A. Passmore
Opublikowane w: Molecular Cell, Numer 73/6, 2019, Strona(/y) 1217-1231.e11, ISSN 1097-2765
Wydawca: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2018.12.023

Dynamics in Fip1 regulate eukaryotic mRNA 3′ end processing

Autorzy: Ananthanarayanan Kumar, Conny W.H. Yu, Juan B. Rodríguez-Molina, Xiao-Han Li, Stefan M.V. Freund and Lori A. Passmore
Opublikowane w: Genes and Development, Numer 35, 2021, Strona(/y) 1510-1526, ISSN 0890-9369
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.348671.121

Three-layered control of mRNA poly(A) tail synthesis in Saccharomyces cerevisiae

Autorzy: Matti Turtola, M. Cemre Manav, Ananthanarayanan Kumar, Agnieszka Tudek, Seweryn Mroczek, Paweł S. Krawczyk, Andrzej Dziembowski, Manfred Schmid, Lori A. Passmore, Ana Casañal, Torben Heick Jensen
Opublikowane w: Genes and Development, Numer 35, 2021, Strona(/y) 1290-1303, ISSN 0890-9369
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.348634.121

Other (2)

A direct interaction between CPF and Pol II links RNA 3ʹ-end processing to transcription

Autorzy: Manuel Carminati, M. Cemre Manav, Dom Bellini, Lori A Passmore
Opublikowane w: bioRxiv, Numer July 28, 2022, 2022
Wydawca: bioRxiv
DOI: 10.1101/2022.07.28.501803

Specific recognition and ubiquitination of slow-moving ribosomes by human CCR4-NOT

Autorzy: Eva Absmeier, Viswanathan Chandrasekaran, Francis J O’Reilly, James AW Stowell, Juri Rappsilber, Lori A Passmore
Opublikowane w: bioRxiv, Numer July 24, 2022, 2022
Wydawca: bioRxiv
DOI: 10.1101/2022.07.24.501325

Book chapters (1)

Gel-Based Analysis of Protein-Nucleic Acid Interactions

Autorzy: James A W Stowell, Terence T L Tang, Maximilian Seidel, Lori A Passmore
Opublikowane w: Methods Mol Biol, Numer 2263, 2021, Strona(/y) 321-339, ISBN 978-1-0716-1196-8
Wydawca: Humana
DOI: 10.1007/978-1-0716-1197-5_14

Non-peer reviewed articles (1)

Recognition of Poly(A) RNA through Its Intrinsic Helical Structure

Autorzy: Terence T.L. Tang, Lori A. Passmore
Opublikowane w: Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology, Numer 15 April 2020, 2020, Strona(/y) 039818, ISSN 0091-7451
Wydawca: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/sqb.2019.84.039818