The polyA machinery: Elucidating the molecular mechanisms of mRNA polyadenylation, deadenylation and RNA recognition

Methods for merging data sets in electron cryo-microscopy

Autoren: Max E Wilkinson, Ananthanarayanan Kumar, Ana Casañal
Veröffentlicht in: Acta Crystallogr D Struct Biol, Ausgabe 75(9), 2019, Seite(n) 782-791, ISSN 2059-7983
Herausgeber: International Union of Crystallography
DOI: 10.1107/s2059798319010519

Roles of mRNA poly(A) tails in regulation of eukaryotic gene expression

Autoren: Lori A. Passmore, Jeff Coller
Veröffentlicht in: Nature Reviews Molecular Cell Biology, Ausgabe 23, 2022, Seite(n) 93-106, ISSN 1471-0072
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41580-021-00417-y

RBBP6 activates the pre-mRNA 3′ end processing machinery in humans

Autoren: Vytaute Boreikaite, Thomas S. Elliott, Jason W. Chin and Lori A. Passmore
Veröffentlicht in: Genes and Development, Ausgabe 36, 2022, Seite(n) 210-224, ISSN 0890-9369
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.349223.121

Knowing when to stop: Transcription termination on protein-coding genes by eukaryotic RNAPII

Autoren: Juan B Rodríguez-Molina, Steven West , Lori A Passmore
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 83, 2023, Seite(n) 404-415, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.12.021

Mpe1 senses the binding of pre-mRNA and controls 3′ end processing by CPF

Autoren: Juan B. Rodriguez-Molina, Francis J. O’Reilly, Holly Fagarasan, Eleanor Sheekey, Sarah Maslen, J. Mark Skehel, Juri Rappsilber, and Lori A. Passmore
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 82, 2022, Seite(n) 2490-2504, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2022.04.021

Current developments in Coot for macromolecular model building of Electron Cryo-microscopy and Crystallographic Data

Autoren: Ana Casañal, Bernhard Lohkamp, Paul Emsley
Veröffentlicht in: Protein Science, Ausgabe 29(4), 2020, Seite(n) 1069-1078, ISSN 1469-896X
Herausgeber: The Protein Society
DOI: 10.1002/pro.3791

Analysis of mRNA deadenylation by multi-protein complexes

Autoren: Michael W. Webster, James A.W. Stowell, Terence T.L. Tang, Lori A. Passmore
Veröffentlicht in: Methods, Ausgabe 126, 2017, Seite(n) 95-104, ISSN 1046-2023
Herausgeber: Academic Press
DOI: 10.1016/j.ymeth.2017.06.009

Architecture of eukaryotic mRNA 3′-end processing machinery

Autoren: Ana Casañal, Ananthanarayanan Kumar, Chris H. Hill, Ashley D. Easter, Paul Emsley, Gianluca Degliesposti, Yuliya Gordiyenko, Balaji Santhanam, Jana Wolf, Katrin Wiederhold, Gillian L. Dornan, Mark Skehel, Carol V. Robinson, Lori A. Passmore
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 358/6366, 2017, Seite(n) 1056-1059, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aao6535

mRNA Deadenylation Is Coupled to Translation Rates by the Differential Activities of Ccr4-Not Nucleases

Autoren: Michael W. Webster, Ying-Hsin Chen, James A.W. Stowell, Najwa Alhusaini, Thomas Sweet, Brenton R. Graveley, Jeff Coller, Lori A. Passmore
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 70/6, 2018, Seite(n) 1089-1100.e8, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2018.05.033

The intrinsic structure of poly(A) RNA determines the specificity of Pan2 and Caf1 deadenylases

Autoren: Terence T. L. Tang, James A. W. Stowell, Chris H. Hill, Lori A. Passmore
Veröffentlicht in: Nature Structural & Molecular Biology, Ausgabe 26/6, 2019, Seite(n) 433-442, ISSN 1545-9993
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41594-019-0227-9

Importance of the Conserved Carboxyl-Terminal CNOT1 Binding Domain to Tristetraprolin Activity In Vivo

Autoren: Wi S. Lai, Deborah J. Stumpo, Melissa L. Wells, Artiom Gruzdev, Stephanie N. Hicks, Cindo O. Nicholson, Zhengfeng Yang, Roberta Faccio, Michael W. Webster, Lori A. Passmore, Perry J. Blackshear
Veröffentlicht in: Molecular and Cellular Biology, Ausgabe 39/13, 2019, ISSN 0270-7306
Herausgeber: American Society for Microbiology
DOI: 10.1128/mcb.00029-19

Mechanistic insights into mRNA 3′-end processing

Autoren: Ananthanarayanan Kumar, Marcello Clerici, Lena M Muckenfuss, Lori A Passmore, Martin Jinek
Veröffentlicht in: Current Opinion in Structural Biology, Ausgabe 59, 2019, Seite(n) 143-150, ISSN 0959-440X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2019.08.001

Interpretation of medium resolution cryoEM maps of multi-protein complexes

Autoren: Ana Casañal, Shabih Shakeel, Lori A Passmore
Veröffentlicht in: Current Opinion in Structural Biology, Ausgabe 58, 2019, Seite(n) 166-174, ISSN 0959-440X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.sbi.2019.06.009

The APT complex is involved in non-coding RNA transcription and is distinct from CPF

Autoren: Michael Lidschreiber, Ashley D Easter, Sofia Battaglia, Juan B Rodríguez-Molina, Ana Casañal, Manuel Carminati, Carlo Baejen, Pawel Grzechnik, Kerstin C Maier, Patrick Cramer, Lori A Passmore
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, 2018, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gky845

RNA-binding proteins distinguish between similar sequence motifs to promote targeted deadenylation by Ccr4-Not

Autoren: Michael W Webster, James AW Stowell, Lori A Passmore
Veröffentlicht in: eLife, Ausgabe 8, 2019, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.40670

Activation of the Endonuclease that Defines mRNA 3′ Ends Requires Incorporation into an 8-Subunit Core Cleavage and Polyadenylation Factor Complex

Autoren: Chris H. Hill, Vytautė Boreikaitė, Ananthanarayanan Kumar, Ana Casañal, Peter Kubík, Gianluca Degliesposti, Sarah Maslen, Angelica Mariani, Ottilie von Loeffelholz, Mathias Girbig, Mark Skehel, Lori A. Passmore
Veröffentlicht in: Molecular Cell, Ausgabe 73/6, 2019, Seite(n) 1217-1231.e11, ISSN 1097-2765
Herausgeber: Cell Press
DOI: 10.1016/j.molcel.2018.12.023

Dynamics in Fip1 regulate eukaryotic mRNA 3′ end processing

Autoren: Ananthanarayanan Kumar, Conny W.H. Yu, Juan B. Rodríguez-Molina, Xiao-Han Li, Stefan M.V. Freund and Lori A. Passmore
Veröffentlicht in: Genes and Development, Ausgabe 35, 2021, Seite(n) 1510-1526, ISSN 0890-9369
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.348671.121

Three-layered control of mRNA poly(A) tail synthesis in Saccharomyces cerevisiae

Autoren: Matti Turtola, M. Cemre Manav, Ananthanarayanan Kumar, Agnieszka Tudek, Seweryn Mroczek, Paweł S. Krawczyk, Andrzej Dziembowski, Manfred Schmid, Lori A. Passmore, Ana Casañal, Torben Heick Jensen
Veröffentlicht in: Genes and Development, Ausgabe 35, 2021, Seite(n) 1290-1303, ISSN 0890-9369
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/gad.348634.121

A direct interaction between CPF and Pol II links RNA 3ʹ-end processing to transcription

Autoren: Manuel Carminati, M. Cemre Manav, Dom Bellini, Lori A Passmore
Veröffentlicht in: bioRxiv, Ausgabe July 28, 2022, 2022
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2022.07.28.501803

Specific recognition and ubiquitination of slow-moving ribosomes by human CCR4-NOT

Autoren: Eva Absmeier, Viswanathan Chandrasekaran, Francis J O’Reilly, James AW Stowell, Juri Rappsilber, Lori A Passmore
Veröffentlicht in: bioRxiv, Ausgabe July 24, 2022, 2022
Herausgeber: bioRxiv
DOI: 10.1101/2022.07.24.501325

Gel-Based Analysis of Protein-Nucleic Acid Interactions

Autoren: James A W Stowell, Terence T L Tang, Maximilian Seidel, Lori A Passmore
Veröffentlicht in: Methods Mol Biol, Ausgabe 2263, 2021, Seite(n) 321-339, ISBN 978-1-0716-1196-8
Herausgeber: Humana
DOI: 10.1007/978-1-0716-1197-5_14

Recognition of Poly(A) RNA through Its Intrinsic Helical Structure

Autoren: Terence T.L. Tang, Lori A. Passmore
Veröffentlicht in: Cold Spring Harbor Symposia on Quantitative Biology, Ausgabe 15 April 2020, 2020, Seite(n) 039818, ISSN 0091-7451
Herausgeber: Cold Spring Harbor Laboratory Press
DOI: 10.1101/sqb.2019.84.039818

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