Single-molecule visualization of transcription dynamics to understand regulatory mechanisms of transcriptional bursting and its effects on cellular fitness

Información del proyecto

BURSTREG

Identificador del acuerdo de subvención: 755695

DOI

10.3030/755695

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 6 Septiembre 2017

Fecha de inicio 1 Enero 2018

Fecha de finalización 31 Diciembre 2022

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 950 775,00

Aportación de la UE

€ 1 950 775,00

Coordinado por

STICHTING HET NEDERLANDS KANKER INSTITUUT-ANTONI VAN LEEUWENHOEK ZIEKENHUIS
Netherlands

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Publicaciones

Peer reviewed articles (8)

Optimized protocol for single-molecule RNA FISH to visualize gene expression in S. cerevisiae

Autores: Heta P Patel, Ineke Brouwer, Tineke L Lenstra
Publicado en: STAR Protocols, 2021, ISSN 2666-1667
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xpro.2021.100647

The Hda1 histone deacetylase limits divergent non-coding transcription and restricts transcription initiation frequency

Autores: Uthra Gowthaman, Maxim Ivanov, Isabel Schwarz, Heta P Patel, Niels A Müller, Desiré García-Pichardo, Tineke L Lenstra, Sebastian Marquardt
Publicado en: EMBO Journal, Edición (2021)40:e108903, 2021, ISSN 1460-2075
Editor: EMBO press
DOI: 10.15252/embj.2021108903

Single-Molecule Fluorescence Imaging in Living Saccharomyces cerevisiae Cells

Autores: Ineke Brouwer; Joseph Victor Willem Meeussen; Heta Piyush Patel; Wim Pomp; Tineke L. Lenstra
Publicado en: STAR Protocols, Vol 1, Iss 3, Pp 100142- (2020), Edición 1, 2020, ISSN 2666-1667
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xpro.2020.100142

Transcription-replication coordination revealed in single live cells

Autores: Ioannis Tsirkas; Daniel Dovrat; Manikandan Thangaraj; Ineke Brouwer; Amit Cohen; Zohar Paleiov; Michael M Meijler; Tineke Lenstra; Amir Aharoni
Publicado en: Nucleic Acids Research, Edición 2, 2022, ISSN 0305-1048
Editor: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac069

Live‐cell imaging reveals the interplay between transcription factors, nucleosomes, and bursting

Autores: Benjamin T Donovan, Anh Huynh, David A Ball, Heta P Patel, Michael G Poirier, Daniel R Larson, Matthew L Ferguson, Tineke L Lenstra
Publicado en: The EMBO Journal, Edición 38/12, 2019, Página(s) e100809, ISSN 0261-4189
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2018100809

Visualizing transcription: key to understanding gene expression dynamics

Autores: Ineke Brouwer, Tineke L Lenstra
Publicado en: Current Opinion in Chemical Biology, Edición 51, 2019, Página(s) 122-129, ISSN 1367-5931
Editor: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cbpa.2019.05.031

Quantifying how post-transcriptional noise and gene copy number variation bias transcriptional parameter inference from mRNA distributions

Autores: Heta P Patel; Xiaoming Fu; Stefano Coppola; Libin Xu; Zhixing Cao; Tineke L Lenstra; Ramon Grima
Publicado en: Elife, Edición 1, 2022, ISSN 2050-084X
Editor: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.82493

Following the tracks: How transcription factor binding dynamics control transcription.

Autores: Wim J de Jonge, Heta P Patel, Joseph V W Meeussen, Tineke L Lenstra
Publicado en: Biophysical Journal, 2022, ISSN 1542-0086
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/j.bpj.2022.03.026