Single-molecule visualization of transcription dynamics to understand regulatory mechanisms of transcriptional bursting and its effects on cellular fitness

Projektinformationen

BURSTREG

ID Finanzhilfevereinbarung: 755695

DOI

10.3030/755695

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 6 September 2017

Startdatum 1 Januar 2018

Enddatum 31 Dezember 2022

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 950 775,00

EU-Beitrag

€ 1 950 775,00

Koordiniert durch

STICHTING HET NEDERLANDS KANKER INSTITUUT-ANTONI VAN LEEUWENHOEK ZIEKENHUIS
Netherlands

CORDIS bietet Links zu öffentlichen Ergebnissen und Veröffentlichungen von HORIZONT-Projekten.

Links zu Ergebnissen und Veröffentlichungen von RP7-Projekten sowie Links zu einigen Typen spezifischer Ergebnisse wie Datensätzen und Software werden dynamisch von OpenAIRE abgerufen.

Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (8)

Optimized protocol for single-molecule RNA FISH to visualize gene expression in S. cerevisiae

Autoren: Heta P Patel, Ineke Brouwer, Tineke L Lenstra
Veröffentlicht in: STAR Protocols, 2021, ISSN 2666-1667
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xpro.2021.100647

The Hda1 histone deacetylase limits divergent non-coding transcription and restricts transcription initiation frequency

Autoren: Uthra Gowthaman, Maxim Ivanov, Isabel Schwarz, Heta P Patel, Niels A Müller, Desiré García-Pichardo, Tineke L Lenstra, Sebastian Marquardt
Veröffentlicht in: EMBO Journal, Ausgabe (2021)40:e108903, 2021, ISSN 1460-2075
Herausgeber: EMBO press
DOI: 10.15252/embj.2021108903

Single-Molecule Fluorescence Imaging in Living Saccharomyces cerevisiae Cells

Autoren: Ineke Brouwer; Joseph Victor Willem Meeussen; Heta Piyush Patel; Wim Pomp; Tineke L. Lenstra
Veröffentlicht in: STAR Protocols, Vol 1, Iss 3, Pp 100142- (2020), Ausgabe 1, 2020, ISSN 2666-1667
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xpro.2020.100142

Transcription-replication coordination revealed in single live cells

Autoren: Ioannis Tsirkas; Daniel Dovrat; Manikandan Thangaraj; Ineke Brouwer; Amit Cohen; Zohar Paleiov; Michael M Meijler; Tineke Lenstra; Amir Aharoni
Veröffentlicht in: Nucleic Acids Research, Ausgabe 2, 2022, ISSN 0305-1048
Herausgeber: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac069

Live‐cell imaging reveals the interplay between transcription factors, nucleosomes, and bursting

Autoren: Benjamin T Donovan, Anh Huynh, David A Ball, Heta P Patel, Michael G Poirier, Daniel R Larson, Matthew L Ferguson, Tineke L Lenstra
Veröffentlicht in: The EMBO Journal, Ausgabe 38/12, 2019, Seite(n) e100809, ISSN 0261-4189
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2018100809

Visualizing transcription: key to understanding gene expression dynamics

Autoren: Ineke Brouwer, Tineke L Lenstra
Veröffentlicht in: Current Opinion in Chemical Biology, Ausgabe 51, 2019, Seite(n) 122-129, ISSN 1367-5931
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cbpa.2019.05.031

Quantifying how post-transcriptional noise and gene copy number variation bias transcriptional parameter inference from mRNA distributions

Autoren: Heta P Patel; Xiaoming Fu; Stefano Coppola; Libin Xu; Zhixing Cao; Tineke L Lenstra; Ramon Grima
Veröffentlicht in: Elife, Ausgabe 1, 2022, ISSN 2050-084X
Herausgeber: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.82493

Following the tracks: How transcription factor binding dynamics control transcription.

Autoren: Wim J de Jonge, Heta P Patel, Joseph V W Meeussen, Tineke L Lenstra
Veröffentlicht in: Biophysical Journal, 2022, ISSN 1542-0086
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/j.bpj.2022.03.026