Single-molecule visualization of transcription dynamics to understand regulatory mechanisms of transcriptional bursting and its effects on cellular fitness

Informazioni relative al progetto

BURSTREG

ID dell’accordo di sovvenzione: 755695

DOI

10.3030/755695

Progetto chiuso

Data della firma CE 6 Settembre 2017

Data di avvio 1 Gennaio 2018

Data di completamento 31 Dicembre 2022

Finanziato da

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Costo totale

€ 1 950 775,00

Contributo UE

€ 1 950 775,00

Coordinato da

STICHTING HET NEDERLANDS KANKER INSTITUUT-ANTONI VAN LEEUWENHOEK ZIEKENHUIS
Netherlands

CORDIS fornisce collegamenti ai risultati finali pubblici e alle pubblicazioni dei progetti ORIZZONTE.

I link ai risultati e alle pubblicazioni dei progetti del 7° PQ, così come i link ad alcuni tipi di risultati specifici come dataset e software, sono recuperati dinamicamente da .OpenAIRE .

Pubblicazioni

Peer reviewed articles (8)

Optimized protocol for single-molecule RNA FISH to visualize gene expression in S. cerevisiae

Autori: Heta P Patel, Ineke Brouwer, Tineke L Lenstra
Pubblicato in: STAR Protocols, 2021, ISSN 2666-1667
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xpro.2021.100647

The Hda1 histone deacetylase limits divergent non-coding transcription and restricts transcription initiation frequency

Autori: Uthra Gowthaman, Maxim Ivanov, Isabel Schwarz, Heta P Patel, Niels A Müller, Desiré García-Pichardo, Tineke L Lenstra, Sebastian Marquardt
Pubblicato in: EMBO Journal, Numero (2021)40:e108903, 2021, ISSN 1460-2075
Editore: EMBO press
DOI: 10.15252/embj.2021108903

Single-Molecule Fluorescence Imaging in Living Saccharomyces cerevisiae Cells

Autori: Ineke Brouwer; Joseph Victor Willem Meeussen; Heta Piyush Patel; Wim Pomp; Tineke L. Lenstra
Pubblicato in: STAR Protocols, Vol 1, Iss 3, Pp 100142- (2020), Numero 1, 2020, ISSN 2666-1667
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xpro.2020.100142

Transcription-replication coordination revealed in single live cells

Autori: Ioannis Tsirkas; Daniel Dovrat; Manikandan Thangaraj; Ineke Brouwer; Amit Cohen; Zohar Paleiov; Michael M Meijler; Tineke Lenstra; Amir Aharoni
Pubblicato in: Nucleic Acids Research, Numero 2, 2022, ISSN 0305-1048
Editore: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac069

Live‐cell imaging reveals the interplay between transcription factors, nucleosomes, and bursting

Autori: Benjamin T Donovan, Anh Huynh, David A Ball, Heta P Patel, Michael G Poirier, Daniel R Larson, Matthew L Ferguson, Tineke L Lenstra
Pubblicato in: The EMBO Journal, Numero 38/12, 2019, Pagina/e e100809, ISSN 0261-4189
Editore: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2018100809

Visualizing transcription: key to understanding gene expression dynamics

Autori: Ineke Brouwer, Tineke L Lenstra
Pubblicato in: Current Opinion in Chemical Biology, Numero 51, 2019, Pagina/e 122-129, ISSN 1367-5931
Editore: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cbpa.2019.05.031

Quantifying how post-transcriptional noise and gene copy number variation bias transcriptional parameter inference from mRNA distributions

Autori: Heta P Patel; Xiaoming Fu; Stefano Coppola; Libin Xu; Zhixing Cao; Tineke L Lenstra; Ramon Grima
Pubblicato in: Elife, Numero 1, 2022, ISSN 2050-084X
Editore: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.82493

Following the tracks: How transcription factor binding dynamics control transcription.

Autori: Wim J de Jonge, Heta P Patel, Joseph V W Meeussen, Tineke L Lenstra
Pubblicato in: Biophysical Journal, 2022, ISSN 1542-0086
Editore: Elsevier
DOI: 10.1016/j.bpj.2022.03.026