Single-molecule visualization of transcription dynamics to understand regulatory mechanisms of transcriptional bursting and its effects on cellular fitness

Informations projet

BURSTREG

N° de convention de subvention: 755695

DOI

10.3030/755695

Projet clôturé

Date de signature de la CE 6 Septembre 2017

Date de début 1 Janvier 2018

Date de fin 31 Decembre 2022

Financé au titre de

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coût total

€ 1 950 775,00

Contribution de l’UE

€ 1 950 775,00

Coordonné par

STICHTING HET NEDERLANDS KANKER INSTITUUT-ANTONI VAN LEEUWENHOEK ZIEKENHUIS
Netherlands

CORDIS fournit des liens vers les livrables publics et les publications des projets HORIZON.

Les liens vers les livrables et les publications des projets du 7e PC, ainsi que les liens vers certains types de résultats spécifiques tels que les jeux de données et les logiciels, sont récupérés dynamiquement sur OpenAIRE .

Publications

Peer reviewed articles (8)

Optimized protocol for single-molecule RNA FISH to visualize gene expression in S. cerevisiae

Auteurs: Heta P Patel, Ineke Brouwer, Tineke L Lenstra
Publié dans: STAR Protocols, 2021, ISSN 2666-1667
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xpro.2021.100647

The Hda1 histone deacetylase limits divergent non-coding transcription and restricts transcription initiation frequency

Auteurs: Uthra Gowthaman, Maxim Ivanov, Isabel Schwarz, Heta P Patel, Niels A Müller, Desiré García-Pichardo, Tineke L Lenstra, Sebastian Marquardt
Publié dans: EMBO Journal, Numéro (2021)40:e108903, 2021, ISSN 1460-2075
Éditeur: EMBO press
DOI: 10.15252/embj.2021108903

Single-Molecule Fluorescence Imaging in Living Saccharomyces cerevisiae Cells

Auteurs: Ineke Brouwer; Joseph Victor Willem Meeussen; Heta Piyush Patel; Wim Pomp; Tineke L. Lenstra
Publié dans: STAR Protocols, Vol 1, Iss 3, Pp 100142- (2020), Numéro 1, 2020, ISSN 2666-1667
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.xpro.2020.100142

Transcription-replication coordination revealed in single live cells

Auteurs: Ioannis Tsirkas; Daniel Dovrat; Manikandan Thangaraj; Ineke Brouwer; Amit Cohen; Zohar Paleiov; Michael M Meijler; Tineke Lenstra; Amir Aharoni
Publié dans: Nucleic Acids Research, Numéro 2, 2022, ISSN 0305-1048
Éditeur: Oxford University Press
DOI: 10.1093/nar/gkac069

Live‐cell imaging reveals the interplay between transcription factors, nucleosomes, and bursting

Auteurs: Benjamin T Donovan, Anh Huynh, David A Ball, Heta P Patel, Michael G Poirier, Daniel R Larson, Matthew L Ferguson, Tineke L Lenstra
Publié dans: The EMBO Journal, Numéro 38/12, 2019, Page(s) e100809, ISSN 0261-4189
Éditeur: Nature Publishing Group
DOI: 10.15252/embj.2018100809

Visualizing transcription: key to understanding gene expression dynamics

Auteurs: Ineke Brouwer, Tineke L Lenstra
Publié dans: Current Opinion in Chemical Biology, Numéro 51, 2019, Page(s) 122-129, ISSN 1367-5931
Éditeur: Elsevier BV
DOI: 10.1016/j.cbpa.2019.05.031

Quantifying how post-transcriptional noise and gene copy number variation bias transcriptional parameter inference from mRNA distributions

Auteurs: Heta P Patel; Xiaoming Fu; Stefano Coppola; Libin Xu; Zhixing Cao; Tineke L Lenstra; Ramon Grima
Publié dans: Elife, Numéro 1, 2022, ISSN 2050-084X
Éditeur: eLife Sciences Publications
DOI: 10.7554/elife.82493

Following the tracks: How transcription factor binding dynamics control transcription.

Auteurs: Wim J de Jonge, Heta P Patel, Joseph V W Meeussen, Tineke L Lenstra
Publié dans: Biophysical Journal, 2022, ISSN 1542-0086
Éditeur: Elsevier
DOI: 10.1016/j.bpj.2022.03.026