HIV-1 acquisition and the future of prevention strategies: deciphering the eclipse phase through modelling and phylogenetics

Projektinformationen

HIV ECLIPSE

ID Finanzhilfevereinbarung: 757688

DOI

10.3030/757688

Projekt abgeschlossen

EK-Unterschriftsdatum 16 Januar 2018

Startdatum 1 März 2018

Enddatum 31 Januar 2026

Finanziert unter

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Gesamtkosten

€ 1 340 388,00

EU-Beitrag

€ 1 340 388,00

Koordiniert durch

THE UNIVERSITY OF EDINBURGH
United Kingdom

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Veröffentlichungen

Peer reviewed articles (15)

Inferring the multiplicity of founder variants initiating HIV-1 infection: a systematic review and individual patient data meta-analysis

Autoren: James Baxter, Sarah Langhorne, Ting Shi, Damien C Tully, Ch Julián Villabona-Arenas, Stéphane Hué, Jan Albert, Andrew Leigh Brown, Katherine E Atkins
Veröffentlicht in: Lancet Microbe, 2023, ISSN 2666-5247
Herausgeber: Elsevier
DOI: 10.1016/s2666-5247(22)00327-5

Characterising within-hospital SARS-CoV-2 transmission events using epidemiological and viral genomic data across two pandemic waves

Autoren: Benjamin B. Lindsey, Ch. Julián Villabona-Arenas, Finlay Campbell, Alexander J. Keeley, Matthew D. Parker, Dhruv R. Shah, Helena Parsons, Peijun Zhang, Nishchay Kakkar, Marta Gallis, Benjamin H. Foulkes, Paige Wolverson, Stavroula F. Louka, Stella Christou, Amy State, Katie Johnson, Mohammad Raza, Sharon Hsu, Thibaut Jombart, Anne Cori, Sheffield COVID-19 Genomics Group, The COVID-19 Genomics UK
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2022, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-022-28681-2

Reconciling founder variant multiplicity of HIV-1 infection with the rate of CD4 ⁺ decline

Autoren: James Baxter, Ch. Julián Villabona-Arenas, Robin N. Thompson, Stéphane Hué, Roland R. Regoes, Roger D. Kouyos, Huldrych F. Günthard, Jan Albert, Andrew Leigh Brown, Katherine E. Atkins
Veröffentlicht in: Journal of The Royal Society Interface, Ausgabe 21, 2024, ISSN 1742-5689
Herausgeber: The Royal Society
DOI: 10.1098/rsif.2024.0255

Estimated transmissibility and severity of novel SARS-CoV-2 Variant of Concern 202012/01 in England

Autoren: Davies, Nicholas G.; Abbott, Sam; Barnard, Rosanna C.; Jarvis, Christopher I.; Kucharski, Adam J.; Munday, James D.; Pearson, Carl A. B.; Russell, Timothy W.; Tully, Damien C.; Washburne, Alex D.; Wenseleers, Tom; Gimma, Amy; Waites, William; Wong, Kerry L. M.; van Zandvoort, Kevin; Silverman, Justin D.; Diaz-Ordaz, Karla; Keogh, Ruth; Eggo, Rosalind M.; Funk, Sebastian; Jit, Mark; Atkins, Katheri
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 10, 2021, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1101/2020.12.24.20248822

Within and between classroom transmission patterns of seasonal influenza among primary school students in Matsumoto city, Japan

Autoren: Akira Endo, Mitsuo Uchida ,Naoki Hayashi, Yang Liu, Katherine E. Atkins, Adam J. Kucharski, and Sebastian Funk
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, 2021, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2112605118

Genomic epidemiology of SARS-CoV-2 variants during the first two years of the pandemic in Colombia

Autoren: Cinthy Jimenez-Silva, Ricardo Rivero, Jordan Douglas, Remco Bouckaert, Ch. Julian Villabona-Arenas, Katherine E. Atkins, Bertha Gastelbondo, Alfonso Calderon, Camilo Guzman, Daniel Echeverri-De la Hoz, Marina Muñoz, Nathalia Ballesteros, Sergio Castañeda, Luz H. Patiño, Angie Ramirez, Nicolas Luna, Alberto Paniz-Mondolfi, Hector Serrano-Coll, Juan David Ramirez, Salim Mattar, Alexei J. Drummond
Veröffentlicht in: Communications Medicine, Ausgabe 3, 2023, ISSN 2730-664X
Herausgeber: Springer Science and Business Media LLC
DOI: 10.1038/s43856-023-00328-3

Number of HIV-1 founder variants is determined by the recency of the source partner infection

Autoren: Ch. Julián Villabona-Arenas, Matthew Hall, Katrina A. Lythgoe, Stephen G. Gaffney, Roland R. Regoes, Stéphane Hué, Katherine E. Atkins
Veröffentlicht in: Science, Ausgabe 369/6499, 2020, Seite(n) 103-108, ISSN 0036-8075
Herausgeber: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aba5443

Using machine learning and big data to explore the drug resistance landscape in HIV

Autoren: Luc Blassel, Anna Tostevin, Christian Julian Villabona-Arenas, Martine Peeters, Stéphane Hué, Olivier Gascuel, null null
Veröffentlicht in: PLOS Computational Biology, Ausgabe 17, 2024, Seite(n) e1008873, ISSN 1553-7358
Herausgeber: Public Library of Science (PLoS)
DOI: 10.1371/journal.pcbi.1008873

Global, regional, and national estimates of the population at increased risk of severe COVID-19 due to underlying health conditions in 2020: a modelling study

Autoren: Andrew Clark, Mark Jit, Charlotte Warren-Gash, Bruce Guthrie, Harry H X Wang, Stewart W Mercer, Colin Sanderson, Martin McKee, Christopher Troeger, Kanyin L Ong, Francesco Checchi, Pablo Perel, Sarah Joseph, Hamish P Gibbs, Amitava Banerjee, Rosalind M Eggo, Emily S Nightingale, Kathleen O'Reilly, Thibaut Jombart, W John Edmunds, Alicia Rosello, Fiona Yueqian Sun, Katherine E Atkins, Nikos I Bosse
Veröffentlicht in: The Lancet Global Health, Ausgabe 8/8, 2020, Seite(n) e1003-e1017, ISSN 2214-109X
Herausgeber: Elsevier BV
DOI: 10.1016/s2214-109x(20)30264-3

Genomic Epidemiology of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2, Colombia

Autoren: Katherine Laiton-Donato, Christian Julián Villabona-Arenas, José A. Usme-Ciro, Carlos Franco-Muñoz, Diego A. Álvarez-Díaz, Liz Stephany Villabona-Arenas, Susy Echeverría-Londoño, Zulma M. Cucunubá, Nicolás D. Franco-Sierra, Astrid C. Flórez, Carolina Ferro, Nadim J. Ajami, Diana Marcela Walteros, Franklin Prieto, Carlos Andrés Durán, Martha Lucia Ospina-Martínez, Marcela Mercado-Reyes
Veröffentlicht in: Emerging Infectious Diseases, Ausgabe 26, 2024, Seite(n) 2854-2862, ISSN 1080-6040
Herausgeber: US National Center for Infectious Diseases
DOI: 10.3201/eid2612.202969

Detection of HIV-1 Transmission Clusters from Dried Blood Spots within a Universal Test-and-Treat Trial in East Africa

Autoren: Emma Pujol-Hodge, Jesus Salazar-Gonzalez, Deogratius Ssemwanga, Edwin Charlebois, James Ayieko, Heather Grant, Teri Liegler, Katherine Atkins, Pontiano Kaleebu, Moses Kamya, Maya Petersen, Diane Havlir, Andrew Leigh Brown
Veröffentlicht in: Viruses, Ausgabe 14, 2025, Seite(n) 1673, ISSN 1999-4915
Herausgeber: Multidisciplinary Digital Publishing Institute (MDPI)
DOI: 10.3390/v14081673

Implication of backward contact tracing in the presence of overdispersed transmission in COVID-19 outbreaks

Autoren: 28. ENDO, A. ; CMMID COVID-19 Working Group,; LECLERC, QJ. ; KNIGHT, GM. ; MEDLEY, GF. ; ATKINS, KE. ; FUNK, S. ; KUCHARSKI, AJ
Veröffentlicht in: Wellcome Open Research, 2021, ISSN 2398-502X
Herausgeber: Wellcome Trust
DOI: 10.12688/wellcomeopenres.16344.3

Using phylogenetics to infer HIV-1 transmission direction between known transmission pairs

Autoren: Christian Julian Villabona-Arenas; Stéphane Hué; James A. C. Baxter; Matthew Hall; Katrina A. Lythgoe; John Bradley; Katherine E. Atkins
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 1, 2022, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2210604119

Simulating respiratory disease transmission within and between classrooms to assess pandemic management strategies at schools

Autoren: Endo, Akira; Uchida, Mitsuo; Liu, Yang; Atkins, Katherine E.; Kucharski, Adam J.; Funk, Sebastian; Abbas, Kaja; van Zandvoort, Kevin; Bosse, Nikos I; Waterlow, Naomi R; Tully, Damien C; Meakin, Sophie R; Quaife, Matthew; Russell, Timothy W; Jit, Mark; Foss, Anna M; Rosello, Alicia; Quilty, Billy J; Prem, Kiesha; Knight, Gwenan M; Abbott, Sam; Klepac, Petra; Brady, Oliver; Pearson, Carl A B; Medley
Veröffentlicht in: Proceedings of the National Academy of Sciences, Ausgabe 1, 2022, ISSN 0027-8424
Herausgeber: National Academy of Sciences
DOI: 10.1073/pnas.2203019119

Implications of the school-household network structure on SARS-CoV-2 transmission under school reopening strategies in England

Autoren: James D. Munday, Katharine Sherratt, Sophie Meakin, Akira Endo, Carl A. B. Pearson, Joel Hellewell, Sam Abbott, Nikos I. Bosse, CMMID COVID-19 Working Group, Katherine E. Atkins, Jacco Wallinga, W. John Edmunds, Albert Jan van Hoek, Sebastian Funk
Veröffentlicht in: Nature Communications, 2021, ISSN 2041-1723
Herausgeber: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41467-021-22213-0

Other (4)

Biased estimates of phylogenetic branch lengths resulting from the discretised Gamma model of site rate heterogeneity

Autoren: Luca Ferretti, Tanya Golubchik, Francesco Di Lauro, Mahan Ghafari, Julian Villabona-Arenas, Katherine E. Atkins, Christophe Fraser, Matthew Hall
Veröffentlicht in: medRxiv, 2026
Herausgeber: openRxiv
DOI: 10.1101/2024.08.01.606208

AtkinsGroup/TransmissionPairs: v1.0

Autoren: Ch. Julian Villabona Arenas, Katherine Atkins, Stephen Gaffney
Veröffentlicht in: 2020
Herausgeber: Zenodo
DOI: 10.5281/zenodo.3819343

HIV-1 founder variant multiplicity is determined by the infection stage of the source partner

Autoren: Villabona-Arenas CJ, Hall M, Lythgoe KA, Gaffney SG, Regoes RR, Hué S, Atkins KE.
Veröffentlicht in: medRxiv, 2019
Herausgeber: medRxiv
DOI: 10.1101/19013524

Accounting for barriers to HIV infection in the recipient partner reveals frequent transient infections and explains transmission risk under viral suppression

Autoren: Katherine E. Atkins, Tibor Antal, Robin N. Thompson, Katrina Lythgoe, Roland Regoes, Stéphane Hué, Ch. Julián Villabona-Arenas
Veröffentlicht in: medRxiv, 2026
Herausgeber: openRxiv
DOI: 10.64898/2026.03.20.26348904