Reconstructing human cortex development and malformation with single-cell transcriptomics

Información del proyecto

ORGANOMICS

Identificador del acuerdo de subvención: 758877

DOI

10.3030/758877

Proyecto cerrado

Fecha de la firma de la CE 12 Diciembre 2017

Fecha de inicio 1 Enero 2018

Fecha de finalización 30 Junio 2023

Financiado con arreglo a

• EXCELLENT SCIENCE - European Research Council (ERC)

Coste total

€ 1 500 000,00

Aportación de la UE

€ 1 500 000,00

Coordinado por

EIDGENOESSISCHE TECHNISCHE HOCHSCHULE ZUERICH
Switzerland

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Publicaciones

Peer reviewed articles (16)

Human organomics: a fresh approach to understanding human development using single-cell transcriptomics

Autores: J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Publicado en: Development, Edición 144/9, 2017, Página(s) 1584-1587, ISSN 0950-1991
Editor: The Company of Biologists Ltd.
DOI: 10.1242/dev.150458

Mapping human cell phenotypes to genotypes with single-cell genomics

Autores: J. Gray Camp, Randall Platt, Barbara Treutlein
Publicado en: Science, Edición 365/6460, 2019, Página(s) 1401-1405, ISSN 0036-8075
Editor: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aax6648

Multimodal spatiotemporal phenotyping of human retinal organoid development

Autores: Philipp Wahle; Giovanna Brancati; Christoph Harmel; Zhisong He; Gabriele Gut; Jacobo Sarabia del Castillo; Aline Xavier da Silveira dos Santos; Qianhui Yu; Pascal Noser; Jonas Simon Fleck; Bruno Gjeta; Dinko Pavlinić; Simone Picelli; Max Hess; Gregor W. Schmidt; Tom T. A. Lummen; Yanyan Hou; Patricia Galliker; David Goldblum; Marton Balogh; Cameron S. Cowan; Hendrik P. N. Scholl; Botond Roska; Ma
Publicado en: Nature Biotechnology, Edición 9, 2023, ISSN 1546-1696
Editor: Nature Publishing group
DOI: 10.1038/s41587-023-01747-2

Inferring and perturbing cell fate regulomes in human brain organoids

Autores: Fleck, Jonas Simon Jansen, Sophie Martina Johanna Wollny, Damian Zenk, Fides Seimiya, Makiko Jain, Akanksha Okamoto, Ryoko Santel, Malgorzata He, Zhisong Camp, J. Gray Treutlein, Barbara
Publicado en: Nature, 2022, ISSN 1476-4687
Editor: NAture Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-022-05279-8

Single-cell brain organoid screening identifies developmental defects in autism

Autores: Li, Chong Fleck, Jonas Simon Martins-Costa, Catarina Burkard, Thomas R. Themann, Jan Stuempflen, Marlene Peer, Angela Maria Vertesy, Ábel Littleboy, Jamie B. Esk, Christopher Elling, Ulrich Kasprian, Gregor Corsini, Nina S. Treutlein, Barbara Knoblich, Juergen A.
Publicado en: Nature, 2023, ISSN 1476-4687
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-023-06473-y

Altered neuronal migratory trajectories in human cerebral organoids derived from individuals with neuronal heterotopia

Autores: Johannes Klaus, Sabina Kanton, Christina Kyrousi, Ane Cristina Ayo-Martin, Rossella Di Giaimo, Stephan Riesenberg, Adam C O'Neill, J Gray Camp, Chiara Tocco, Malgorzata Santel, Ejona Rusha, Micha Drukker, Mariana Schroeder, Magdalena Götz, Stephen P Robertson, Barbara Treutlein, Silvia Cappello
Publicado en: Nature Medicine, 2019, ISSN 1078-8956
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41591-019-0371-0

Lineage recording in human cerebral organoids

Autores: Zhisong He; Ashley Maynard; Akanksha Jain; Tobias Gerber; Rebecca Petri; Hsiu-Chuan Lin; Malgorzata Santel; Kevin Ly; Jean-Samuel Dupré; Leila Sidow; Fatima Sanchis Calleja; Sophie M. J. Jansen; Stephan Riesenberg; J. Gray Camp; Barbara Treutlein
Publicado en: Nature Methods, Edición 12, 2021, ISSN 1548-7105
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-021-01344-8

Single-cell genomics to guide human stem cell and tissue engineering

Autores: J. Gray Camp, Damian Wollny, Barbara Treutlein
Publicado en: Nature Methods, Edición 15/9, 2018, Página(s) 661-667, ISSN 1548-7091
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41592-018-0113-0

Direct pericyte-to-neuron reprogramming via unfolding of a neural stem cell-like program

Autores: Marisa Karow, J. Gray Camp, Sven Falk, Tobias Gerber, Abhijeet Pataskar, Malgorzata Gac-Santel, Jorge Kageyama, Agnieska Brazovskaja, Angela Garding, Wenqiang Fan, Therese Riedemann, Antonella Casamassa, Andrej Smiyakin, Christian Schichor, Magdalena Götz, Vijay K. Tiwari, Barbara Treutlein, Benedikt Berninger
Publicado en: Nature Neuroscience, Edición 21/7, 2018, Página(s) 932-940, ISSN 1097-6256
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41593-018-0168-3

Single-cell analysis uncovers convergence of cell identities during axolotl limb regeneration

Autores: Tobias Gerber, Prayag Murawala, Dunja Knapp, Wouter Masselink, Maritta Schuez, Sarah Hermann, Malgorzata Gac-Santel, Sergej Nowoshilow, Jorge Kageyama, Shahryar Khattak, Joshua D. Currie, J. Gray Camp, Elly M. Tanaka, Barbara Treutlein
Publicado en: Science, Edición 362/6413, 2018, Página(s) eaaq0681, ISSN 0036-8075
Editor: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.aaq0681

What is a cell type?

Autores: Fleck, Jonas Simon; Camp, J. Gray; Treutlein, Barbara; id_orcid0000-0002-3299-5597
Publicado en: Science, 381 (6659), Edición 4, 2023, ISSN 0036-8075
Editor: American Association for the Advancement of Science
DOI: 10.1126/science.adf6162

Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models

Autores: Qianhui Yu; Umut Kilik; Emily M. Holloway; Yu-Hwai Tsai; Christoph Harmel; Angeline Wu; Joshua H. Wu; Michael Czerwinski; Charlie Childs; Zhisong He; Meghan M. Capeling; Sha Huang; Ian A. Glass; Peter D.R. Higgins; Barbara Treutlein; Jason R. Spence; J. Gray Camp
Publicado en: Cell, 184 (12), Edición 4, 2021, ISSN 0092-8674
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.cell.2021.04.028

Resolving organoid brain region identities by mapping single-cell genomic data to reference atlases

Autores: Fleck, Jonas S. Sanchís-Calleja, Fátima He, Zhisong Santel, Malgorzata Boyle, Michael J. Camp, J. Gray Treutlein, Barbara
Publicado en: Cell Stem Cell, 2021, ISSN 1934-5909
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.stem.2021.02.015

Resolving Neurodevelopmental and Vision Disorders Using Organoid Single-Cell Multi-omics

Autores: Giovanna Brancati, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Publicado en: Neuron, Edición 107/6, 2020, Página(s) 1000-1013, ISSN 0896-6273
Editor: Cell Press
DOI: 10.1016/j.neuron.2020.09.001

CSS: cluster similarity spectrum integration of single-cell genomics data

Autores: Zhisong He, Agnieska Brazovskaja, Sebastian Ebert, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Publicado en: Genome Biology, Edición 21/1, 2020, ISSN 1474-760X
Editor: BMC Genome Biology
DOI: 10.1186/s13059-020-02147-4

Organoid single-cell genomic atlas uncovers human-specific features of brain development

Autores: Sabina Kanton, Michael James Boyle, Zhisong He, Malgorzata Santel, Anne Weigert, Fátima Sanchís-Calleja, Patricia Guijarro, Leila Sidow, Jonas Simon Fleck, Dingding Han, Zhengzong Qian, Michael Heide, Wieland B. Huttner, Philipp Khaitovich, Svante Pääbo, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Publicado en: Nature, Edición 574/7778, 2019, Página(s) 418-422, ISSN 0028-0836
Editor: Nature Publishing Group
DOI: 10.1038/s41586-019-1654-9

Other (1)

Lineage recording reveals dynamics of cerebral organoid regionalization

Autores: Zhisong He, Tobias Gerber, Ashley Maynard, Akanksha Jain, Rebecca Petri, Malgorzata Santel, Kevin Ly, Leila Sidow, Fatima Sanchis Callejal, Stephan Riesenberg, J. Gray Camp, Barbara Treutlein
Publicado en: bioRxiv, 2020
Editor: www.biorxiv.org
DOI: 10.1101/2020.06.19.162032

Book chapters (1)

Single-cell genomic analysis of human cerebral organoids

Autores: Sabina Kanton, Barbara Treutlein, J. Gray Camp
Publicado en: Human Pluripotent Stem Cell Derived Organoid Models, Edición 159, 2020, Página(s) 229-256, ISBN 9780128215319
Editor: Elsevier
DOI: 10.1016/bs.mcb.2020.03.013